徐沁 副研究员

电话：+86--107
邮箱：xuqin523@sjtu.edu.cn
地址：上海交通大学生物药学楼4-221
实验室网址：http://cbb.sjtu.edu.cn/~qinxu/





学术经历
2001年获北京大学生物学士学位
2008年获美国田纳西大学生物博士学位
2009年获美国田纳西大学统计学硕士双学位
2010-2012年田纳西大学/橡树岭国家实验室分子生物物理中心进行博士后研究
2013年至今任职上海交通大学，生命科学技术学院副研究员
2018年兼职浙江大学台州研究院，材料科学与技术研究所特聘研究员
2019年兼职上海交通大学-耶鲁大学，生物统计和数据科学联合中心研究员。
2013年至今兼职国际英文SCI期刊“Interdisciplinary Sciences – Computational Life Sciences”助理编委，同时先后任J. Chem. Theory Comput.、Phys. Chem. Chem. Phys.、Chemical Biology & Drug Design等国际英文期刊的审稿人。


2001年获北京大学生物学士学位
2008年获美国田纳西大学生物博士学位
2009年获美国田纳西大学统计学硕士双学位
2010-2012年田纳西大学/橡树岭国家实验室分子生物物理中心进行博士后研究
2013年至今任职上海交通大学，生命科学技术学院副研究员
2018年兼职浙江大学台州研究院，材料科学与技术研究所特聘研究员
2019年兼职上海交通大学-耶鲁大学，生物统计和数据科学联合中心研究员。
2013年至今兼职国际英文SCI期刊“Interdisciplinary Sciences – Computational Life Sciences”助理编委，同时先后任J. Chem. Theory Comput.、Phys. Chem. Chem. Phys.、Chemical Biology & Drug Design等国际英文期刊的审稿人。





研究方向
计算结构生物学


计算机辅助药物设计


生物物理学






使用分子模拟方法，分析蛋白质大分子及其复合物的催化分子机制、结构功能关系，调控原理；


结合计算生物学、生物信息学和生物统计学分析预测药物与靶标的相互作用关系，设计改进药物分子；


结合分子模拟与数学分析，探索蛋白质表面、生物膜等环境下的水分子、带电离子、磷脂分子的微观运动特征及其机理。






研究方向

计算结构生物学 使用分子模拟方法，分析蛋白质大分子及其复合物的催化分子机制、结构功能关系，调控原理；



计算机辅助药物设计 结合计算生物学、生物信息学和生物统计学分析预测药物与靶标的相互作用关系，设计改进药物分子；



生物物理学 结合分子模拟与数学分析，探索蛋白质表面、生物膜等环境下的水分子、带电离子、磷脂分子的微观运动特征及其机理。











代表论著
? Fang Li#, Changming Chen#, Si-Ying Qu, Ming-Zhu Zhao, Xiaoling Xie, Xi Wu, Lei Li, Xuefeng Wang, Qiulan Ding, Qin Xu*, Dong-Qing Wei*, Wenman Wu*. The disulfide bond between Cys22 and Cys27 in the protease domain modulate clotting activity of coagulation factor X. Thrombosis and Haemostasis, 2019-06; 119(06): 871-881. DOI: 10.1055/s- (IF 5.0, Issue Cover Image Article)

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? Fu-Long Li, Xu-Dong Kong, Qi Chen, Yu-Cong Zheng, Qin Xu, Fei-Fei Chen, Li-Qiang Fan, Guo-Qiang Lin, Jiahai Zhou*, Hui-Lei Yu, Jian-He Xu*. Regioselectivity Engineering of Epoxide Hydrolase: Near-Perfect Enantioconvergence through a Single Site Mutation. ACS Catalysis, 2018-08-08; 8(9): 8314-8317. DOI: 10.1021/acscatal.8b02622. (IF 11.4)

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? Pan Tan, Yihao Liang, Qin Xu, Eugene Mamontov, Jinglai Li, Xiangjun Xing*, Liang Hong*. Gradual Crossover from Subdiffusion to Normal Diffusion: A Many-Body Effect in Protein Surface Water. Physical Review Letters, 2018-06-11; 120(24): 248101. DOI: 10.1103/PhysRevLett.120.248101. (IF 8.8)

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? Hai-Feng Yang, Xiao-Nan Zhang, Yan Li, Yong-Hong Zhang*, Qin Xu*, and Dong-Qing Wei. Theoretical Studies of Intracellular Concentration of Micro-organisms’ Metabolites. Scientific Reports 2017-08-22, 7: 9048. DOI:10.1038/s41598-017-08793-2. (IF 4.1)

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? Cheng-Dong Li, Qin Xu*, Ruo-Xu Gu, Jing Qu, Dong-Qing Wei*. The dynamic binding of cholesterol to the multiple sites of C99: as revealed by coarse-grained and all-atom simulations. Phys Chem Chem Phys. 2017-02-01; 19(5):3845-3856. DOI: 10.1039/c6cp07873g. (IF: 3.9)

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? Hui-Yuan Zhang, Qin Xu*, Yu-Kun Wang, Tang-Zhen Zhao, Dan Hu, Dong-Qing Wei*. Passive Transmembrane Permeation Mechanisms of Monovalent Ions Explored by Molecular Dynamics Simulations. J. Chem. Theory Comput., 2016-09-06; 12 (10): 4959–4969. DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00695. (IF: 5.4)

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? Huai-Meng Fan, Ruo-Xu Gu, Yan-Jing Wang, Yun-Long Pi, Yong-Hong Zhang, Qin Xu*, Dong-Qing Wei*. The Destabilization of Alzheimer's Aβ42 Protofibrils with a Novel Drug Candidate wgx-50 by Molecular Dynamics Simulations. J. Phys. Chem. B 2015-05-21; 119(34):11196-11202. DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b03116 (Impact factor: 3.1)

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? Qin Xu, Yu-Zhuo Chu, Hao-Bo Guo, Jeremy C. Smith, Hong Guo*. Energy Triplets for Writing Epigenetic Marks: Insights from QM/MM Free-Energy Simulations of Protein Lysine Methyltransferases. Chem-Eur. J., 2009-10-30; 15(46): 12596-12599. DOI: 10.1002/chem. (IF: 5.2)

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? Qin Xu, Haobo Guo, Alexander Wlodawer, Hong Guo*. The Importance of Dynamics in Substrate-Assisted Catalysis and Specificity. J. Am. Chem. Soc., 2006-04-18; 128 (18): 5994 -5995. DOI: 10.1021/ja058831y (IF: 14.4)

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? Haobo Guo, Niny Rao, Qin Xu, Hong Guo*. Origin of Tight Binding of a Near-Perfect Transition-State Analogue by Cytidine Deaminase: Implications for Enzyme Catalysis. J. Am. Chem. Soc., 2005-02-05; 127 (9): 3191-3197. DOI: 10.1021/ja** (IF: 14.4)

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获奖情况
2017.10 浙江台州市“500精英”人才




教学情况

2003-2009 美国田纳西大学 助教，涉及统计，运营和管理科学系的多门统计学课程、细胞和分子生物学系的生化及分子生物学实验、同源模拟与生物信息学、生物物理化学等课程。
2013至今任上海交通大学副研究员，教授或参与计算机辅助药物设计、结构生物信息学、计算生物学、高级生物信息学、生物信息学概论等课程，及分子动力学模拟研讨班等。




1.上海交通大学转化医学交叉研究基金，ZH2018ZDA06，“缺氧调控的EGFL6用于小肠血管畸形的基因诊断治疗和预后预测”，2019/01-2021/12，项目合作主持人；
2.国家自然科学基金重点项目，**，“高通量蛋白质组学计算的基础理论与算法”，2019/01-2023/12，项目参与人；
3.国家自然科学基金面上项目，**，“凝血因子丝氨酸蛋白酶催化活性的分子动力学研究”，2018/01-2021/12，项目主持人；
4.浙江台州市500精英计划，2018CLY01，“转基因蛋白检测设备研发”，2018/08-2020/08，项目主持人；
5.国家重点研发计划，2016YFA**，“蛋白-蛋白相互作用及其网络的理论计算新方法与应用”，第3子课题“蛋白-蛋白结合界面特征与识别机制”，2016-2021，项目参与人；
6.国家自然科学基金青年基金，**，“质子和离子跨磷脂双分子层渗透机制的分子动力学模拟”，2015/01-2017/12，项目主持人。

承担项目


学生培养
刘亚统 2019 研究生
张至立 2018 研究生
张育芳 2017 研究生
穆俊羲 2019 本科生
陈伟志 2018 本科生
毛 勇 2018 本科生




瞿思颖 2016 研究生
白礼月 2015 研究生
杨海峰 2014 研究生
彭天博 2018 本科生
侯乃侨 2018 本科生
叶之凡 2017 本科生
林 浩 2016 本科生
曹 玮 2015 本科生
徐 珂 2014 本科生
胡小林 2013 本科生
颜慧颖 2013 本科生





在读学生
毕业学生



在读学生
毕业学生

刘亚统 2019 研究生
张至立 2018 研究生
张育芳 2017 研究生
穆俊羲 2019 本科生
陈伟志 2018 本科生
毛 勇 2018 本科生




瞿思颖 2016 研究生
白礼月 2015 研究生
杨海峰 2014 研究生
彭天博 2018 本科生
侯乃侨 2018 本科生
叶之凡 2017 本科生
林 浩 2016 本科生
曹 玮 2015 本科生
徐 珂 2014 本科生
胡小林 2013 本科生
颜慧颖 2013 本科生