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上海交通大学生命科学技术学院专业学位课程内容介绍《生物信息学》

上海交通大学 免费考研网/2013-01-07

《生物信息学》

课程代码E080511学分/学时2.0/36开课时间春
课程名称生物信息学
开课学院生命科学技术学院
任课教师马伟
面向专业
预修课程
课程讨论时数0 (小时)课程实验数0 (小时)
课程内容简介

"在基因组学、蛋白质组学、代谢组学、系统生物学等新兴学科的推动下，生命科学正处于一个蓬勃发展的时期。生命科学当前要解决的问题都是复杂的生命过程与现象，如：发育、代谢调控网络、肿瘤、衰老、蛋白质结构等等。通过采用革命性的研究平台与理念（高通量、全面、系统）研究生命科学中的复杂问题，人类已经看到了希望的曙光。但是研究的实质性突破，还取决于两方面难题的解决：1、海量数据的处理与分析、发掘与利用；2、计算机辅助生物分子结构、分子机理、复杂生命过程等的研究。无疑，必须将数学、信息科学以及计算机科学引入到生命科学中，上述问题的解决才有可能。这也就催生了新兴的交叉学科－－生物信息学。本课程教学主要围绕当今生物信息学服务于生命科学研究中最活跃领域，如：序列分析、基因功能预测与分类、蛋白质结构预测、生物芯片数据分析、分子进化分析等。教学中既讲解各应用领域的目的、意义、基本原理、生物学依据、发展趋势、不同方法的优缺点与适用范围等，同时安排50%的课时组织学生具体学习有关软件、网上数据库、分析资源等的具体使用方法。使学生对各种分析方法与技术能够在理解原理的基础上，灵活使用。生命科学正处于一个崭新的高速发展时期，生物信息学的知识与技术的掌握程度，将直接关系到生命科学研究的效率甚至成败。本课程的学习，不仅将使学生对生命科学有一个全新的认识，而且将掌握生命科学基础与应用研究必不可少的利器，有助于学生今后各自专业领域的学习与研发工作的开展。"

课程内容简介（英文）

(无)

教学大纲

"教学内容第一章 绪论 (6学时) 1. 生物信息学起源与其他学科的关系2. 生物信息学的主要研究领域3. 生物信息学在生命科学研究领域内地位与作用第二章 数据库 (6学时) 1. 数据库概论2. 生命科学领域数据库特点与发展趋势3. 主要生命科学领域的权威信息资源 第三章 序列比对(Alignment)分析 (6学时)1. 序列比对的基本原理2. 序列比对主要应用3. BLAST 详介第四章 分子系统发生分析 (Phylogeny) (6学时)1. 分子系统发生概论：目的、意义及主要应用2. 生物进化的分子基础：分子进化、分子钟理论3. 分子系统发生研究的主要方法：多序列比对4. 分子系统发生分析主要方法、原理 第五章 代谢途径分析 1. 代谢途径重建与分析的目的与意义 2. 代谢途径重建与分析的主要方法3. 代谢途径重建与分析的主要应用第六章 蛋白质高级结构预测 (8学时)1. 蛋白质结构研究的目的与意义2. 蛋白质结构研究的主要途径3. 蛋白质结构预测的生物学依据4. 蛋白质二级结构预测的主要算法原理5. 蛋白质三级结构预测的主要算法原理6. 蛋白质高级结构预测的主要应用第七章 生物芯片及数据分析 (4学时)1. 生物芯片概论2. 生物芯片数据分析"

课程进度计划

(无)

课程考核要求

考试成绩除了笔试外，还包括平时的作业和讨论

参 考 文 献
  • "《生物信息学》 赵国屏　等编著，科学出版社，2002年，ISBN: 7-03-009895-1。（2）参考书：《生物信息学-方法与实践》, 张成岗等编著,科学出版社2002年,ISBN:7-03-010436-6。"
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