当下，医药卫生改革事业继续深入开展，在新医改提出提升质量、制度建设、系统推进跨越转变的要求下，长海医院积极顺应全国医疗体制发展的客观要求，依靠科技进步、提高资源能源的利用效率和科学管理，坚持“内生外展”发展战略，以建设高水平研究型医院为目标，在管理理念、运行机制及支撑条件等方面进行了一系列的创新，率先推动了医院向研究型医院的转型。在此基础上，医院创造性地提出“建设研究型科室、培养研究型医师、发展研究型病种、收治研究型病例”的发展理念，实行“分类管理、目标管理、过程管理”，建立了符合研究型医院发展的运行机制，开发并设计出针对研究型病例、涵盖临床研究各环节的全链路规范化临床科研信息系统。
截至2017年5月，医院共建设研究型科室6个，培养研究型医师18名，扶植研究型病种29个。2017年上半年，医院共收治研究型病例近7000例，其中试点研究型病种收治病例数达到36.8%，医院的临床研究实力得到显著提升。2014年，医院获批国家级临床研究中心1个。仅2015、2016年两年，医院相关医师和科室获国家科技进步二等奖4项。在2016年度上海申康重点管理的40个病种优势分析中，我院综合绩效排名第一。在29个研究型病种中，2个病种收治数量位列第一，10个病种收治数量位列前三，14个病种收治数量位列前五。在建设研究型医院中取得的一系列成果，说明长海医院正在由普通三甲医院向研究型医院转型，肇造的研究型医院的理念与路径具有一定的示范意义，可以作为其他大型医院建设研究型医院的重要借鉴。
