为山东省重点学科，1986年被批准为硕士学位授予点，2000年被批准为博士学位授予点，该学科分兽医分子病毒学、动物传染病诊断与防制技术、兽医免疫学、微生物学、食品安全与卫生检疫学5个研究方向，面向省内外招生，目前已毕业硕士生26人，在读博士生8人，在读硕士生48人。教师中现有博士生导师4人，教授8人，副教授3人，高级实验师2人，讲师4人，实验师1人，博士5人，在读博士7人，硕士8人，享受国务院政府特殊津贴1人，人事部有突出贡献的中青年科技专家1人，农业部新兽药评审委员1人，山东省兽医专家组成员3人，省专业技术拔尖人才1人，省级学科带头人2人，省级学术骨干培养对象3人。山东省畜禽疫病防制技术研究工程中心挂靠本系，还建有山东农业大学兽医微生物与免疫学重点实验室、山东农业大学生物制品研究中心、山东农业大学禽病研究所。该学科由微生物与免疫学、寄生虫病学、传染病学、兽医卫生检验学四个教学组组成，建有微生物与兽医免疫学、兽医卫生检验与禽病学、兽医传染病与寄生虫病学3个实验室，兽医免疫学、兽医传染病学、微生物学、分子生物学、细胞学等5个研究室，另设有仪器室、菌种室、实验动物房各1个，仪器设备固定资产总额达400余万元。该系承担完成了多项国际合作、国家级、省部级和厅局级重点科技攻关科研课题及教学研究课题，同时与生产企业进行了广泛的联合科技攻关研究。近五年来，获得各类科研和重点建设经费人民币400余万元、5万德国马克，添置了200余万元的先进设备，先后获得教育部科技进步奖1项、山东省科技进步奖10项、省畜牧科技进步奖2项、国家发明专利1项。主编或参编教材、专著30余部，发表科研和教学论文100余篇。目前各研究方向的博士生、硕士生导师：兽医分子病毒学方向为崔治中教授；动物传染病诊断与防制技术方向为赵宏坤教授、范伟兴副教授；兽医免疫学方向为牛钟相教授、朱瑞良教授、常维山教授；微生物学方向为柴同杰教授、柴家前副教授；食品安全与卫生检疫方向为崔言顺教授、刁有祥教授。