第四军医大学基础部现有12个科室，基础医学一级学科为国家重点学科，神经生物学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、病理学与病理生理学、人体解剖与组织胚胎学、病原生物学六个二级学科是国家重点学科。其中“211工程”重点建设学科8个、军队重点实验室4个、国家重点实验室组成学科5个。有博士学位授权学科11个、硕士学位授权学科12个、博士后流动站2个。承担国家自然科学基金、“973”、“863”、国家重大科技专项计划、国家科技攻关计划、全军医药卫生科研课题等443项，资助总额2亿多元。获得国家自然科学奖、科技进步奖、技术发明奖共7项，获省部级二等奖以上科技成果45项；有博士导师26名、硕士导师43名；有中科院院士1名、“****奖励计划”特聘教授3名、国家杰出青年基金获得者7名；有25人获得国家级有突出贡献的中青年专家、“求是工程奖”、“解放军专业技术重大贡献奖”等荣誉称号和奖励。