在岗研究生导师情况介绍
所系名称生化与细胞所
性别男
专业名称生物化学与分子生物学
技术职务研究员
行政职务研究组长
Mail地址jpding@sibs.ac.cn
指导博士
生总数23指导硕士
生总数4已毕业学生通讯地址上海岳阳路320号
目前博士
生数11目前硕士
生数2目前在校生邮政编码200031
研究方向生物大分子的结构和功能
研究工作研究领域为结构生物学，主要运用结构生物学、分子生物学、生物化学、细胞生物学等方法研究生物大分子的结构和功能。目前研究工作主要围绕一些具有重要生物学意义、并且与重要疾病相关的蛋白质和蛋白质复合物的结构和功能进行研究，特别是参与染色质修饰的蛋白质、参与营养和能量调节的mTOR信号转导通路的蛋白质、参与生物代谢过程的重要酶蛋白、以及抗体和抗原复合物等。近五年来主持、参与并完成国家、科学院和地方政府的多项重大研究项目。现已在国际重要学术刊物上发表研究论文120多篇。这些研究工作不仅阐述了一些重要蛋白质分子的生物功能的结构基础、反应机理、结构和功能的关系等一系列科学问题，具有重大的科学意义；同时还为探索与这些蛋白的功能失调相关的疾病的发病机理、寻找疾病诊断的新靶标和新方法、设计和开发抗疾病药物等奠定了分子基础，具有重要的潜在应用价值。
获奖情况
指导研究
生情况已培养博士10名、硕士2名，合作培养博士2名,培养博士后4名。
在学硕士生2人、在学博士生11人。
个人简介1982年1月南京大学获理学学士学位；1984年10月中山大学获理学硕士学位；1987年10月复旦大学获理学博士学位。1987年11月至1989年6月，中国科学院上海硅酸盐研究所博士后。1989年7月至1991年8月，联邦德国柏林自由大学结晶学研究所洪堡基金会奖研金学者。1991年9月至2000年10月，美国新泽西州罗格斯（Rutgers）大学，先后任化学与化学生物学系研究助理、研究助理教授、研究副教授，以及高级生物技术和医学研究中心助理研究员和研究员。2000年11月起，任中科院上海生科院生化细胞所研究员，为中科院“百人计划”引进的杰出青年学术带头人，获得2001年国家杰出青年基金资助，2006年入选国家人事部“新世纪百千万人才工程”国家级人选。现任生化细胞所学术委员会副主任，分子生物学国家重点实验室副主任；“中国生物化学与分子生物学学会”理事、“蛋白质组学专业委员会”副主任委员、“蛋白质科学专业委员会”副主任委员；“中国生物物理学会”副理事长、“分子生物物理专业委员会”委员；“亚洲晶体学会”常务理事；“中国晶体学会”常务理事、“生物大分子专业委员会”委员；“上海生物化学与分子生物学学会”常务理事；“上海生物物理学会”常务理事、“分子生物物理和结构生物学专业委员会”主任委员等；中国《生物化学与生物物理学报》、《生物化学与生物物理进展》和《生命的化学》编委、英国《BMCStructuralBiology》副编辑、《TheBiochemicalJournal》编辑顾问委员会委员等。
近期论文近五年代表性研究论文（*通讯作者）：
(1)Zhou,M.,Dong,X.,Shen,N.,Zhong,C.,andDing,J.*“CrystalstructureofSaccaromycescerevisaetryptophanyl-tRNAsynthetase:newinsightsintothemechanismoftrptophanactivationandimplicationsforanti-fungaldrugdesign”,NucleicAcidsRes.,inpress(2009).
(2)Du,J.,Yang,H.,Zhang,D.,Wang,J.,Guo,H.,Peng,B.,Guo,Y.,andDing,J.*“StructuralbasisfortheblockageofIL-2signalingbytherapeuticantibodyBasiliximab”,J.Immunology,EpubDec.23,doi:10.4049/jimmunol.0903178(2009).
(3)Dong,X.,Zhou,M.,Zhong,C.,Shen,N.,Yang,B.,andDing,J.*“CrystalstructureofP.Horikoshitryptophanyl-tRNAsynthetaseandstructure-basedphylogeneticanalysissuggestanarchaealoriginoftryptophanyl-tRNAsynthetases”,NucleicAcidsRes.,EpubNov.26,doi:10.1093/nar/gkp1053(2009).
(4)Li,Y.,Du,J.,Zhang,P.,andDing,J.*“CrystalstructureofhumancopperhomeostasisproteinCutCrevealsapotentialcopper-bindingsite”,J.Struct.Biol.,EpubOct.28,doi:10.1016/j.jsb.2009.10.012(2009).
(5)Zhang,ML.,Tong,XJ.,Zhou,B.,Wang,JY.,Liao,XH.,Fu,XH.,Shen,N.,Ding,J.,andZhou,JQ.“Anovelguanine-quadruplexpromotingactivityoftelomerasesubunitEst1requiredfortelomerereplication”,Nat.Struct.Mol.Biol.,inpress(2009).
(6)Dong,X.,Yang,B.,Li,Y.,Zhong,C.,andDing,J.*“MolecularbasisoftheaccelerationofthenucleotideexchangeofRhebbyTCTP”,J.Biol.Chem.,284,23754-23764,EpubJuly1(2009).
(7)Du,J.Yang,H.,Peng,B.,andDing,J.*“Structuralmodelingandbiochemicalstudiesrevealinsightsintothemolecularbasisoftherecognitionof-2-microglobulinbyantibodyBBM.1”,J.Mol.Recognition,22,465-473,EpubJune12(2009).
(8)Meng,FL.,Hu,Y.,Shen,N.,Tong,XJ.,Wang,J.,Ding,J.andZhou,JQ.“Sua5pasingle-strandedtelomericDNAbindingproteinfacilitatestelomerereplication”,EMBOJ.,28,1466-1478,EpubApril16(2009).
(9)Du,J.Yang,H.,Guo,Y.andDing,J.*“StructureoftheFabfragmentoftherapeuticantibodyOfatumumabprovidesinsightsintotherecognitionmechanismwithCD20”,Mol.Immonol.,46,2419-2423,EpubMay6(2009).
(10)Zhang,P.,Ma,J.,Zhang,Z.,Zha,M.,Xu,H.,Zhao,G.,andDing,J.*“MolecularbasisoftheinhibitorselectivityandinsightsintothefeedbackinhibitionmechanismofcitramalatesynthasefromLeptospirainterrogans”,Biochem.J.,421,133-143,EpubApril7(2009).
(11)Zhang,T.,Li,S.,Zhang,Y.,Zhong,C.,Lai,Z.,andDing,J.*“CrystalstructureoftheARL2-GTP-BARTcomplexrevealsanovelrecognitionandbindingmodeofsmallGTPasewitheffector”,Structure,17,602-610(2009).
(12)Zhao,S.,Lin,Y,Xu,W.,Jiang,W.,Zha,Z.,Wang,P.,Yu,W.,Li,Z.,Gong,L.,Peng,Y.,Ding,J.,Lei,Q.,Guan,K.-L.,andXiong,Y.“Glioma-derivedmutationsinIDH1dominantlyinhibitIDH1catalyticactivityandinduceHIF-1”,Science,324,261-265(2009).
(13)Li,S.,Wang,H.,Peng,B.,Zhang,M.,Zhang,D.,Hou,S.,Guo,Y.,andDing,J.*“EfalizumabbindingtotheLFA-1LIdomainblocksICAM-1bindingviasterichindrance”,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,106,4349-4354,EpubMarch3(2009).
(14)Sun,B.,Hong,J.,Zhang,P.,Dong,X.,Shen,X.,Ling,D.,andDing,J.*“MolecularbasisoftheinteractionofSaccharomycescerevisiaeEaf3chromodomainwithmethylatedH3K36”,J.Biol.Chem.,283,36504-36512,EpubNov.4(2008).
(15)Du,J.-Q.,Wu,J.,Zhang,H.-J.,Zhang,Y.-H.,Qiu,B.-Y.,Wu,F.,Chen,Y.-H.,Li,J.-Y.,Nan,F.-J.*,Ding,J.-P.*,Li,J.*“Isoquinoline-1,3,4-trionederivativesinactivatescaspase-3bygenerationofreactiveoxygenspecies”,J.Biol.Chem.,283,30205-30215,EpubSept.2(2008).
(16)Du,J.,Hou,S.,Zhong,C.,Lai,Z.,Yang,H.,Dai,J.,Zhang,D.,Wang,H.,Guo,Y.,andDing,J.*“Molecularbasisofrecognitionofhumanosteopontinby23C3,apotentialtherapeuticantibodyfortreatmentofrheumatoidarthritis”,J.Mol.Biol.,382,835-842,EpubAug.4(2008).
(17)Peng,Y.Zhong,C.,Huang,W.,andDing,J.*“StructuralstudiesofSaccharomycescerevesiaemitochondrialNADP-dependentisocitratedehydrogenaseindifferentenzymaticstatesrevealsubstantialconformationalchangesduringthecatalyticreaction”,ProteinSci.,17,1542-1554,EpubJune13(2008).
(18)Hu,T.,Wu,D.,Chen,J.,Ding,J.,Jiang,H.,andShen,X.“Thecatalyticintermediatestabilizedbya"down"activesiteloopfordiaminopimelatedecarboxylasefromhelicobacterpylori:Enzymaticcharacterizationwithcrystalstructureanalysis”,J.Biol.Chem.,283,21284-21293,EpubMay28(2008).
(19)Ma,J.,Zhang,P.,Zhang,Z.,Zha,M.,Xu,H.,Zhao,G.,andDing,J.*“MolecularbasisofthesubstratespecificityandthecatalyticmechanismofcitramalatesynthasefromLeptospirainterrogans”,Biochem.J.,415,45-56,EpubMay23(2008).
(20)Yu,X-L.$,Hu,T.$,Du,J.$,Ding,J.$,Yang,X-M.,Zhang,J.,Yang,B.,Shen,X.,Zhang,Z.,Zhong,W-D.,Wen,N.,Jiang,H.,Zhu,P.,andChen,Z-N.“CrystalstructureofHAb18G/CD147:implicationsforimmunoglobulinsuperfamilyhomophilicadhesion”,J.Biol.Chem.,283,18056-18065,EpubApril22(2008).($Theseauthorscontributedequally.)
(21)Zha,M.,Guo,Q.,Zhang,Y.,Yu,B.,Ou,Y.,Zhong,C.,andDing,J.*“MolecularmechanismofADPRhydrolysisbyhumanNUDT5fromstructuralandkineticstudies”,J.Mol.Biol.,379,568-578,EpubApril8(2008).
(22)Du,J.,Wang,H.,Zhong,C.,Peng,B.,Zhang,M.,Li,B.,Huo,S.,Guo,Y.,andDing,J.*“CrystalstructureofchimericantibodyC2H7FabincomplexwithaCD20peptide”,Mol.Immunol.,45,2861-2868,EpubMarch17(2008).
(23)Shen,N.,Zhou,M.,Yang,B.,Yu,Y.,Dong,X.,andDing,J.*“Catalyticmechanismofthetryptophanactivationreactionrevealedbycrystalstructuresofhumantryptophanyl-tRNAsynthetaseindifferentenzymaticstates”,NucleicAcidsRes.,36,1288-1299(2008).
(24)Chen,S.,Hu,T.,Zhang,J.,Chen,J.,Chen,K.,Ding,J.,Jiang,H.,andShen,X.“MutationofGly11onthedimerinterfaceresultsinthecompletecrystallographicdimerdissociationofSARS-CoV3CLpro:Crystalstructurewithmoleculardynamicssimulations”,J.Biol.Chem.,283,554-564(2008).
(25)Wu,J.,Tao,Y.,Zhang,M.,Howard,M.,Gutteridge,S.,andDing,J.*“CrystalstructuresofSaccharomycescerevisiaeN-myristoyltransferasewithboundmyristoyl-CoAandinhibitorsrevealthefunctionalrolesoftheN-terminalregion”,J.Biol.Chem.,282,22185-22194(2007).
(26)Du,J.,Wang,H.,Zhong,C.,Peng,B.,Zhang,M.,Li,B.,Huo,S.,Guo,Y.,andDing,J.*“StructuralbasisforrecognitionofCD20bytherapeuticantibodyRituximab”,J.Biol.Chem.,282,15073-15080(2007).
(27)Li,S.,Lu,Y.,Peng,B.,andDing,J.*“Crystalstructureofhumanphosphoribosylpyro-phosphatesynthetase1revealsanewallostericsite”,Biochem.J.,401,39-47(2007).
(28)Zhang,P.,Du,J.,Sun,B.,Dong,X.,Xu,G.,Zhou,J.,Huang,Q.,Liu,Q.,Hao,Q.,andDing,J.*“StructureofhumanMRG15chromodomainanditsbindingtoLys36-methylatedhistoneH3”,NucleicAcidsRes.,34,6621-6628(2006).
(29)Zha,M.,Zhong,C.,Peng,Y.,andDing,J.*“CrystalstructuresofhumanNUDT5revealthestructuralbasisofthesubstratespecificity”,J.Mol.Biol.,364,1021-1033(2006).
(30)Zhang,P.,Zhao,J.,Wang,B.,Du,J.,Chen,J.,andDing,J.*“TheMRGdomainofhumanMRG15usesashallowhydrophobicpockettointeractwiththeN-terminalregionofPAM14”,ProteinScience,15,2423-2434(2006).
(31)Shen,N.,Guo,L.,Yang,B.,Jin,Y.,andDing,J.*“Structureofhumantryptophanyl-tRNAsynthetaseincomplexwithtRNATrprevealsthemolecularbasisoftRNArecognitionandspecificity”,NucleicAcidsRes.,34,3246-3258(2006).
(32)Xie,Z.H.,Huang,Y.N.,Chen,Z.X.,Riggs,A.D.,Ding,J.P.,Gowher,H.,Jeltsch,A.,Sasaki,H.,Hata,K.,andXu,G.L.“MutationsinDNAmethyltransferaseDNMT3BinICFsyndromeaffectsitsregulationbyDNMT3L”,Hum.Mol.Genet.,15,1375-1385(2006).
(33)Maeda,K.,Das,D.,Ogata-Aoki,H.,Nakata,H.,Miyakawa,T.,Tojo,Y.,Norman,R.,Takaoka,Y.,Ding,J.,Arnold,E.,Mitsuya,H.“StructuralandmolecularinteractionsofCCR5inhibitorswithCCR5”,J.Biol.Chem.,281,12688-12698(2006).
(34)Liu,Y.,Liao,J.,Zhu,B.,Wang,E.,andDing,J.*“CrystalstructuresoftheeditingdomainofE.colileucyl-tRNAsynthetaseanditscomplexeswithmethionineandisoleucinerevealalock-and-keymechanismforaminoaciddiscrimination”,Biochem.J.,394,399-407(2006).
(35)Yu,Y.,Li,S.,Xu,X.,Li,Y.,Guan,K.,Arnold,E.,andDing,J.*“StructuralbasisfortheuniquebiologicalfunctionofsmallGTPasehumanRheb”,J.Biol.Chem.,280,17093-17100(2005).
(36)Li,J.,Xia,Z.,andDing,J.*“Thioredocin-likedomainofhumankappaclasstransferaserevealssequencehomologyandstructuresimilaritytothethetaclassenzyme”,ProteinScience,14,2361-2369(2005).
(37)Cheng,A.,Zhang,W.,Xie,Y.,Jiang,W.,Arnold,E.,Sarafianos,S.G.,andDing,J.*“Expression,purification,andcharacterizationofSARScoronavirusRNApolymerase”,Virology,335,165-176(2005).
