韦朝春 教授

电话：+86-
邮箱：ccwei@sjtu.edu.cn
地址：上海市闵行区东川路800号上海交通大学叶杰全楼422室
实验室网址：http://cgm.sjtu.edu.cn/index/index.php
教授／博导。北京大学数学本科、美国华盛顿大学计算机科学博士。研究方向为基因组学和进化基因组学，包括基因组中功能因子识别及其进化分析、真核生物泛基因组学、肿瘤基因组学和宏基因组学等。在Nature等期刊发表论文近40篇，引用超过3500次。获上海交通大学教书育人奖、校长奖。
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学术经历
2015- 上海交通大学，生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系，教授
2008-2015 上海交通大学，生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系，副教授
2006-2007 美国微软公司，软件工程师
2000-2006美国华盛顿大学（圣路易斯）计算机系，计算机科学（计算生物学）博士
1996-1999 北京大学信息科学中心，信号与信息处理 硕士
1991-1996 北京大学数学系，数学学士


2015- 上海交通大学，生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系，教授
2008-2015 上海交通大学，生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系，副教授
2006-2007 美国微软公司，软件工程师
2000-2006美国华盛顿大学（圣路易斯）计算机系，计算机科学（计算生物学）博士
1996-1999 北京大学信息科学中心，信号与信息处理 硕士
1991-1996 北京大学数学系，数学学士





研究方向

基因组学



元基因组学和泛基因组学



生物信息学中的高性能计算及应用研究






可变剪切转录本预测、调控因子识别、基因的起源及进化分析、重复序列对基因组结构和功能的影响等


元基因组数据采集和高速分析系统及其应用研究；真核生物泛基因组研究，基于泛基因组学的物种基因组研究，基于泛基因组学的肿瘤基因组研究


包括基于GPU的元基因组高速分析系统以及高速全基因组序列比对方法等






研究方向


基因组学 可变剪切转录本预测、调控因子识别、基因的起源及进化分析、重复序列对基因组结构和功能的影响等




元基因组学和泛基因组学 元基因组数据采集和高速分析系统及其应用研究；真核生物泛基因组研究，基于泛基因组学的物种基因组研究，基于泛基因组学的肿瘤基因组研究




生物信息学中的高性能计算及应用研究 包括基于GPU的元基因组高速分析系统以及高速全基因组序列比对方法等











代表论著
? Duan, Z., Qiao, Y., Lu, J., Lu, H., Zhang, W., Yan, F., Sun, C., Hu, Z., Zhang, Z., Li, G., Chen, H., Xiang, Z., Zhu, Z., Zhao, H., Yu, Y.*, Wei, C.*, HUPAN: a pan-genome analysis pipeline for human genomes, Genome Biology, 2019, 20:149

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? Wang, W., et al., "Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice", Nature, 2018, 557:43-49 (co-corresponding author)

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? Hu, Z., Sun, C., Lu, K., Chu, X., Zhao, Y., Lu, J., Shi, J.*,Wei, C.*, “EUPAN enables pan-genome studies of a large number of eukaryotic genomes”,Bioinformatics, 2017, btx170.

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? Sun, C., Hu, Z., Lu, K., Zhao, Y., Lu, J., Zheng, T., Wang, W., Shi, J., Zhang, D., Li, Z.*,Wei, C.*, “RPAN: Rice Pan-genome Browser for ~3,000 rice genomes”,Nucleic Acids Research, 2017, 45(2): 597-605.

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? Hu, Z., Scott, H., Qin, G., Zheng, G, Chu, X., Xie, L., Adelson, D., Oftedal, B., Venugopal, P., Babic, M., Hahn, C., Zhang, B., Wang, X., Li, N.,Wei, C.*, "Revealing missing human protein isoforms based on ab initio prediction, RNA-sesq and proteomics",Scientific Reports, 2015, 5:10940

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获奖情况
2020年2月，被《基因组学、蛋白质组学和生物信息学》期刊（GPB）评选为“2019年度中国生物信息学十大算法和工具”。
上海交通大学校长奖 （2019）
上海交通大学教书育人奖 （2018）
上海交通大学优秀教师 （2015）
上海交通大学晨星计划 （2014）
教育部新世纪优秀人才 （2013）
上海市浦江人才计划 （2009）
合成生物学iGEM国际大赛金奖 (2009、2014、2015、2016、2019、2020)





教学情况

“生物组学大数据”，主讲，研究生课程，3学分，32/48学时，2017、2018、2019年春季、2020年秋季
“生物计算编程语言”，主讲，本科生课程，3学分，48学时，2013-2016年春季，32学时2017-2020年春季
“Matlab模拟与计算实验”，主讲，本科生课程，2学分，32学时，2012年春季
“计算生物学”，主讲之一，3学分，研究生课程，9/48学时，2011-2018年秋季
“高级生物信息学”，主讲之一，3学分，研究生课程，9/48学时，2012,、2013、2014、2015年春季
“生物信息学算法原理”，主讲，3学分，本科生课程，32/48学时，2011-2016年秋季，2018年春季
“基因组学与蛋白质组学:算法与实践”，主讲，研究生课程，3学分， 54学时，2010年秋季
“数字信号处理”，主讲，3学分，本科生课程，54学时，2009年秋季
“生物信息学前沿研讨”，本科生课程，生物序列分析部分，2009年春季
“生物信息学概论”，本科生课程，课程介绍及生物序列分析部分，2013年春季，2014-2016年秋季




上海市自然科学基金面上项目，“水稻泛基因组浏览器2.0的构建”，课题编号20ZR**，时间2020.7-2023.6
上海交通大学医工交叉重点项目,“基于胃癌复杂表型及微生物组学多样性的大数据平台建设”，课题编号YG2017ZD01，时间2018.1-2020.12
国家自然科学基金面上项目
“元基因组中复杂结构的序列模块寻找及其功能分析”， 项目批准号**， 时间 2015.1-2018.12
“包含重复序列的基因预测及其功能分析”，项目批准号**，时间2013.1-2016.12
“基因结构多变性指标及其在基因的疾病易感性研究中的应用”，项目批准号**，时间2010.1-2012.12

“863”项目（1项）“基于新一代测序技术的元基因组数据采集与分析系统”，课题编号2009AA02Z310，时间2009.1-2011.12
上海市科委基础重点项目“在基因组序列中寻找复杂结构子序列模块的算法及系统研究”，课题编号08JC**，时间2008.10-2010.9
上海市浦江人才计划“条件随机场理论及其在生物信息学中的应用研究”，课题编号09PJ**，时间2009.8-2011.7
参与项目973项目“南海珊瑚礁对多次度热带海洋环境变化的响应、记录与适应对策研究”子课题：南海珊瑚礁退化机理和修复潜力，课题编号2013CB956103，时间 2013.1-2017.12
863项目“微生物组学数据集成及分析的关键技术研发”，（预算720万，65万到交大），课题编号 2014AA021502， 时间 2014.1.1-2016.12


承担项目


学生培养


博士生李坤， 2020-，独立指导， 上海交通大学
焦都，2019-， 独立指导， 上海交通大学
薛泓嶂，2018 -， 独立指导，上海交通大学
陆惠民， 2017-， 独立指导，上海交通大学
硕士生翟浥婷，2020-， 独立指导，上海交通大学
魏杨蓁， 2019-，独立指导，上海交通大学
范诗禹，2019-，独立指导，上海交通大学
Mariela Carrasco Villanueva, 2019-，独立指导，上海交通大学（秘鲁留学生）
Kien Bui， 2018-， 独立指导，上海交通大学 （越南留学生）
董晓瑞，2018- ，独立指导，上海交通大学
本科生朱宸，2020 -，上海交通大学 生命科学技术学院
冯子耀，2020 -， 上海交通大学 生命科学技术学院
蒋韵哲，2020 -，上海交通大学 生命科学技术学院








博士生段忠取， 2015- 2019，合作指导，第一导师 赵宏宇教授，交大耶鲁生物统计学联合中心，目前在西湖大学任助理研究员
贾犇，2014 – 2020，独立指导，上海交通大学，目前在上海某生物技术公司参与创业
胡智强，2010 – 2016，独立指导，上海交通大学，目前在美国加州大学伯克利分校做博士后研究
顾朝辉， 2009 -2015，协助指导，导师为陈竺院士，上海交通大学系统生物医学研究员，2020年6月起在美国希望城国家医学中心（City of Hope）任助理教授，独立研究员
许华勇，2010 - ，协助指导，导师为李亦学教授，上海交通大学
郑广勇，2008 – 2009，协助指导，导师为朱扬勇教授和谢鹭研究员，复旦大学计算机系，目前为中科院副研究员
硕士生晏法哲，2017- 2020， 独立指导，上海交通大学，目前在互联网公司工作
张文敏， 2016 - 2019， 独立指导，上海交通大学，目前在公司工作
乔于洋，2015 – 2018， 独立指导，上海交通大学，目前在电信公司工作
孙晨，2014 – 2017， 独立指导，上海交通大学，目前在美国密西根大学攻读博士学位
卢金原，2014 - , 独立指导，上海交通大学， 目前在上海创业
于雪琳，2013 - 2017, 独立指导，上海交通大学，毕业后去美国纽约大学留学
贾犇，2011 – 2014， 独立指导，上海交通大学， 毕业后在本实验室继续攻读博士，现在上海生物公司参与创业
曾璐，2011 – 2014， 联合指导，合作导师澳大利亚阿德莱德大学David Adelson教授，毕业后到阿德莱德大学攻读博士学位，现在美国
侯婷， 2011 - 2014, 协助指导，导师李亦学教授，华东理工大学，毕业后继续攻读博士学位，毕业后在上海某生物信息公司工作
曹丹峰， 2012 – 2015，独立指导，上海交通大学，毕业后互联网公司工作
谢俊， 2012 – 2015， 独立指导，上海交通大学，毕业后到公司工作
宣黎明， 2010 - 2012, 协助指导，导师李亦学教授，华东理工大学，目前在苏州某生物信息公司工作，从事医学基因组学数据分析
贾鹏，2009 – 2011， 协助指导，导师刘雷教授，中国科学院，毕业后在上海某互联网公司工作
宋琳琳，2008 – 2010， 协助指导，导师陈赛娟院士，上海交通大学，毕业后到北京工商银行工作
本科生童佳伟， 2019-2020，上海交通大学 生命科学技术学院，毕业后到生物信息行业工作
孙鼎，2019-2020，上海交通大学 生命科学技术学院，毕业后准备考研
翟浥婷，2018-2019， 上海交通大学医学院，目前在本课题组攻读硕士
焦都，2018-2019， 同济大学生命学院，目前在本课题组攻读博士
魏杨蓁， 2018-2019， 上海交通大学 生命科学技术学院，目前在本课题组攻读硕士
杨俊晨，2018-2019， 上海交通大学 生命科学技术学院，目前在美国耶鲁大学攻读博士
吴含，2017-2018，上海交通大学生命科学技术学院，目前在本院攻读硕士
吕广振， 2015-2018，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到美国印第安纳大学计算机系攻读博士学位
晏法哲，2016-2017，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到本课题组攻读硕士
席媛媛，2016-2017， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到瑞士读研
叶剑南，2016-2017， 上海交通大学致远学院，毕业后到交大计算机专业读研
陆惠民，2016-2017， 南京农业大学，毕业后到本课题组攻读博士
司一辰，2015-2016， 上海交通大学致远学院，目前在美国密西根大学攻读博士学位
黄文泽，2014-2016， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到清华大学攻读博士学位
刘亮杰，2013-2016，上海交通大学生命科学技术学院，毕业工作后回上海交通大学读研，目前在攻读博士学位
王嘉垚，2013 – 2015， 上海交通大学电信学院，毕业后到美国印第安纳大学读研
卢金原，2013 – 2014， 上海交通大学致远学院，毕业后到云南支教，后回本课题组攻读硕士，目前在上海创业
时麦，2013 – 2014， 上海交通大学致远学院，毕业后到香港中文大学读研
孙晨，2013 – 2014， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到本课题组读硕，硕士毕业后到美国密西根大学攻读博士学位
王海林，2013 – 2014，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到香港大学读研
丁子旭， 2013 – 2014， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到美国卡内基梅陇大学读硕，毕业后到美国因特尔公司工作
华楠，2012 – 2013， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后在课题组任研究助理一年，后赴南加州大学攻读博士学位，毕业后到谷歌公司工作
于雪琳，2012 – 2013， 上海交通大学生命科学技术学院，本科毕业后在本实验室攻读硕士学位，然后到美国纽约大学留学
侯佳，2011 – 2012， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到澳大利亚读研
黄畅，2011 – 2012， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到公司工作
何宇鹏，2009 – 2011，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到美国加州大学圣地亚哥分析攻读博士
胡智强，2008 -2010，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后在本课题组攻读博士，博士期间研究工作论文发表在Nature，目前在美国加州大学伯克利分校做博士后研究
崔云帆，2010， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到交大软件学院读研
何冰， 2008 – 2010，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到美国爱荷华大学攻读博士学位，目前在美国宾夕法尼亚大学医学院工作
王文佳，2008 – 2009，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到法国巴黎第六大学读研
杨幸，2008 – 2009，同济大学生命学院，毕业后到美国弗罗里达国际大学读研
杜杰，2008 – 2009，毕业后到海南某研究所工作





在读学生
毕业学生



在读学生
毕业学生



博士生李坤， 2020-，独立指导， 上海交通大学
焦都，2019-， 独立指导， 上海交通大学
薛泓嶂，2018 -， 独立指导，上海交通大学
陆惠民， 2017-， 独立指导，上海交通大学
硕士生翟浥婷，2020-， 独立指导，上海交通大学
魏杨蓁， 2019-，独立指导，上海交通大学
范诗禹，2019-，独立指导，上海交通大学
Mariela Carrasco Villanueva, 2019-，独立指导，上海交通大学（秘鲁留学生）
Kien Bui， 2018-， 独立指导，上海交通大学 （越南留学生）
董晓瑞，2018- ，独立指导，上海交通大学
本科生朱宸，2020 -，上海交通大学 生命科学技术学院
冯子耀，2020 -， 上海交通大学 生命科学技术学院
蒋韵哲，2020 -，上海交通大学 生命科学技术学院








博士生段忠取， 2015- 2019，合作指导，第一导师 赵宏宇教授，交大耶鲁生物统计学联合中心，目前在西湖大学任助理研究员
贾犇，2014 – 2020，独立指导，上海交通大学，目前在上海某生物技术公司参与创业
胡智强，2010 – 2016，独立指导，上海交通大学，目前在美国加州大学伯克利分校做博士后研究
顾朝辉， 2009 -2015，协助指导，导师为陈竺院士，上海交通大学系统生物医学研究员，2020年6月起在美国希望城国家医学中心（City of Hope）任助理教授，独立研究员
许华勇，2010 - ，协助指导，导师为李亦学教授，上海交通大学
郑广勇，2008 – 2009，协助指导，导师为朱扬勇教授和谢鹭研究员，复旦大学计算机系，目前为中科院副研究员
硕士生晏法哲，2017- 2020， 独立指导，上海交通大学，目前在互联网公司工作
张文敏， 2016 - 2019， 独立指导，上海交通大学，目前在公司工作
乔于洋，2015 – 2018， 独立指导，上海交通大学，目前在电信公司工作
孙晨，2014 – 2017， 独立指导，上海交通大学，目前在美国密西根大学攻读博士学位
卢金原，2014 - , 独立指导，上海交通大学， 目前在上海创业
于雪琳，2013 - 2017, 独立指导，上海交通大学，毕业后去美国纽约大学留学
贾犇，2011 – 2014， 独立指导，上海交通大学， 毕业后在本实验室继续攻读博士，现在上海生物公司参与创业
曾璐，2011 – 2014， 联合指导，合作导师澳大利亚阿德莱德大学David Adelson教授，毕业后到阿德莱德大学攻读博士学位，现在美国
侯婷， 2011 - 2014, 协助指导，导师李亦学教授，华东理工大学，毕业后继续攻读博士学位，毕业后在上海某生物信息公司工作
曹丹峰， 2012 – 2015，独立指导，上海交通大学，毕业后互联网公司工作
谢俊， 2012 – 2015， 独立指导，上海交通大学，毕业后到公司工作
宣黎明， 2010 - 2012, 协助指导，导师李亦学教授，华东理工大学，目前在苏州某生物信息公司工作，从事医学基因组学数据分析
贾鹏，2009 – 2011， 协助指导，导师刘雷教授，中国科学院，毕业后在上海某互联网公司工作
宋琳琳，2008 – 2010， 协助指导，导师陈赛娟院士，上海交通大学，毕业后到北京工商银行工作
本科生童佳伟， 2019-2020，上海交通大学 生命科学技术学院，毕业后到生物信息行业工作
孙鼎，2019-2020，上海交通大学 生命科学技术学院，毕业后准备考研
翟浥婷，2018-2019， 上海交通大学医学院，目前在本课题组攻读硕士
焦都，2018-2019， 同济大学生命学院，目前在本课题组攻读博士
魏杨蓁， 2018-2019， 上海交通大学 生命科学技术学院，目前在本课题组攻读硕士
杨俊晨，2018-2019， 上海交通大学 生命科学技术学院，目前在美国耶鲁大学攻读博士
吴含，2017-2018，上海交通大学生命科学技术学院，目前在本院攻读硕士
吕广振， 2015-2018，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到美国印第安纳大学计算机系攻读博士学位
晏法哲，2016-2017，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到本课题组攻读硕士
席媛媛，2016-2017， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到瑞士读研
叶剑南，2016-2017， 上海交通大学致远学院，毕业后到交大计算机专业读研
陆惠民，2016-2017， 南京农业大学，毕业后到本课题组攻读博士
司一辰，2015-2016， 上海交通大学致远学院，目前在美国密西根大学攻读博士学位
黄文泽，2014-2016， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到清华大学攻读博士学位
刘亮杰，2013-2016，上海交通大学生命科学技术学院，毕业工作后回上海交通大学读研，目前在攻读博士学位
王嘉垚，2013 – 2015， 上海交通大学电信学院，毕业后到美国印第安纳大学读研
卢金原，2013 – 2014， 上海交通大学致远学院，毕业后到云南支教，后回本课题组攻读硕士，目前在上海创业
时麦，2013 – 2014， 上海交通大学致远学院，毕业后到香港中文大学读研
孙晨，2013 – 2014， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到本课题组读硕，硕士毕业后到美国密西根大学攻读博士学位
王海林，2013 – 2014，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到香港大学读研
丁子旭， 2013 – 2014， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到美国卡内基梅陇大学读硕，毕业后到美国因特尔公司工作
华楠，2012 – 2013， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后在课题组任研究助理一年，后赴南加州大学攻读博士学位，毕业后到谷歌公司工作
于雪琳，2012 – 2013， 上海交通大学生命科学技术学院，本科毕业后在本实验室攻读硕士学位，然后到美国纽约大学留学
侯佳，2011 – 2012， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到澳大利亚读研
黄畅，2011 – 2012， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到公司工作
何宇鹏，2009 – 2011，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到美国加州大学圣地亚哥分析攻读博士
胡智强，2008 -2010，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后在本课题组攻读博士，博士期间研究工作论文发表在Nature，目前在美国加州大学伯克利分校做博士后研究
崔云帆，2010， 上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到交大软件学院读研
何冰， 2008 – 2010，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到美国爱荷华大学攻读博士学位，目前在美国宾夕法尼亚大学医学院工作
王文佳，2008 – 2009，上海交通大学生命科学技术学院，毕业后到法国巴黎第六大学读研
杨幸，2008 – 2009，同济大学生命学院，毕业后到美国弗罗里达国际大学读研
杜杰，2008 – 2009，毕业后到海南某研究所工作