2019年11月月5日.著名杂志Mass Spectrometry Reviews（2018影响因子为9.068）为纪念主编 Dominic M. Desiderio教授卓越贡献Proteomics, Mass Spectrometry, Neurobiology 等领域30年，推出2019 Honorable Issue，特邀上海交通大学吕海涛研究员结合课题组近年来的代谢组学实践研究和未来创新规划，起草题为：“FUNCTIONAL METABOLOMICS DECIPHER BIOCHEMICAL FUNCTIONS AND ASSOCIATED MECHANISMS UNDERLIE SMALL-MOLECULE METABOLISM”的细胞代谢与代谢组学专题战略评述文章 (Critical Review)，重点评述过去10年代谢组学在细胞代谢关键科学问题解决方面的研究进展，并梳理其局限不足、提出未来发展方向和全新解决方案。文章重点定义并提出表型代谢组学(Phenotypic Metabolomics)，聚焦其与功能代谢组学(Functional Metabolomics)的共性优势和局限，未来代谢与代谢组学研究应该走向功能代谢组学支撑的代谢修饰与功能调控研究，多组学/生物化学前沿策略的的系统介入联姻，将是必由之路。

上海交通大学系统生物医学研究院吕海涛研究员为论文通讯作者，上海交通大学为唯一通讯单位，2018级博士生胡龙龙、2018级硕士生刘京净、2018级联合培养硕士生张文华和2019级硕士生王天宇为论文共同第一作者，黑龙江中医药大学张宁教授和新加坡国立大学Lee Yie Hou教授为共同作者。论文相关主题工作得到国家重点研发计划课题、国家自然科学基金面上项目、上海交通大学高层次人才启动基金和中央高校基本科研业务费重大创新专项的资金支持。

本文主要内容如下：小分子代谢／Small-Molecule Metabolism提供所有生命体细胞（人、动物、植物和微生物等）生长、增值、分化和功能化所必须的营养物质(Nutrients)，能量 (Energy Charges)和微环境（Biochemical Environments）。代谢组学／Metabolomics作为后基因时代，系统生物学驱动的新生代组学技术，其核心价值是通过定性描述和定量表征不同生物基质中小分子代谢组以阐明与细胞代谢相关的所有关键科学问题。进而，我们可以从代谢维度认识不同的生物化学过程和生物学事件，如疾病的发生/诊断、药物作用/毒理、营养健康/干预、植物生理/病理、微生物感染/治疗，环境毒理/修复，基因突变/修饰等。然而，过去的十年，代谢组学的发展，同其它生命组学(Life-Omics)一样，面临一个巨大困局。由于我们现有技术手段和生物化学认知的局限性，当下，组学研究仍处于表型数据的高通量采集与初步分析水平，即我们定义为表型代谢组学研究(Phenotypic Metabolomics)，若要寻求真正解决上述与代谢相关的关键科学问题，功能代谢组学研究(Functional Metabolomics)，势在必行。
原文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/mas.21611