贺新义 研究员

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研究方向
硫修饰DNA识别蛋白






硫修饰DNA及其识别蛋白的复合物结构，发现硫原子被巧妙包埋于其中一个保守结构域（SulfurBindingDomain, SBD）的浅表疏水坑中。与氧原子相比，硫原子具有更大的原子半径，导致其对外层电子的吸引作用明显减弱，呈现出较弱的电负性，赋予硫原子疏水的特性。SBD正好利用这个细微差异来区分硫修饰DNA和普通DNA






研究方向

硫修饰DNA识别蛋白 硫修饰DNA及其识别蛋白的复合物结构，发现硫原子被巧妙包埋于其中一个保守结构域（SulfurBindingDomain, SBD）的浅表疏水坑中。与氧原子相比，硫原子具有更大的原子半径，导致其对外层电子的吸引作用明显减弱，呈现出较弱的电负性，赋予硫原子疏水的特性。SBD正好利用这个细微差异来区分硫修饰DNA和普通DNA











代表论著
? Jun Feng, Jun Wu, Jie Gao, Zhigui Xia, Zixin Deng, and Xinyi He*. Biosynthesis of the methylarginine residue of peptidyl nucleoside arginomycin in Streptomyces arginensis NRRL 15941. Applied and Environmental Microbiology 2014, 80(16): 5021-5027.

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? Gong Zhao, Geng Wu, Yan Zhang, Guang Liu, Tiesheng Han, Zixin Deng, and Xinyi He*. Structure of the N-glycosidase MilB in complex with hydroxymethyl CMP reveals its Arg23 specifically recognizes the substrate and controls its entry. Nucleic Acids Research 2014, 42(12): 8115-8124.

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? Tiesheng Han, Megumu Yamada-Mabuchi, Gong Zhao, Li Li, Guang Liu, Hong-Yu Ou, Zixin Deng, Yu Zheng*, and Xinyi He*. Recognition and cleavage of 5-methylcytosine DNA by bacterial SRA-HNH proteins. Nucleic Acids Research 2015, 43(2): 1147-1159.

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? Guiyang Yu, Li Li, Xiangyang Liu, Guang Liu, Zixin Deng, Mark T. Zabriskie, Ming Jiang*, and Xinyi He*. The standalone aminopeptidase PepN catalyzes the maturation of blasticidin S from leucylblasticidin S. Scientific Reports 2015, 5: 17641.

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? Gong Zhao, Cheng Chen, Wei Xiong, Tuling Gao, Zixin Deng, Geng Wu, and Xinyi He*. Structural basis of the substrate preference towards CMP for a thymidylate synthase MilA involved in mildiomycin biosynthesis. Scientific Reports 2016, 6: 39675.

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? Xiankun Wang, Aiqing Du, Guiyang Yu, Zixin Deng, Xinyi He*. Guanidine N-methylation by BlsL Is Dependent on Acylation of Beta-amine Arginine in the Biosynthesis of Blasticidin S. Front Microbiol. 2017 Aug 22;8:1565.

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? Hao Yu, Guang Liu, Gong Zhao, Wenyue Hu, Geng Wu, Zixin Deng, Xinyi He*. Identification of a conserved DNA sulfur recognition domain by characterizing the phosphorothioate-specific endonuclease SprMcrA from Streptomyces pristinaespiralis.Molecular Microbiology. 2018 Nov;110(3):484-497.

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? Guang Liu, Wencheng Fu, Zhengyi Zhang, Yao He, Hao Yu, Yuli Wang, Xiaolei Wang, Yi-Lei Zhao, Zixin Deng, Geng Wu*, Xinyi He*. Structural basis for the recognition of sulfur in phosphorothioated DNA. Nature Communications. 2018 Nov 8;9(1):4689.

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? Hongliang Qian, Hao Yu, Peifei Li, E Zhu, Qingqing Yao, Cui Tai, Zixin Deng, Kenn Gerdes, Xinyi He*, Jianhua Gan*, Hong-Yu Ou*. Toxin-antitoxin operon kacAT of Klebsiella pneumoniae is regulated by conditional cooperativity via a W-shaped KacA-KacT complex. Nucleic Acids Research. 2019 Aug 22;47(14):7690-7702.

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获奖情况
上海交通大学晨星青年****奖励计划SMC优秀青年教师 (A类)
获得2015年教育部自然科学一等奖（排名第四）
2005年中国高校十大科技进展（第二作者）




国家自然科学基金面上项目杀稻瘟菌素类肽核苷关键生物合成步骤和新颖抗性机制的酶学研究 (2015.01-2018.12)85万主持
国家自然科学基金面上项目天蓝色链霉菌中甲基化修饰依赖型限制系统的发现和表征 (2012.01-2015.12) 60万主持
国家自然科学基金面上项目天蓝色链霉菌中一种DNA硫化修饰依赖型限制系统的发现和功能研究 (2010.01-2012.12)35万主持
国家自然科学基金面上项目DNA修饰依赖型HNH核酸内切酶切割活性机制及应用研究(2019.01-2022.12)60万主持
国家自然科学基金面上项目硫修饰DNA结合蛋白的发现及其结构和功能研究(2012.01-2014.12)63万主持
科技部973子课题FR-008基因组最小化（2012.01-2016.12）80万主持

承担项目