教育背景
博士: 1993.8-1996.12, University of Birmingham (UK), 细胞与分子生物学
硕士: 1986.9-1989.6, 兰州大学, 植物学
本科 1982.9-1986.6 兰州大学 植物学
工作经历
2003.11-现在:山东大学微生物技术国家重点实验室,教授,博导1999.4-2003.10:日本通产省产业技术综合研究所,研究员
1997.1-1999.3: 日本农水省果树研究所, 博士后（JST特别研究员）
1989.7-1993.8 中国农业科学院兰州畜牧研究所 助理研究员
研究方向
1. 极端嗜热古菌DNA修复机制
2. 硫化叶菌细胞分裂、病毒复制组装和外排及囊泡分泌机制
3. 极端环境微生物资源及极端酶
科研项目
课题组主要开展古菌的分子生物学、生物化学与细胞生物学研究。利用模式古菌（硫化叶菌）开展DNA修复机制的研究，鉴定DNA修复蛋白的生化性质、结构与体内功能；分析以ESCRT-III为基础的细胞分裂机制，解析膜包病毒在冰岛硫化叶菌宿主的出芽机制。研究目标主要是揭示古菌DNA修复、细胞分裂和病毒外排的分子机制，揭示其从古菌到真核生物的演化规律，为真核生物的相关机制研究提供启示。同时，课题组也开展极端环境微生物的多样性及极端酶的基础与应用研究。
1. 国家自然科学基金面上项目, **, 冰岛硫化叶菌新型ATP酶PINA的生化性质与结构及其在同源重组修复中的作用研究, 2017/01/01-2020-12-31, 63万元，在研，主持。
2. 国家自然科学基金面上项目，**，硫化叶菌Holliday junction解离酶Hje的体内功能与作用机制研究，2015/01-2018/12，88万元，在研，主持。
3. 国家自然科学基金面上项目， **，超嗜热古菌Sulfolobus islandicus核酸切除修复途径研究2012/01-2015/12， 65万元，已结题，主持。
4. 国家自然科学基金重点项目，**，超嗜热古菌DNA重组修复解旋酶和核酸酶的作用机制及体内功能，2010/01-2013/12，175万元，已结题，主持。
5. 国家自然科学基金面上项目，**，古菌Hjm解旋酶参与复制叉回退和Holliday junction加工的机制，2009/01-2011/12，35万元，已结题，主持。
6. 国家自然科学基金面上项目，**，超嗜热古菌Pyrococcus horikoshii几丁质降解酶研究，2006/01-2008/12， 30万元，已结题，主持。
7. 国家重点基础研究发展（973）计划子课题, 2004CB719604-2, 极端嗜热古菌DNA修复与重组机制；2004/09-2009/08， 100万元，已结题，主持。
8. 国家自然科学基金面上项目，**，超嗜热古菌DNA复制、修复及重组酶的研究，2005/01-2007/12， 20万元，已结题，主持。
代表性论文
1.Zhai B, DuPrez K, Han, H, Yuan Z, Ahmad S, Xu C, Gu L, Ni J, Fan L, Shen (2018) The archaeal ATPase PINA interacts with the helicase Hjm via its carboxyl terminal KH domain remodeling and processing replication fork and Holliday junction. Nucleic Acids Research. (accepted).
2. Liu J, Gao R, Li C, Ni J, Yang Z, Zhang Q, Chen H, Shen Y. (2017) Functional assignment of multiple ESCRT-III homologs in cell division and budding in Sulfolobus islandicus. Mol Microbiol. 105(4), 540–553.
3.Zhai B, DuPrez K, Doukov TI, Li H, Huang M, Shang G, Ni J, Gu L, Shen Y, Fan L. (2017) Structure and Function of a Novel ATPase that Interacts with Holliday Junction Resolvase Hjc and Promotes Branch Migration. J Mol Biol. 7;429(7):1009-1029.
4. Huang Q, Zhong Q, Mayaka J, Ni J, Shen Y (2017) Autophosphorylation and Cross-phosphorylation of Protein Kinases from the Crenarchaeon Sulfolobus islandicus. Frontiers in Microbiology, 8: 2173
5.Huang Q, Li Y, Zeng C, Song T, Yan Z, Ni J, She Q, Shen Y (2015) Genetic analysis of the Holliday junction resolvases Hje and Hjc in Sulfolobus islandicus. Extremophiles. 19:505-14.
6. Zheng T, Huang H, Zhang C, Ni J, She Q, Shen Y (2012) Development of simvastatin selection marker for hyperthermophilic acidophile, Applied. Environ. Microbiol. 78:568-574.
7. Hong Y, Chu M, Li Y, Ni J, Sheng D, Hou G, She Q, Shen Y (2012) Dissection of the functional domains of an archaeal Holliday junction helicase, DNA Repair. 11:102-111.
8. Li Z, Lu S, Hou G, Ma X, Sheng D, Ni J & Shen Y (2008) Hjm/Hel308a DNA helicase fromSulfolobus tokodaiipromotes replication fork regression and interacts with Hjc endonuclease in vitro. J Bacteriol. 190: 3006–17.
9. Shen, Y., Tang X.-F., Yokoyama H., Matsui E., and Matsui I. (2004) A 21-aa peptide from the cysteine cluster II of the family D DNA polymerase from Pyrococcushorikoshii stimulates its nuclease activity which is Mre11-like and prefers manganese ion as the co-factor. Nucleic Acids Research. 32: 158-168.
10.Shen Y, Tang XF, Matsui I. (2003) Subunit interaction and regulation of activity through terminal domains of the family D DNA polymerase from Pyrococcus horikoshii. J Biol Chem. 278(23):21247-57.