45%的人类基因组序列由转座子来源的序列构成，其中很重要的一部分是短散在核重复序列（short interspersed nuclear elements, SINE）。在包括人在内的灵长类基因组中存在一类特殊的SINE序列－Alu序列，其约300 bp长。其中，人类基因组中包含了超过一百万个的Alu序列，占据了人类基因组超过11%的序列构成。Alu等重复序列在前期通常被认为是无用的“垃圾”序列，但是随着研究的深入，大量的证据表明Alu无论是在基因组进化（DNA和转录调控水平），还是在遗传信息的多样性（表观遗传调控和RNA水平）都发挥重要的调控作用。有意思的是,Alu序列可以通过RNA Polymerase III独立转录、或者是通过RNA Polymerase II共转录，产生各色各样的RNA分子并发挥重要的基因表达
调控作用，例如,大量存在于内含子的Alu序列可以通过反向互补形成RNA配对结构（inverted repeated Alu sequences, IRAlus）调控环形RNA的生成加工，而人基因组中所蕴含的大量特殊Alu序列则是环形RNA在人中高表达的主要原因之一。发表在《Trends Cell Biol》上的这一特邀综述论文，主要对上述多种Alu序列的重要调控新功能进行了总结和展望。 陈玲玲研究组致力于长非编码RNA和环形RNA的代谢机制与功能作用研究，杨力研究组专注于转录组RNA计算生物学研究。近期通过合作，系统揭示了多种新型长非编码RNA，并全面揭示了这些特殊结构非编码RNA生成加工的新机制及其潜在的重要生物学功能，极大地推动了长非编码RNA研究领域的发展，其在Alu序列对环形RNA生成加工机制的合作研究处于该领域的国际领先水平（Zhang et al, Cell, 2014; Zhang et al, Cell Rep, 2016; Zhang et al, Genome Res, 2016; Dong et al, RNA Biol, 2017; etc），并多次撰写相关研究进展综述（Chen and Yang, RNA Biol, 2015; Yang, WIREs RNA, 2015; Chen, Nat Rev Mol Cell Biol, 2016; etc）。
相关研究获得了中国科学院、科技部、国家自然科学基金委、以及上海市科委等的经费支持。(科技处)