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上海交通大学生命科学技术学院导师教师师资介绍简介-熊毅
本站小编 Free考研考试/2021-01-03
熊毅 副研究员
电话:+86-
邮箱:xiongyi@sjtu.edu.cn
地址:叶杰全楼416
实验室网址:http://xbioinfo.sjtu.edu.cn
学术经历
2018.12– 上海交通大学生物信息学与生物统计学系 副研究员
2014.01– 2018.12 上海交通大学生物信息学与生物统计学系 助理研究员
2012.01 – 2013.12 美国普渡大学生物学系 博士后
2018.12– 上海交通大学生物信息学与生物统计学系 副研究员
2014.01– 2018.12 上海交通大学生物信息学与生物统计学系 助理研究员
2012.01 – 2013.12 美国普渡大学生物学系 博士后
研究方向
人工智能、机器学习、生物信息学
侧重于研究如何将人工智能、机器学习领域中的新算法运用到生物医药大数据的挖掘与分析任务中。
研究的算法类别包括:
1)有监督二分类学习算法
2)多标签多分类学习算法
3)深度学习算法
4)基于图和网络的学习算法
研究的生物问题包括:
1) 蛋白质功能预测
2)药物发现与开发
研究方向
人工智能、机器学习、生物信息学 侧重于研究如何将人工智能、机器学习领域中的新算法运用到生物医药大数据的挖掘与分析任务中。
研究的算法类别包括:
1)有监督二分类学习算法
2)多标签多分类学习算法
3)深度学习算法
4)基于图和网络的学习算法
研究的生物问题包括:
1) 蛋白质功能预测
2)药物发现与开发
代表论著
? Yanyi Chu, Xiaoqi Shan, Tianhang Chen, Mingming Jiang, Yanjing Wang, Qiankun Wang, Dennis Russell Salahub, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. (2020) DTI-MLCD: predicting drug-target interactions using multilabel learning with community detection method. Brief. Bioinform. doi:10.1093/bib/bbaa205 (2019 IF: 8.990)
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? Wei Wang, QiuYing Dai, Fang Li, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. (2020) MLCDForest: multi-label classification with deep forest in disease prediction for long non-coding RNAs. Brief. Bioinform. doi:10.1093/bib/bbaa104 (2019 IF: 8.990)
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? Yanyi Chu, Aman Chandra Kaushik, Xiangeng Wang, Wei Wang, Yufang Zhang, Xiaoqi Shan, Dennis Russell Salahub,Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. (2019)DTI-CDF: a Cascade Deep Forest Model Towards The Prediction of Drug-Target Interactions Based on Hybrid Features.Brief. Bioinform. doi:10.1093/bib/bbz152 (2019 IF: 8.990)
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? Xiaoqi Shan, Xiangeng Wang, Cheng-Dong Li, Yanyi Chu, Yufang Zhang,Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. (2019)Prediction of CYP450 Enzyme-Substrate Selectivity Based on the Network-Based Label Space Division Method.J. Chem. Inf. Model. 59:4577-4586 (2019 IF: 4.549)
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? Ting Fang, Zizheng Zhang, Rui Sun, Lin Zhu, Jingjing He, Bei Huang*, Yi Xiong*, Xiaolei Zhu*. (2019) RNAm5CPred: Prediction of RNA 5-methylcytosine Sites Based on Three Different Kinds of Nucleotide Composition. Mol. Ther.-Nucl. Acids18:739-747. (2019 IF: 7.032)
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? Ronghui You, Shuwei Yao,Yi Xiong, Xiaodi Huang, Fengzhu Sun, Hiroshi Mamitsuka, Shanfeng Zhu*. (2019)NetGO: Improving Large-scale Protein Function Prediction with Massive Network Information.Nucleic Acids Res. 47:W379–W387(2019 IF: 11.501)
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? Yi Xiong, Qiankun Wang, Junchen Yang, Xiaolei Zhu*, Dong-Qing Wei*. (2018)PredT4SE-Stack: Prediction of Bacterial Type IV Secreted Effectors from Protein Sequences using a Stacked Ensemble Method.Front. Microbiol. 9: 2571. (2018 IF: 4.259)
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? Ling Liu†,Yi Xiong†, Hongyun Gao, Dong-Qing Wei, Julie C Mitchell*, Xiaolei Zhu*. (2018)dbAMEPNI: a Database of Alanine Mutagenic Effects for Protein-Nucleic Acid Interactions.Database (2018 IF: 3.683) (Co-first authors)
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? Xiaolei Zhu, Yi Xiong, Daisuke Kihara*. (2015) Large-Scale Binding Ligand Prediction by Improved Patch-based Method Patch-Surfer2.0. Bioinformatics31(5):707-713. (2015 IF: 5.766)
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? Uma K. Aryal,Yi Xiong, Zachary McBride, Daisuke Kihara, Jun Xie, Mark C. Hall, Daniel B. Szymanski*. (2014)A Proteomic Strategy for Global Analysis of Plant Protein Complexes.Plant Cell26:3867-3882. (2014 IF: 9.338)
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主持课题
2017.01-2019.12 基于蛋白质分子表面信息的核酸结合界面的分析和预测(项目批准号:**),国家自然科学基金青年基金
2016.12-2018.12 基于药物和靶标信息的药物组合数据库与预测模型构建(项目批准号:IIPL-2016-005),上海市智能信息处理重点实验室开放课题基金(复旦大学)
2014.01-2016.12 上海交通大学科技创新专项-新进教师科研起步启动基金
2014 教育部留学回国人员科研启动基金(第48批)
合作课题
2020.01-2022.12 开发新型可变剪接算法探索iPS衍生内皮细胞间质化关键调控因子及其对iPS细胞移植治疗的潜在价值(项目批准号:YG2019ZDA12),上海交通大学“交大之星”计划医工交叉研究基金重点项目
2020.01-2022.12 21号染色体相关的新型抑癌基因鉴定及其功能机制研究(项目批准号:YG2019GD01),上海交通大学“交大之星”计划医工交叉研究基金滚动支持项目
2019.01-2022.12 大规模蛋白质功能预测的高效算法研究(项目批准号:**),国家自然科学基金面上项目
2019.01-2021.12 正电子显像探针18F-AV45 评价wgx-50在治疗阿尔茨海默病中的作用机制研究(项目批准号:ZH2018QNA41),上海交通大学转化医学交叉研究基金青年项目
2016.01-2018.12 RCAN1.4调控肿瘤血管生成及肝癌转移的分子机理研究(项目批准号:YG2015QN34),上海交通大学医工交叉研究基金青年项目
参与课题
2019.01-2023.12 高通量蛋白质组学计算的基础理论与算法(项目批准号:**),国家自然科学基金重点基金
2016.07-2021.06 蛋白-蛋白相互作用及其网络的理论计算新方法与应用:蛋白-蛋白结合界面特征与识别机制(课题编号:2016YFA**),国家重点研发计划
承担项目
学生培养
蒋明明 (2019级学术型硕士生)
赵博文 (2020级学术型硕士生)
陈天航(2017级本科生,指导该生第20期大创项目,指导该生以第一作者在Front. Microbiol. (IF: 4.235)发表SCI期刊论文1篇)
在读学生
在读学生
蒋明明 (2019级学术型硕士生)
赵博文 (2020级学术型硕士生)
陈天航(2017级本科生,指导该生第20期大创项目,指导该生以第一作者在Front. Microbiol. (IF: 4.235)发表SCI期刊论文1篇)
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由德林教授电话:+86-邮箱:dlyou@sjtu.edu.cn实验室网址:http://mml.sjtu.edu.cn/学术经历2001年于吉林大学获生物化学与分子生物学专业博士学位;2001-2003年在北京大学生命科学学院做博士后研究;2003年于上海交通大学生命科学技术学院工作,聘为副教授, ...上海交通大学师资导师 本站小编 Free考研考试 2021-01-03上海交通大学生命科学技术学院导师教师师资介绍简介-杨超
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杨广宇研究员电话:+86-邮箱:yanggy@sjtu.edu.cn地址:上海市东川路800号上海交通大学生命学院3号楼305室实验室网址:http://enzyme.sjtu.edu.cn/yjry_v.asp?upid=114&idh=7主要从事酶工程与合成生物学研究,在SciAdv.,Natu ...上海交通大学师资导师 本站小编 Free考研考试 2021-01-03上海交通大学生命科学技术学院导师教师师资介绍简介-杨峰平
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于晶副研究员电话:+86-邮箱:jingyu@sjtu.edu.cn研究工作主要专注于针对重要疾病的药物靶点,进行特异靶向药效新分子的发现、分析及其作用机制的研究,以及药物递送的研究。作为第一(或共第一)或共同通讯作者,已连续在本领域的权威期刊上发表原创科研论文多篇,发表论文得到了国际同行的积极评价 ...上海交通大学师资导师 本站小编 Free考研考试 2021-01-03上海交通大学生命科学技术学院导师教师师资介绍简介-杨虹
杨虹教授电话:+86-邮箱:hongyang@sjtu.edu.cn地址:上海市东川路800号生物药学楼3号楼419室下载CV学术经历1993年7月于无锡轻工大学(现江南大学)发酵工程专业获得工学博士学位。1993年8月至今于上海交通大学生命科学技术学院工作,2002年起任教授,2003年起任博士生 ...上海交通大学师资导师 本站小编 Free考研考试 2021-01-03上海交通大学生命科学技术学院导师教师师资介绍简介-杨立桃
杨立桃教授电话:+86-邮箱:yylltt@sjtu.edu.cn地址:上海市东川路800号生物药学楼1号楼101;2号楼519实验室网址:http://zhanglab.sjtu.edu.cn/教育部新世纪优秀人才、上海市晨光****、上海市青年科技启明星。主要从事生物新技术产品安全检测与评价研究 ...上海交通大学师资导师 本站小编 Free考研考试 2021-01-03上海交通大学生命科学技术学院导师教师师资介绍简介-余婧
余婧助理研究员电话:邮箱: ...上海交通大学师资导师 本站小编 Free考研考试 2021-01-03上海交通大学生命科学技术学院导师教师师资介绍简介-姚庆苹
姚庆苹副研究员电话:+86-邮箱:qpyao@sjtu.edu.cn地址:上海交通大学闵行校区东川路800号生物楼2号楼学术经历2009.12-至今上海交通大学生命科学技术学院助理实验师,实验师,助理研究员,副研究员,硕士导师2007.8-2009.7美国德克萨斯大学圣安东尼奥分校(UNIVERSI ...上海交通大学师资导师 本站小编 Free考研考试 2021-01-03