导师介绍

导师姓名
刘琪
导师性别女
职务职称副教授.
所在院系生命科学技术学院
所属学科生物学
研究方向复杂疾病的系统生物学研究多组学数据的综合分析方法研究
联系电话021-34204348
电子邮箱liuqi@sjtu.edu.cn

个人简介

一直致力于生物信息学各个领域的研究，在跨膜蛋白的拓扑预测、基因芯片的数据分析、蛋白质相互作用的预测、基因调控网络的重构等方面取得了一系列突破性的成果。在Science（29.747）,CellResearch（8.151）,GenomeBiology（6.626）,PLOSComputationalBiology（5.759）,Bioinformatics（4.926）,BMCBioinformatics（3.428）,BBRC（2.548）,ComputationalBiologyandChemistry（1.37），PatternRecognitionLetters（1.303）,ChineseScienceBulletin(0.917),ChineseJournalofChemistry（0.891）等国内外核心刊物上发表论文二十余篇，累计影响因子超过70点。近五年来，主要致力于组学数据的综合分析，蛋白质相互作用的预测和转录调控网络的构建等研究。改进了蛋白质相互作用预测的方法并用于预测钩端螺旋体赖株蛋白质相互作用网络，成果发表在Bioinformatics和ChineseScienceBulletin上。参与分析了所有生物的七次跨膜蛋白，发现物种的大规模基因复制的事件发生具有非常明显的周期性，而这些周期性与地质纪年上的大规模氧气爆发事件完全耦合在一起,相关成果发表在PLOSComputationalBiology上。发展了综合ChIP-chip数据，表达谱数据和转录因子敲除数据来构建调控网络的方法，相关成果发表在GenomeBiology,BBRC,生物化学与生物物理进展，ChineseJournalofChemistry上。2009年指导大四本科生开展转录因子协同关系的研究，发展了一种准确性更高的协同作用转录因子识别方法，成果发表在CellResearch上。2009至2010年与Merck合作开展研究，申请者将蛋白质修饰数据和转录组数据相结合，发现那些造成基因表达谱变化的关键转录因子，相关成果发表在BMCBioinformatics上。目前承担了两项国家自然科学基金项目（编号：30700154，31070746），并作为生物信息学方面的负责人参与重大研究计划（编号：2009CB918404）和国家高技术研究发展计划（编号：2007AA02Z329）
代表性论著

1.YiYang,ZiliZhang,YixueLi,XinguangZhu,QiLiu.IdentifyingcooperativetranscriptionalfactorsbycombiningChIP-chipdataandknock-outdata.CellResearch,2010,20(11),1276-1278.(correspondingauthor)2.QiLiu,YejunTan,TaoHuang,GuohuiDing,ZhidongTu,LeiLiu,YixueLi,HongyueDai,LuXie.TF-centereddownstreamgenesetenrichmentanalysis:InferenceofcausalregulatorsbyintegratingTF-DNAinteractionandproteinpost-translationalmodificationinformation.BMCBioinformatics,2010,11:s5.3.QiLiu,GuohuiDing,TaoHuang,YixueLietal.,ConsideringdependenciesamongstgeneshelptoadjustthesignificancerankofDEGs.ChineseJournalofChemistry,2010,28:1284-12904.JiangLihua，LiYixue，LiuQi.ReconstructionofgeneregulatorynetworksbyintegratingChIP-chip,knockoutandexpressiondata.ProgressinBiochemistryandBiophysics，2010,37(9):996~1005.(correspondingauthor)5.HaoyuCheng,LihuaJiang,MaoyingWuandQiLiu.InferringTranscriptionalInteractionsbytheOptimalIntegrationofChIP-chipandKnock-outData.BioinformaticsandBiologyInsights2009:3129-140(correspondingauthor)6.Qi,Liu,Jia,Xiong,Yong,Deng.Asubjectivemethodologyforriskquantificationbasedongeneralizedfuzzynumbers，INTERNATIONALJOURNALOFGENERALSYSTEMS，2008,37(2),149-165.7.LiJ,LiuZ,PanY,LiuQ,FuX,CooperNG,LiY,QiuM,ShiT.RegulatoryModuleNetworkofbHLHTranscriptionFactorsinMouseBrain.GenomeBiol.2007Nov19;8(11):R2448.SunJ,SunY,DingG,LiuQ,WangC,HeY,ShiT,LiY,ZhaoZ.InPrePPI:anintegratedevaluationmethodbasedongenomiccontextforpredictingprotein-proteininteractionsinprokaryoticgenomes.BMCBioinformatics.2007Oct26;8(1):4149.ZiliangQian,LingyiLu,LiuQi,andYixueLi，Anefficientmethodforstatisticalsignificancecalculationoftranscriptionfactorbindingsites，Bioinformation.2007;2(5):169-174.10.LiuQi,DengYong,WangChuan,ShiTieliu,LiYixue.CorrelatingExpressionDatawithGeneFunctionusingGeneOntology,ChineseJournalofChemistry2006,24(9):1247－1254.11.LiJ,LiuQ,QiuM,PanY,LiY,ShiT.Identificationandanalysisofthemousebasic/Helix-Loop-Helixtranscriptionfactorfamily.BiochemBiophysResCommun.2006,350(3):648-656.12.DingG,KangJ,LiuQ,ShiT,PeiG,LiY.Insightsintothecouplingofduplicationeventsandmacroevolutionfromanageprofileofanimaltransmembranegenefamilies.PLoSComputBiol.2006,2(8):e102.