第四军医大学生物医学工程系始建于1986年，创办理工医交叉新兴学科，并招收四年制医学电子工程专业本科生。1988年成立医学电子工程系，1993年更名为生物医学工程系。1990年获生物医学工程硕士学位授予权，1998年成为博士学位一级授权学科，2000年建立生物医学工程博士后科研流动站，2002年起在全军招收硕士学位课程班学员。1999年建立生物医学工程研究所，2001年军事医学工程实验室成为全军医学重点实验室，2005年组建全军军事生物医学工程研究所，2010年成立生物医学工程学院。目前，是国家“211”工程三期和军队“530”工程二期重点建设项目单位。
　　下辖系机关、数理、计算机应用、电子学、医学电子工程、军队卫生装备与计量学5个教研室和学员队。建系二十多年来，在学校党委的领导下，已形成一支结构合理、学术水平高、团结务实、充满生机的师资队伍。现有固定人员69名，平均年龄37.8岁，其中高级职称以上人员28名，博士以上学历占60%。目前已有博士导师5名，硕士导师15名，可以招收本科、硕士（包括研究生班）、博士、博士后各层次研究生。建系以来培养本科生2000余人、硕士研究生330人、博士研究生40人，博士后3人。
　　始终坚持以军事生物医学工程为学科特色，以提升现代战争和非军事医学救援中伤员的搜、救、治的整体水平为目标，形成了四个与军事医学紧密相关、具有前瞻性的研究方向，展现出广阔的发展前景。
　　① 生物电磁图像检测、监测技术研究
　　② 非接触生命探测技术研究
　　③ 军队卫生装备技术研究
　　④ 医学图形图像处理技术研究：
　　近年来，承担包括国家重大科技专项、国家自然科学基金重点、国家科技支撑计划、863、军队指令、重点等各类科研课题共计116项。获国家科技进步二等奖、三等奖各1项、军队科技进步二等奖2项、陕西省科学技术一等奖1项，国家发明专利10余项，医疗器械注册证2项。10余项成果被军队列为重点扩试项目。在核心期刊上发表论文800余篇，SCI、EI收录107篇，主编学术专著约30余部。