生态毒理蛋白质组学是从整体的蛋白质水平上，探讨生物在污染物下，细胞蛋白质谱的变化，并阐明污染物的毒性作用及其机制。“蛋白质组”的提取是蛋白质组学技术的关键环节，中国科学院烟台海岸带研究所吴惠丰研究员带领的海洋生态毒理与环境基准研究组首次对三种常见的蛋白质提取方法进行了优化、对比，并针对不同生物、不同组织的蛋白质筛选出最佳的提取方法。

蛋白质是生命活动的直接表现形式，通过对比污染物暴露组生物和对照组生物的蛋白质的变化情况，就可以解释污染物的毒性机理并筛选出相关的生物标记物，这要求应用于生态毒理蛋白质组学技术须具备高的提取效率和重现性。基于此，本研究组首先选择三种最常见的蛋白质提取方法：直接裂解液、三氯乙酸-丙酮法和TRIzol法，并对其进行优化，以紫贻贝、牙鲆和沙蚕等三种代表性的海洋生物为研究对象，利用优化后的方法分别提取其蛋白，最后对双向电泳获得的胶图进行多元统计分析，比较三种方法的提取效率和重现性。结果表明，TRIzol法更适合提取紫贻贝鳃和牙鲆肝脏的蛋白，且TRIzol法可以同时提取蛋白质和核酸，保证两类分子的同源性；而三氯乙酸-丙酮法适合沙蚕整体蛋白的提取。相关研究成果发表在国际蛋白质组学领域的著名期刊《Proteomics》（Wu et al., 2013, 13: 3205-3210；IF：4.13）。