导师介绍

导师姓名
魏冬青
导师性别男
职务职称教授.
所在院系生命科学技术学院
所属学科生物学
研究方向生物信息学生物物理学
联系电话021-34204573
电子邮箱dqwei@sjtu.edu.cn

个人简介

现任上海交通大学生物信息与生物统计系教授，博士生导师，副主任。Springer期刊“InterdisciplinarySciences–ComputationalLifeSciences”主编，“J.AtomicandMolecularPhysics”ManagingEditor,“MolecularSimulation”等九家杂志编委。主要从事两个方向的研究：生物信息学和计算物理学1，生物信息学：开发了分子模拟与计算机辅助药物设计软件SAMM，构建了小分子数据库(300万)，中药有效成分数据库，药物靶标数据库，以及细胞色素P450酶多态性基因型-表型相关性数据库。把支持向量机和神经网络等非线性方法开发了统计预测模型以及基于web的软件工具并应用到药物构效关系，药物代谢动力学和基因表型相关性的研究中。利用同源建模的方法预测出了多个蛋白质的3D结构,丰富并完善了由序列到结构的结构生物信息学方法。系统开展了重要膜蛋白(Alpha7,PLN,M2ofInfluenzaAandB)，DNA-蛋白体系(Sox2-Oct1-Hoxb1),以及重要工业用酶(脂肪酶T1lipase)的分子动力学模拟研究，提出了DNA转录的Tethered-Hopping模型，和药物小分子调控离子通道开关以及脂肪酶高温活性的分子机制。以蛋白（靶标）结构为基础开展了药效团/数据库搜索，对接，分子与蛋白相互作用和分子动力学模拟等系列工作。将现代计算机药物设计方法和中药有效成分等数据库应用到药物设计和分子优化的实践中，病毒(SARS,HIV,H5N1,H1N1)和老年痴呆等疾病的药物设计。在抗SARS药物研究中取得了较为突出成绩,完成了一种抗SARS八肽的设计，合成和生物活性评估。实验证明八肽制剂对病毒有一定的抑制作用，作用强弱与剂量有一定的相关性，其半数有效浓度(EC50)值为：2.7×10-5mg/ml，比其他药物小2个数量级（魏冬青等“一种抑制冠状病毒的多肽及其衍生物”,专利号：ZL200410018679.3）。发现了花椒有效成分gx-50对人类老年痴呆受体α7有抑制作用，有可能成为先导化合物。对CYP450酶进行了系列研究，从不同人的基因多态性出发，研究酶对药物代谢动力学的规律，对个性化用药和药物设计进行了初步探索。最近在A型流感病毒M2跨膜蛋白质子通道分子调控机制的研究中取得重要进展，成果发表在化学领域著名学术期刊《美国化学会志》（JournaloftheAmericanChemicalSociety）上。这项研究工作解释了看似相互矛盾的实验现象，同时有助于阐释药物调控离子通道的机理，对于药物设计有一定的指导作用。2.计算物理学：最近取得突破性进展，采用量子分子动力学的方法模拟了固体硝基甲烷爆炸的全过程，对其机理的理论研究有一定的意义。人类使用炸药已有千年的历史，但至今爆炸机理仍不清楚。被誉为该领域里程碑式的成果，论文发表在物理学最顶级的杂志Phys.Rev.Letter之上。最主要的学术成绩是首次从理论上证明了铁电液晶的存在，论文发表在《物理学评论快讯》以及《物理学评论》上，并被广泛引用(400多次)。它解决了统计物理上长期困扰的问题，这个问题是1916年由玻恩(MaxBorn)提出来的，即偶极相互作用可能形成方向有序的液体状态。他使人们认识到这个简单的体系包涵复杂的相结构和有趣的物理现象。同时这一发现开拓了液晶研究的新领域，即研究近球状分子形成的铁电液晶，著名的物理学家M.E.vanLeeuwenandB.Smit指出(Phys.Rev.Lett.71,3991-3994(1993))魏和Patey关于软球的分子动力学模拟代表了最重要的贡献,它证明了偶极相互作用力单独可以生成方向有序的液体状态，在高密度时变成铁电固体，也是首次证明了向列铁电液体的存在。主持两个国家自然科学基金项目，完成国家863项目，5个国家自然科学基金项目以及2个省部级重点项目。作为大会主席主持召开2008年理论与计算化学国际会议(TACC2008)，第二届IEEE生物信息学及生物医学工程大会(BioinformaticsandBiomedicalEngineeringConferences，2009),以及2009和2010年计算与系统生物学国际会议（InternationalConferenceonComputationalandSystemBiology）。至今发表SCI文章100多篇，编写专著5本，11篇邀请评述文章，参与13篇专著的有关章节编写。这些工作为国际同行所广泛引用和正面评述，经SCI检索，经SCI检索，已累积引用超过3000次，最高单篇他引约200次，130次以上4篇,70次以上14篇，50次以上20篇,共有33篇引用33次以上的文章，故H因子约为33。是国内同行中引用较高的学者之一。
代表性论著

引用较高的论文Cited204times,IF:2.59-K.C.Chou,D.Q.Wei,andW.Z.Zhong,“BindingMechanismofCoronavirusMainProteinaseWithLigandsanditsImplicationtoDrugDesignAgainstSARS”,BiochemicalandBiophysicalResearchCommunications,308,148(2003).Cited197times,IF:7.33-D.Q.WeiandG.N.Patey,“OrientationalOrderinSimpleDipolarLiquids:ComputerSimulationofaFerroelectricNematicPhase”,Phys.Rev.Letter,68,2043,(1992).Cited118times,IF:2.92-D.Q.WeiandD.R.Salahub,“HydratedProtonClustersandSolventEffectsontheProtonTransferBarrier:aDensityFunctionalStudy”,J.Chem.Phys.,101,7633(1994).Cited116times,IF:2.86-D.Q.WeiandG.N.Patey,“FerroelectricLiquidCrystalandSolidPhasesFormedbyStronglyInteractingDipolarSpheres”,Phys.Rev.,A,46,7783,(1992).Cited96times,IF3.88-SuzanneSirois,Dong-QingWei,QishiDu,Kuo-ChenChou,“VirtualScreeningforSARS-CoVProteaseBasedonKZ7088PharmacophorePoints”,J.Chem.Info.Comput.Sci.,44,1111,2004.最近的论文:IF:8.58-Ruo-XuGu,LiminAngelaLiu*,andDong-QingWei*,“Equilibriumoffourbindingstatesofanti-viraldrugrimantadineinM2-lipidbilayersystem”,J.Am.Chem.Soc.,133(28),10817–10825(2011).IF:7.33-JingChang,PengLian,Dong-QingWei*,Xiang-RongChen,ZizhengGongandQingmingZhang,“Thermaldecompositionofthesolidphaseofnitromethane:Abinitiomoleculardynamicssimulations”,Phys.Rev.Lett.105,188302-188305(2010).IF:4.351-PengLian,Dong-QingWei*,Jing-FangWang*,Kuo-ChenChou,“AnAllostericMechanismInferredfromMolecularDynamicsSimulationsonPhospholambanPentamerinLipidMembranes”,PLoSONE,6,e18587（2011）.IF:3.23.H.R.Arias,Ruo-XuGu,DominikFeuerbach,Bao-BaoGuo,YongYe,andD.Q.Wei*,“NovelPositiveAllostericModulatorsoftheHumanα7NicotinicAcetylcholineReceptor”,Biochemistry,50,5263–5278(2011)IF:3.55-Jing-FangWangandDong-Qing,Wei*,“RoleofStructuralBioinformaticsandTCMdatabasesinPharmacogenomics”,Pharmacogenomics,10,1213-1215(2009)(Editorial)IF:4.82-Jing-FangWang,Cheng-ChengZhang,,Jing-YiYan,Kuo-ChenChou,Dong-QingWei*,“StructureofcytochromeP450sandpersonalizeddrug”,CurrentMedicinalChem,16,232-244(2009)(Invitedreview)专著Dong-QingWei,XijunWang(editors),TheoryandApplicationofComputationalChemistry,AIPConferenceProceedingsVolume1102,AmericanInstituteofPhysicsPress,2009.ISBN:978-0-7354-0637-7.LiminAngelaLiu(Editor),DongqingWei(Editor),InterdisciplinaryResearchandApplicationsinBioinformatics,ComputationalBiology,andEnvironmentalSciences(Hardcover),ISBN:1609600649,2010.LiminAngelaLiu,Dong-QingWei,YixueLiandHuiminLei,“HandbookofResearchonComputationalandSystemsBiology:InterdisciplinaryApplications”,ISBN:9781609604912,IGIGlobal,2011.Rong-XiuLi,Dong-QingWeiandYanFeng,“TheProteinStructureSimulationandDesign”,ChineseChemicalIndustrial,2011,ISBN：9787122101839.