2016年，在农业部和水科院的正确领导下，黄海水产研究所认真贯彻党的十八届五中、六中全会精神，严格落实全国农业工作会议和全国农业科教工作会议精神，紧紧围绕“一流院所、三个基地”的总目标，按照院“十三五”“改革创新，顶天立地，人才优先，协同发展”的工作主线，主动适应科技体制改革新要求，始终坚持把改革创新贯穿于各领域、各环节，求真务实，扎实工作，全年各项工作顺利完成并取得显著成效，为“十三五”发展打下了坚实基础。
经职工投票评选，黄海所2016年度十大亮点揭晓：
1.全年共主持、承担科研课题395项，申报各类课题237项，新上各类科研项目（课题）200项；已获奖励16项，其中全国农牧渔业丰收奖1项、海洋工程科学技术奖1项、海洋科学技术奖二等奖1项；发表论文455篇，其中SCI收录或其它英文期刊论文174篇。获国家授权专利50项，获软件著作权4项。
2.唐启升院士作为《中国大百科全书》（第三版）渔业学科主编，负责组织全国渔业领域广大科技人员进行编写工作，在国家重大咨询与战略研究中发挥着重要的智囊作用；撰写的文章《黄海大海洋生态系的生物产量和管理策略挑战》发表于《环境发展》杂志的《生态系统水平的大海洋生态系管理》专刊，获“大海洋生态系之父”、专刊主编谢尔曼博士（Kenneth Sherman）撰文高度评价。
3.由陈松林研究员带领的研究组与多家单位的科研人员联合破译了褐牙鲆全基因组序列，通过与半滑舌鳎全基因组比较分析，初步揭示了比目鱼类变态发育的分子机制。该研究成果于2016年12月5日在《自然-遗传》（Nature Genetics）杂志(IF=31.6)在线发表（doi:10.1038/ng.3732）。
4.黄海所在大菱鲆药残、对虾大规模死亡、海参高温热痹、贝类毒素、河豚产业“有条件开放”（2016年中国海产十大年度事件之首）等事件中，积极发挥专家智慧和技术支撑作用，为产业发展保驾护航。
5.全方位支撑南极磷虾渔业的健康发展。积极参与南极海洋生物资源养护委员会（CCAMLR）入渔审议和养护措施制修订磋商，确保了我国南极磷虾入渔通报全部获准；积极开展南极磷虾渔船声学数据的处理分析方法研究工作，确立我国科研人员在南极磷虾资源评估技术研究工作中的地位；积极派员承担南极磷虾渔业科学观察和探捕调查任务等，为我国南极磷虾渔业履约做出重要贡献。
6.由黄海所牵头制定的《食品安全国家标准干海参》于2016年11月13日实施，新标准的贯彻实施将对规范干海参生产加工技术、提高干海参产品质量安全、引领我国海参行业健康可持续发展产生巨大的推动作用。
7.黄海所荣获“中国产学研合作创新奖（单位奖）”，2项项目均获产学研合作创新成果二等奖，10项成果（技术）入选农业部主导品种和主推技术，王印庚研究员分别获“科学中国人（2015）年度人物”和第八届中国技术市场“金桥奖”先进个人称号。
8.深入实施人才强所战略，赵法箴院士获国家海洋局“终身奉献海洋”纪念奖章，马爱军研究员入选第二批国家“****”领军人才人选名单；柳学周研究员获全国优秀科技工作者，李健研究员获山东省泰山产业领军人才称号，邵长伟博士分别获中国青年科技奖、中国水产青年科技奖和山东省泰山学者青年专家称号。
9.加快推进重大项目建设，国家级海洋渔业生物种质资源库建设项目获国家发改委立项批复；3000吨级“北斗2”号海洋渔业综合科学调查船建造合同签约并进入实质性建造阶段；青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室建设方案进入论证实施阶段。
10.深入推进“两学一做”学习教育，开展了“党在我心中，唱响中国梦”红歌合唱比赛、以“学党史、感党恩、跟党走”为主题的党史知识竞赛以及参观青岛党史纪念馆、重温入党誓词等十大主题活动，党建及精神文明建设取得新进展。