导师介绍

导师姓名
欧竑宇
导师性别男
职务职称教授.
所在院系生命科学技术学院
所属学科生物学
研究方向微生物基因组学生物信息学
联系电话021-62933765*2132
电子邮箱hyou@sjtu.edu.cn

个人简介

欧竑宇，微生物学教授。1997年本科毕业于南京农业大学；2001年硕士毕业于天津科技大学。2004年博士毕业于天津大学，师从生物信息学家张春霆院士。2004年至2006年，英国莱斯特大学医学院博士后，细菌基因组学。2006年6月起在上海交通大学生命学院分子微生物实验室担任副教授,2009年遴选为博士生导师，2012年任教授，致力于微生物组学这一新研究领域的开拓。从菌种资源发掘和建立比较组学平台开始，聚焦在细菌可移动基因组功能解析的若干关键科学问题，将研究小组引入到条件致病菌致病和耐药等重要课题的探索。建组研究小组五年来，以分子微生物学和生物信息学交叉互动策略来突显研究的创新性，已合作发表23篇SCI论文；其中，11篇为通讯作者或第一作者，发表在NucleicAcidsResearch、JournalofMolecularDiagnostics、JournalofBacteriology、PLoSONE等国际生物学杂志上。承担了8个课题，其中主持了5个课题，包括1项863计划项目和3项国家自然科学基金项目。多次担任国内外生物学刊物Gene、AminoAcids、JournalofBiomolecularStructureandDynamics和《微生物学通报》的审稿人；曾9次在国际国内会议上作学术报告，两次担任分会场主持人；2007年曾入选上海市“青年科技启明星计划”，2008年获得了明治乳业生命科学奖，2009年入选上海交通大学晨星青年学者奖励计划SMC优秀青年教师(A类)，2010年入选教育部新世纪优秀人才支持计划。
代表性论著

更多论文信息请参考研究小组网站,http://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/(14)D.Bi,Z.Xu,E.Harrison,C.Tai,Y.Wei,X.He,S.Jia,Z.Deng.,K.Rajakumar*andH.Y.Ou*(2012)ICEberg:aweb-basedresourceforintegrativeandconjugativeelementsfoundinBacteria.NucleicAcidsResearch,40,D621-D626.(13)J.Li,X.Qu,X.He,L.Duan,G.Wu,D.Bi,Z.Deng,W.Liu*,H.Y.Ou*(2012)ThioFinder:aweb-basedtoolfortheidentificationofthiopeptidegeneclustersinDNAsequences.PloSONE,7,e45878.(12)C.Zhao,P.Li,Z.Deng,H.Y.Ou*,R.P.McGlinchey,D.O'Hagan*(2012)InsightsintofluorometabolitebiosynthesisinStreptomycescattleyaDSM46488throughknockoutmutants.BioorganicChemistry,44,1-7.(11)P.Liu,P.Li,X.Jiang,D.Bi,Y.Xie,C.Tai,Z.Deng,andH.Y.Ou*(2012)CompletegenomesequenceofKlebsiellapneumoniaesubsp.pneumoniaehs11286,amultidrug-resistantstrainisolatedfromhumansputum.JournalofBacteriology,JournalofBacteriology,194,1841-1842.(10)Y.Shao,E.M.Harrison,D.Bi,C.Tai,X.He,H.Y.Ou*,K.RajakumarandZ.Deng(2011)TADB:aweb-basedresourceforType2toxin-antitoxinlociinBacteriaandArchaea.NucleicAcidsResearch,39,D606-D611.(9)J.Zhang,J.JurriaanvanAartsen,X.Jiang,Y.Shao,C.Tai,X.He,Z.Tan,Z.Deng,S.Jia*,K.RajakumarandH.Y.Ou*(2011)ExpansionoftheknownKlebsiellapneumoniaespeciesgenepoolbycharacterizationofnovelalienDNAislandsintegratedintotmRNAgenesites.JournalofMicrobiologicalMethods,84,283-289.(8)H.Y.Ou*andK.Rajakumar*(2011)Bookchapter:“ArrayOme-&tRNAcc-facilitatedmobilomediscovery:comparativegenomicsapproachesforidentifyingrichveinsofbacterialnovelDNAsequences”,HandbookofMolecularMicrobialEcologyI:MetagenomicsandComplementaryApproaches,EditorF.J.deBruijn,JohnWiley&Sons,Inc.(7)G.Liu,H.Y.Ou,T.Wang,L.Li,H.Tan,X.Zhou,K.Rajakumar,Z.DengandX.He(2010)CleavageofPhosphothioatedDNAandMethylatedDNAbytheTypeIVRestrictionEndonucleaseScoMcrA.PLoSGenetics,6(12):e1001253.(6)Y.Shao,X.He,C.Tai,H.Y.Ou*,RajakumarK.andDengZ.(2010)mGenomeSubtractor:aweb-basedtoolforparallelinsilicosubtractivehybridizationanalysisofmultiplebacterialgenomes.NucleicAcidsResearch,38,W194-W200.(5)N.Chen$,H.Y.Ou$,J.J.vanAartsen,X.Jiang,M.Li,Z.Yang,Q.Wei,X.Chen,X.He,Z.Deng,K.Rajakumar,Y.Lu(2010)ThepheVphenylalaninetRNAgeneinKlebsiellapneumoniaeclinicalisolatesisanintegrationhotspotforpossibleniche-adaptationgenomicislands.CurrentMicrobiology,60,210-6.($Theseauthorscontributedequallytothiswork.)(4)H.Y.Ou,X.He,Y.Shao,C.Tai,K.RajakumarandZ.Deng(2009)dndDB:adatabasefocusedonphosphorothioationoftheDNAbackbone.PLoSONE,4,e5132.(3)H.Y.Ou$;,C.T.S.Ju$;,K.L.Thong,N.Ahmad,Z.Deng,M.R.BarerandK.Rajakumar(2007).TranslationalGenomicstoDevelopaSalmonellaentericaSerovarParatyphiAMultiplexPCRAssay.JournalofMolecularDiagnostics,2007,9,624-630.($Theseauthorscontributedequallytothiswork.)(CoverFigureandCommentin:JMolDiagn.,2007,9,572-573.)(2)H.Y.Ou,X.He,E.M.Harrison,B.R.Kulasekara,A.B.Thani,A.Kadioglu,S.Lory,J.C.Hinton,M.R.Barer,Z.DengandK.Rajakumar(2007).MobilomeFINDER:web-basedtoolsforinsilicoandexperimentaldiscoveryofbacterialgenomicislands.NucleicAcidsResearch,35,W97-W104.(1)X.He,H.Y.Ou,Q.Yu,X.Zhou,J.Wu,J.Liang,W.Zhang,K.RajakumarandZ.Deng(2007).AnalysisofagenomicislandhousinggenesforDNAS-modificationsysteminStreptomyceslividans66anditscounterpartsinotherdistantlyrelatedbacteria.MolecularMicrobiology,65,1034-48.