导师介绍

导师姓名
韦朝春
导师性别男
职务职称副教授.
所在院系生命科学技术学院
所属学科生物学
研究方向生物信息学系统生物学
联系电话02161313674
电子邮箱ccwei@sjtu.edu.cn

个人简介

韦朝春，博士。1996年获北京大学数学学士，2006年获美国华盛顿大学（圣路易斯）计算机科学博士学位。随后到美国微软总部工作。2008年初至今任上海交通大学生命学院生物信息学与生物统计学系副教授，兼上海生物信息技术研究中心课题组长。目前研究方向包括基因结构预测，调控模块识别，元基因组学和微生物基因组学中的模型和算法，以及GPU在生物信息学中的应用研究等。韦朝春博士在生物序列分析尤其是基因预测领域进行了较为深入的研究，已经在PLoSBiology，GenomeResearch，Bioinformatics，BMCBioinformatics，PLoSONE等国际著名学术期刊发表了一系列论文，总影响因子超过80，引用次数超过800次。其中在线虫（C.elegans）的基因结构预测方面的结果是世界上第一个在基因水平上准确率突破60%的多细胞生物基因预测系统。主持完成和在研的项目包括国家“863”项目一项，国家自然科学基金面上项目一项，以及上海浦江人才等多个科研项目。韦朝春博士是上海交通大学iGEM团队的创建者，参与指导交大iGEM团队第一次参加iGEM大赛（2009年），获得金奖。科研方向：1）基因结构预测；2）调控因子识别；3）元基因组学和病原基因组学，以及4）GPU在生物信息学中的应用研究。基因结构预测：利用统计模型和算法基因结构预测，包括可变剪切预测，重复序列对基因结构的影响，SNP对基因结构的影响，以及基因结构可变程度和相关基因疾病易感性的关联研究等；调控因子识别：转录因子结合位点以及目标基因寻找以及调控因子模块寻找等。元基因组学和病原基因组学：基于新一代测序技术的元基因组数据采集和分析方法与系统及其应用，包括元基因组物种组成结构和基因功能组成分析系统以及基于元基因组学的未知病原鉴定系统等；GPU在生物信息学中的应用：包括利用GPU加速元基因组学分析系统和高速序列比对算法等。
代表性论著

1.He,Y.,Zheng,G.,Wei,C.*,“CTF:Atranscriptionfactorbindingsitepredictionsystemusingconditionalrandomfields”,2012,ICIBM,(accepted)1.Zheng,G.,Wang,H.,Wei,C.*,Li,Y.,“iGepros:Anintegratedgeneandproteinannotationserverforbiologicalnatureexploration”,BMCBioinformatics，2011,12(Suppl14):S6.IF:3032.Jia,P.,Xuan,L.,Liu,L.,Wei,C.*,“MetaBinG:UsingGPUstoAccelerateMetagenomicSequenceClassification”,PLoSONE，2011,6(11):e25353.IF:4.412.Ling,Z.,Kong,J.,Jia,P.,Wei,C.,Wang,Y.,Pan,Z.,Huang,W.,Chen,H.,Xiang,C.,“AnalsysisoforalmicrobiotainchildrenwithdentalcariesbyPCR-DGGEandBarcodedPyrosequencing”,2010,MicrobialEcology,60(3):677-90.IF:3.253.TheMGCProjectTeam,“TheCompletionoftheMammalianGeneCollection(MGC)”,GenomeResearch,2009,19:2324-2333.IF:13.594.Yang,X.,Xie,L.,Li,Y.,Wei,C*.“Morethan9,000,000UniqueGenesinHumanGutBacterialCommunity:EstimatingGeneNumbersInsideaHumanBody”,PLoSONE,2009,4(6):e6074.IF:4.415.Zheng,G.,Qian,Z.,Yang,Q.,Wei,C.,Xie,L.,Zhu,Y.andLi,Y.“TheCombinationApproachofSVMandECOCforPowerfulIdentificationandClassificationofTranscriptionFactor”,BMCBioinformatics,2008Jun16；9(1）：282.IF:3.036.Zheng,G.,Tu,K.,Yang,Q.,Xiong,Y.,Wei,C.,Xie,L.,Zhu,Y.andLi,Y.“ITFP:anintegratedplatformofmammaliantranscriptionfactors”,Bioinformatics,2008,24(20):2416-2417.IF:4.887.Wei,C.andBrent,M.R.“UsingESTstoImprovetheAccuracyofdenovoGenePrediction”,BMCBioinformatics,2006,7:327.IF:3.038.Arumugam,M.,Wei,C.,Brown,R.H.andBrent,M.R.“PAIRAGON+N-SCAN_EST:AModel-BasedGeneAnnotationPipeline”,GenomeBiology,2006,7(SupplI):S5.IF:6.899.Wei,C.,Lamesch,P.,ArumugamM.,Rosenberg,J.,Hu,P.,Vidal,M.,andBrent,M.R.“ClosinginontheC.elegansORFeomebyCloningTWINSCANpredictions”,GenomeResearch,2005,15:577-582.IF:13.5910.Stein,L.D.Z.Bao,...,Wei,C.,...,Waterston,R.H.“TheGenomeSequenceofCaenorhabditisbriggsae:APlatformforComparativeGenomics”,PLoSBiology,2003,1(2):E45.IF:12.47*通讯作者