口腔医学系是以学员管理教育为主要任务的基层单位，于2006年1月在原学员旅建制基础上整编而成。现有学员队21个，学员2400余人，分临床医学和口腔医学两个专业，有五年制本科、八年制本硕博连读、二年制专升本、三年制大专四个层次，有军人学员、无军籍学员、军队干部委培学员、地方委培学员四种类型。近几年来，口腔医学系以更新管理理念为先导，以学员学习成才为中心，以培养高素质军医人才为目标，积极探索实践，精心管理育人，圆满地完成了各项任务。