姓名：王晨飞
学位：博士
导师情况：博士生导师
研究领域：生物信息学，单细胞组学，空间转录组学
研究方向：1.单细胞表观组学及空间转录组学生物信息学方法开发
2.人类免疫系统衰老及肿瘤抗免疫机制
3.细胞命运决定的表观遗传学调控机制
E-mail：08chenfeiwang@tongji.edu.cn
联系电话：
通讯地址：上海市四平路1239号，同济大学生命科学与技术学院（200092）
实验室主页：https://wanglabtongji.github.io/


个人简介：
2012年毕业于同济大学生命科学与技术学院生物信息专业，获学士学位。2017年毕业于同济大学生命科学与技术学院生物学专业，获博士学位。2017-2019年在同济大学生物医学工程博士后流动站从事博士后研究。2018-2020年在美国哈佛大学Dana-Farber癌症研究所从事博士后访问****研究。2019年受聘于同济大学转化医学高等研究院任特聘研究员。
主要研究方向为基于单细胞组学及空间转录组学数据，开发生物信息学算法，结合深度数据分析，研究细胞内基因转录调控及细胞间信号交流在人类免疫系统衰老、肿瘤抗免疫及胚胎细胞命运决定的作用与机制。目前已发表SCI论文共16篇，累计引用670余次。以共同第一作者/通讯作者的工作包括，在胚胎发育表观遗传学修饰领域，通过与高绍荣课题组合作，在国际上首次建立了哺乳动物早期胚胎组蛋白修饰H3K4me3及H3K27me3基因组尺度图谱，该成果发表于《Nature》杂志，被评选为2016年中国生命科学领域十大进展；进一步的工作揭示了哺乳动物胚胎发育异染色质修饰H3K9me3的重编程过程，2018年发表于《Nature Cell Biology》杂志；在体细胞重编程领域，鉴定出Kdm4b及Kdm5b为小鼠核移植胚胎发育过程中的重要决定因子，共注射两种因子可以显著提高核移植胚胎发育率，2016年发表于《Cell Discovery》杂志；进一步的研究工作揭示了异常的DNA再甲基化是导致核移植胚胎发育异常的关键因素，联合敲除DNA甲基化酶及过表达组蛋白去甲基化酶可进一步将发育率提高至17%，2018年发表于《Cell Stem Cell》杂志；在单细胞方法学领域，开发了整合单细胞转录组学及单细胞表观遗传组学的工具MAESTRO，2020年发表于《Genome Biology》杂志；建立了单细胞肿瘤免疫微环境基因表达数据库TISCH，2020年发表于《Nucleic Acid Research》杂志。作为项目负责人主持科研项目2项，其中包括博士后创新人才支持计划1项（结题），国家自然科学青年基金1项（在研）。曾获得2017年吴瑞奖学金，2017年同济大学追求卓越学生奖，同济大学第十届学术先锋第一名，上海市优秀毕业生等荣誉，2019年同济大学优秀出站博士后一等奖等荣誉。

已发表文章：
*: 共同一作$: 通讯作者
通讯及第一作者文章：
1. Sun D*, Wang J*, Han Y*, Dong X, Zheng R, Ge J, Shi X, Wang B, Li Z, Ren P, Sun L, Yan Y, Zhang P, Zhang F$, Li T$,Wang C$.TISCH: a comprehensive web resource enabling interactive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment. Nucleic Acid Res. Advanced online.
2. Wang C*, Sun D*, Huang X, Wan C, Li Z, Han Y, Qin Q, Fan J, Qiu X, Xie Y, Meyer CA, Brown M, Tang M, Long H, Liu T$, and Liu XS$. Integrative analyses of single-cell transcriptome and regulome using MAESTRO. Genome Biol2020; 21, 198.
3. Wang C*, Liu X*, Gao Y*^$, Yang L*, Li C, Liu W, Chen C, Kou X, Zhao Y, Chen J, Wang Y, Le R, Wang H, Duan T, Zhang Y^$, Gao S^$. Reprogramming of H3K9me3-dependent heterochromatin during mammalian embryo development. Nat Cell Biol2018; 20:620-631.
4. Gao R*, Wang C*, Gao Y*, Bai D, Liu X, Kou X, Zhao Y, Zang R, Liao Y, Jia Y, Chen J, Wang H, Wan X, Liu W^$, Zhang Y^$, Gao S^$. Inhibition of aberrant DNA re-methylation improves the development of nuclear transfer embryos. Cell Stem Cell2018; 23:426-435.
5. Liu X*,Wang C*, Liu W*, Li J*, Li C, Kou X, Chen J, Zhao Y, Gao H, Wang H,Zhang Y^$, Gao Y^$, Gao S^$. Distinct features of H3K4me3 and H3K27me3 chromatin domains in pre-implantation embryos.Nature2016; 537(7621):558-562.
6. Liu W*, Liu X*,Wang C*, Gao Y*, Gao R, Kou X, Zhao Y, Li J, Wu Y,Xiu W, Wang S, Yin J, Liu W, Cai T, Wang H,Zhang Y^$, Gao S^$. Identification of key factors conquering developmental arrest of somatic cell cloned embryos by combining embryo biopsy and single-cell sequencing.Cell Discov2016; 2:16010.
其他文章：
1. Gu S, Wang X, Hu X, Jiang P, Li Z, Traugh N, Bu X, Tang Q, Wang C, Zeng Z, Fu J, Meyer C, Zhang Y, Cejas P, Lim K, Wang J, Zhang W, Tokheim C, Sahu AD, Xing X, Kroger B, Ouyang Z, Long H, Freeman GJ, Brown M, Liu XS. Clonal tracing reveals diverse patterns of response to immune checkpoint blockade. Genome Biol2020; 21, 263.
2. Burton A, Brochard V, Galan C, Ruiz-Morales E, Rovira Q, Rodriguez-Terrones D, Kruse K, Gras S, Udayakumar V, Chin H, Eid A, Liu X, Wang C, Gao S, Pradhan S, Vaquerizas J, Beaujean N, Jenuwein T, Torres-Padilla M.Heterochromatin establishment during early mammalian development is regulated by pericentromeric RNA and characterized by non-repressive H3K9me3. Nat Cell Biol2020; 22:767-778.
3. Wu SZ*, Roden D*, Wang C, Holliday H, Harvery K, Cazet AS, Murphy KJ, Pereira B, Al-Eryani G, Bartonicek N, Hou R, Torpy JR, Junankar S, Chan C, Lam CE, Hui M, Gluch L, Beith J, Parker A, Robbins E, Segara D, Mark C, Cooper C, Warrier S, Forrest A, Powell J, O’Toole S, Cox TR, Timpson P, Lim E, Liu XS, Swarbrick A$. Stromal cell diversity associated with immune evasion in human triple-negative breast cancer. EMBO J2020. e104063.
4. Gao R*,Xiu W*, Zhang L, Zang R, Yang L,Wang C, Wang M, Wang M, Yi L, Tang Y, Gao Y, Wang H, Xi J, Liu W, Wang Y, Wen X, Yu Y,Zhang Y, Chen L, Chen J, Gao S. Direct induction of neural progenitor cells transiently passes through a partially reprogrammed state.Biomaterials2017; 119:53-67.
5. Xu K*, Chen X*,Yang H, Xu Y, He Y,Wang C, Huang H, Liu B, Liu W, Li J, Kou X, Zhao Y, Zhao K, Zhang L, Hou Z, Wang H, Wang H, Li J, Fan H, Wang F, Gao Y,Zhang Y, Chen J^$, Gao S^$. Maternal Sall4 is indispensable for epigenetic maturation of mouse oocytes.J Biol Chem2017; 292:1798-1807.
6. Wang Y, Wu Q, Yang P, Wang C, Liu J, Ding W, Liu W, Bai Y, Yang Y, Wang H, Gao S, Wang X. LSD1 co-repressor Rcor2 orchestrates neurogenesis in the developing mouse brain. Nat Commun2016; 7:10481.
7. Xu H*, Xu K*, He HH, Zang C, Chen CH, Chen Y, Qin Q, Wang S, Wang C, Hu S, Li F, Long H, Brown M^$, Liu XS^$. Integrative analysis reveals the transcriptional collaboration between EZH2 and E2F1 in the regulation of cancer-related gene expression. Mol Cancer Res2016;14(2):163-72.
8. Zhang Y*^$, Vastenhouw NL*^$, Feng J, Fu K, Wang C, Ge Y, Pauli A, van Hummelen P, Schier AF^$, Liu XS^$. Canonical nucleosome organization at promoters forms during genome activation.Genome Res2014; 24(2):260-6.
9. Wang J, Lin X,Wang S,Wang C, Wang Q,Duan X, Lu P,Wang Q,Wang C,Liu XS,Huang J. PHF8 and REST/NRSF co-occupy gene promoters to regulate proximal gene expression.Sci Rep2014; 4:5508.
10. Wang S, Sun Hanfei, Ma J, Zang C, Wang C, Wang J, Tang Q, Meyer CA,Zhang Y^$, Liu XS^$. Target analysis by integration of transcriptome and ChIP-seq data with BETA. Nat Protoc2013; 8:2502-15.