导师介绍

导师姓名
陈海峰
导师性别男
职务职称副教授.
所在院系生命科学技术学院
所属学科生物学
研究方向计算生物学生物信息学
联系电话021-34204348
电子邮箱haifengchen@sjtu.edu.cn

个人简介

陈海峰，上海交通大学生物信息学与生物统计学系副教授,博士生导师。1994年本科毕业于西安交通大学，获理学学士学位；1997年硕士毕业于四川大学，获理学硕士学位；2003年毕业于法国巴黎第七大学，获计算化学博士学位。2005年至2006年，在美国加州大学尔湾分校进行博士后研究,研究方向是结构生物信息学。2007年1月回国到上海交通大学工作后，以结构生物学为导向，结合生物信息学方法和生物物理学技术,系统研究天然无规蛋白的折叠机制、与老年痴呆相关的淀粉纤维蛋白的错误折叠机制、microRNA上调蛋白翻译的分子机制以及计算机辅助药物设计等，研究工作在国内外相关领域已产生了一定的影响。并在J.Am.Chem.Soc.,NucleicAcidsRes.,RNA,J.Chem.TheoryComput.,JChem.Phys.，PLoSONE，AnalyticaChimicaActa等国际化学与生物学刊物发表SCI论文五十五篇,累积影响因子超过一百三十点，至今他引已超过两百余次。其中本人为第一作者或通讯作者的SCI论文四十篇。申请四项专利，八项软件著作权，获2003年度上海市科学技术进步一等奖一项。主持国家自然科学基金两项，上海市浦江人才计划一项，上海教委创新重点项目一项，上海市自然科学基金一项，科技部973及863子课题各一项，科研骨干参与863一项，主持交大医工交叉项目、交大文理结合重点项目、交大985研究生公共基础课建设项目各一项。多次在国内外学术会议中做邀请报告。
代表性论著

1.H.F.Chen,R.Luo.Bindinginducedfoldinginp53-MDM2complex.J.Am.Chem.Soc.129(2007)2930-2937.2.H.F.Chen*.MechanismofCoupledFoldingandBindinginthesiRNA-PAZComplex.J.Chem.TheoryComput.4(2008)1360-1368.3.H.F.Chen*.Quantitativepredictionsofgaschromatographyretentionindexeswithsupportvectormachines,radialbasisneuralnetworksandmultiplelinearregression.AnalyticaChimicaActa609(2008)24-36.4.H.F.Chen*.ComputationalstudyofhistamineH3-receptorantagonistwithsupportvectormachinesandthreedimensionquantitativestructureactivityrelationshipmethods.AnalyticaChimicaActa624(2008)203-209.5.J.Wang,C.Tan,H.F.Chen,R.Luo.All-AtomComputerSimulationsofAmyloidFibrilsDisaggregation.BiophysicsJ.95(2008)5037-5047.6.H.F.Chen*.Post-translationalModificationofPhosphorylatedKIDfromMolecularDynamicsSimulation.PLoSONE4(2009)e6516.7.F.Qin,Y.Chen,Y.Li,H.F.Chen*.InducedFitofmRNA/TIS11dComplex.J.Chem.Phys.131(2009)115103.8.H.F.Chen*.InSilicologPPredictionforaLargeDataSetwithSupportVectorMachines,RadialBasisNeuralNetworksandMultipleLinearRegression.ChemBiolDrugDes74(2009)142–147.9.F.Qin,Y.Chen,M.Wu,Y.Li,J.Zhang,H.F.Chen*.InducedFitorConformationalSelectionforRNA/U1Afolding.RNA16(2010)1053-1061.10.Y.Chen,Y.He,M.Wu,G.Yan,Y.Li,J.Zhang,H.F.Chen*.InsightintotheStabilityofCross-βAmyloidFibrilfromMolecularDynamicsSimulation.Biopolymers93(2010)578-586.11.Y.Chen,Z.Li,H.F.Chen*.ComputationalStudyofCCR5AntagonistwithSupportVectorMachinesandThreeDimensionalQuantitativeStructureActivityRelationshipMethods.ChemBiolDrugDes75(2010)295-309.12.Z.Huang,L.Zhu,Y.Cao,G.Wu,X.Liu,Y.Chen,Q.Wang,T.Shi,Y.Zhao,Y.Wang,W.Li,Y.Li,H.F.Chen*,G.Chen,J.Zhang.ASD:acomprehensivedatabaseofallostericproteinsandmodulators.NucleicAcidsResearch.39(2011)D663–D669.13.F.Qin,Y.Jiang,Y.Chen,M.Wu,G.Yan,W.Ye,Y.Li,J.Zhang,H.F.Chen*.ConformationalSelectionorInducedFitforBrinkerandDNARecognition.PCCP.13(2011)1407-1412.14.J.Xiong,H.Wang,G.Guo,S.Wang,L.He,H.F.Chen*,JiWu.MaleGermCellApoptosisandEpigeneticHistoneModificationInducedbyTripterygiumwilfordiiHookF.PLoSONE6(2011)e20751.15.Z.Li,H.Zhang,Y.Li,J.Zhang,H.F.Chen*.DrugResistantMechanismofDiaryltriazineAnalogInhibitorsofHIV-1ReverseTranscriptaseUsingMolecularDynamicsSimulationand3D-QSAR.ChemBiolDrugDes77(2011)63-74.16.H.Zhang,F.Qin,W.Ye,Z.Li,S.Ma,Y.Xia,Y.Jiang,J.Zhu,Y.Li,J.Zhang,H.F.Chen*.RevealingtheDrug-ResistantMechanismforDiarylpyrimidineAnalogueInhibitorsofHIV-1ReverseTranscriptase.ChemBiolDrugDes78(2011)427-437.17.W.Ye,Y.Chen,W.Wang,Q.Yu,Y.Li,J.Zhang,H.F.Chen*.InsightintotheStabilityofcross-betaAmyloidFibrilfromVEALYLShortPeptidewithMolecularDynamicsSimulation.PLoSONE.7(2012)e36382.18.W.Ye,F.Qin,J.Zhang,R.Luo,H.F.Chen*.AtomisticMechanismofmicroRNATranslationUpregulationviaMolecularDynamicsSimulations.PLoSONE.7(2012)e43788.19.F.Qin,W.Ye,Y.Chen,X.Chen,Y.Li,J.Zhang,H.F.Chen*.SpecificRecognitionbetweenIntrinsicallyDisorderedLEFandDNA.PCCP.14(2012)538-545.20.G.Yan,Y.Chen,Y.Li,H.F.Chen*.RevealingInteractionModebetweenHIV-1ProteaseandMannitolAnalogInhibitor.ChemBiolDrugDes79(2012)916-925.