在岗研究生导师情况介绍
所系名称系统生物学实验室
性别男
专业名称生物信息学
技术职务研究员
行政职务无
Mail地址yanzhang01@sibs.ac.cn
指导博士
生总数0指导硕士
生总数0已毕业学生通讯地址上海市岳阳路320号
目前博士
生数1目前硕士
生数0目前在校生邮政编码200031
研究方向计算生物学，生物信息学，比较基因组学，系统生物学与微量元素组学
研究工作本课题组的研究方向涉及计算生物学与生物信息学的诸多领域，包括核酸及蛋白质序列分析，比较基因组学，基因组进化及系统发生，RNA或蛋白质的二级和高级结构分析，各种生物信息算法与数据库资源开发等。现阶段的研究重点侧重于利用计算生物学和比较基因组学的理论和方法系统性地研究微量元素（尤其是金属元素）在原核生物和真核生物中的代谢、功能及相关的进化规律。微量元素与人类健康的关系密切，在抗病、防癌、延年益寿等方面都起着非常重要的作用。现已知约30%的疾病直接是微量元素代谢不平衡所致，许多地方病和某些肿瘤都与微量元素有关。迄今为止，计算生物学在整个微量元素领域的应用还十分有限，有大量重要的生物信息有待挖掘。我们拟通过高通量系统性地计算分析，结合多种生物信息工具、算法和研究体系的开发，进一步揭示了各种微量元素的代谢、功能和基本进化规律，并发现针对不同微量元素代谢过程的新途径及相关的新基因，从而为整个微量元素研究领域提供了大量的资源和重要的指导信息。
此外，本课题组还积极开展关于其他计算生物学方向的研究工作，主要包括：
（1）基因组数据挖掘，基因组的进化和系统发生学研究，确认与基因时空表达、功能和进化相关的调控信号；
（2）重要RNA或者蛋白质的结构分析和预测；
（3）为一些重要的生物医学研究领域开发相关的算法和资源数据库；
（4）利用系统生物学的最新思路和研究方法，从生物动力学的角度来更好地理解不同生物体系中各种生理或病理进程的网络整体特性，确认新的分子水平特征，探讨网络节点的变化对整体以及进一步对具体生物性状的影响；
（5）与疾病尤其是复杂性疾病相关的基因遗传变异及全基因组关联分析（包括单核苷酸多态性和拷贝数变异），以便能够对复杂疾病进行轮廓性概览，揭示疾病发生、发展与治疗相关的遗传学特征。
获奖情况2006年在the8thInternationalSymposiumonSeleniuminBiologyandMedicine获得YoungInvestigatorAward.
指导研究
生情况实验室现有联合培养硕博连读生1名
个人简介张焱：男，博士，研究员。1997年获浙江大学医学院临床医学系学士学位；2002年获中国医学科学院&北京协和医学院生物医学工程系博士学位。2002年-2009年在美国内布拉斯加大学林肯分校先后担任博士后和高级研究助理。2009年-2011年在美国布莱根妇女医院&哈佛医学院医学系担任讲师。2011年3月起任中科院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室研究员，博士生导师。在国际权威杂志上发表论文30多篇。多次应邀为“BMCSystemsBiology”，“PLoSONE”，“Gene”，“IEEETransactionsonComputationalBiologyandBioinformatics”和“Metallomics”等国际知名刊物的投稿论文审稿。
实验室主页：http://www.sysbio.ac.cn/cb/zhanglab/
近期论文2005年以后相关的发表论文:
1.YanZhang,SteffenRump,VadimN.Gladyshev(2011)Comparativegenomicsandevolutionofmolybdenumutilization.Coord.Chem.Rev.Inpress.
2.YanZhangandVadimN.Gladyshev(2011)Comparativegenomicsoftraceelementdependenceinbiology.J.Biol.Chem.286,23623-23629.
3.ChristopherJ.Gobler,DiannaL.Berry,SonyaT.Dyhrman,StevenW.Wilhelm,AsafSalamov,AlexeiV.Lobanov,YanZhang,JackieL.Collier,LouieL.Wurch,AdamB.Kustka,BrianD.Dill,ManeshShah,NathanC.VerBerkmoes,AlanKuo,AstridTerry,JasmynPangilinan,ErikaA.Lindquist,SusanLucas,IanT.Paulsen,TheresaK.Hattenrath-Lehmann,StephanieC.Talmage,ElyseA.Walker,FlorianKoch,AmandaM.Burson,MariaAlejandraMarcoval,Ying-ZhongTang,GaryR.LeCleir,KathrynJ.Coyne,GryM.Berg,ErinM.Bertrand,MakA.Saito,VadimN.Gladyshev,andIgorV.Grigoriev(2011)NicheofharmfulalgaAureococcusanophagefferensrevealedthroughecogenomics.Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.108,4352-4357.
4.YanZhangandVadimN.Gladyshev(2010)dbTEU:aproteindatabaseoftraceelementutilization.Bioinformatics26,700-702.
5.YanZhangandVadimN.Gladyshev(2010)GeneraltrendsintraceelementutilizationrevealedbycomparativegenomicanalysesofCo,Cu,Mo,NiandSe.J.Biol.Chem.285,3393-3405.
6.MichaelBekaert,AndrewE.Firth,YanZhang,VadimN.Gladyshev,JohnF.AtkinsandPavelV.Baranov(2010)Recode-2:newdesign,newsearchtools,andmanymoregenes.NucleicAcidsRes.38(Databaseissue),D69-74.
7.ValentinaA.Shchedrina,YanZhang,VyacheslavM.Labunskyy,DolphL.HatfieldandVadimN.Gladyshev(2010)Structure-functionrelations,physiologicalroles,andevolutionofmammalianER-residentselenoproteins.Antioxid.RedoxSignal.12,839-849.
8.YanZhangandVadimN.Gladyshev(2009)Comparativegenomicsoftraceelements:emergingdynamicviewoftraceelementutilizationandfunction.Chem.Rev.109,4828-4861.
9.YanZhang,DmitryA.Rodionov,MikhailS.GelfandandVadimN.Gladyshev(2009)Comparativegenomicanalysesofnickel,cobaltandvitaminB12utilization.BMCGenomics10,78.
10.DungTienLe,ByungCheonLee,StefanoM.Marino,YanZhang,DmitriE.Fomenko,AlaattinKaya,EliseHacioglu,Geun-HeeKwak,AhmetKoc,Hwa-YoungKimandVadimN.Gladyshev(2009)Functionalanalysisoffreemethionine-R-sulfoxidereductasefromSaccharomycescerevisiae.J.Biol.Chem.284,4354-4364.
11.MitsukoHirosawa-Takamori,DmitriOssipov,SergeyV.Novoselov,AntonA.Turanov,YanZhang,VadimN.Gladyshev,AlainKrol,GerdVorbrüggenandHerbertJackle(2009)Anovelstemloopcontrolelement-dependentUGAread-throughsystemwithouttranslationalselenocysteineincorporationinDrosophila.FASEBJ.23,107-113.
12.Hwa-YoungKim,YanZhang,ByungCheonLee,Jae-RyongKim,VadimN.Gladyshev(2009)TheselenoproteomeofClostridiumsp.OhILAs:characterizationofanaerobicbacterialselenoproteinmethioninesulfoxidereductaseA.Proteins74,1008-1017.
13.LauraV.Papp,JunningWang,DerekKennedy,DidierBoucher,YanZhang,VadimN.Gladyshev,RavindraN.SinghandKumKumKhanna(2008)FunctionalcharacterizationofalternativelysplicedhumanSECISBP2transcriptvariants.NucleicAcidsRes.36,7192-7206.
14.YanZhangandVadimN.Gladyshev(2008)TrendsinSeleniumUtilizationinMarineMicrobialWorldRevealedthroughtheAnalysisoftheGlobalOceanSampling(GOS)Project.PloSGenet.13,e1000095.
15.YanZhang,AntonA.Turanov,DolphL.HatfieldandVadimN.Gladyshev(2008)Insilicoidentificationofgenesinvolvedinseleniummetabolism:evidenceforathirdseleniumutilizationtrait.BMCGenomics9,251.
16.YanZhangandVadimN.Gladyshev(2008)Molybdoproteomesandevolutionofmolybdenumutilization.J.Mol.Biol.379,881-899.
17.RichardS.Glass;MarlaJ.Berry;EricBlock;HarrietT.Boakye;BradleyA.Carlson;JürgenGailer;GrahamN.George;VadimN.Gladyshev;DolphL.Hatfield;NeilE.Jacobsen;SheridaJohnson;ChethakaKahakachchi;RafalKamiński;ShawnA.Manley;HeikoMix;IngridJ.Pickering;ElmarJ.Prenner;KazimaSaira;AleksandraSkowrońska;JulianF.Tyson;PeterC.Uden;QiaoWu;Xue-MingXu;RaghavYamdagni;andYanZhang(2008)Insightsintothechemicalbiologyofselenium.PhosphorusSulfurSiliconRelat.Elem.183,924-930.
18.PerryG.Ridge,YanZhangandVadimN.Gladyshev(2008)Comparativegenomicanalysesofcoppertransportersandcuproproteomesrevealevolutionarydynamicsofcopperutilizationanditslinktooxygen.PLoSONE3,e1378.
19.YanZhang,YouZhou,UlrichSchweizer,NicolaiE.Savaskan,DeameHua,JonathanKipnis,DolphL.HatfieldandVadimN.Gladyshev(2008)Comparativeanalysisofselenocysteinemachineryandselenoproteomegeneexpressioninmousebrainidentifiesneuronsaskeyfunctionalsitesofseleniuminmammals.J.Biol.Chem.283,2427-2438.
20.YanZhangandVadimN.Gladyshev(2007)Highcontentofproteinscontaining21stand22ndaminoacids,selenocysteineandpyrrolysine,inasymbioticdeltaproteobacteriumofgutlesswormOlaviusalgarvensis.NucleicAcidsRes.35,4952-4963.(HighlightedinNature448:1004-1005,2007)
21.Xue-MingXu,BradleyA.Carlson,YanZhang,HeikoMix,GregoryV.Kryukov,RichardS.Glass,MarlaJ.Berry,VadimN.GladyshevandDolphL.Hatfield(2007)Newdevelopmentsinseleniumbiochemistry:selenocysteinebiosynthesisineukaryotesandarchaea.Biol.TraceElem.Res.119,234-241.
22.AlexeyV.Lobanov,DmitriE.Fomenko,YanZhang,AniruddhaSengupta,DolphL.HatfieldandVadimN.Gladyshev(2007)Evolutionarydynamicsofeukaryoticselenoproteomes:largeselenoproteomesmayassociatewithaquaticandsmallwithterrestriallife.GenomeBiol.8,R198.
23.Xue-MingXu,BradleyA.Carlson,HeikoMix,YanZhang,KazimaSaira,RichardS.Glass,MarlaJ.Berry,VadimN.GladyshevandDolphL.Hatfield(2007)BiosynthesisofSelenocysteineonitstRNAinEukaryotes.PLoSBiol.5,e4.
24.YanZhang,HectorRomero,GustavoSalinasandVadimN.Gladyshev(2006)DynamicEvolutionofSelenocysteineUtilizationinBacteria:aBalancebetweenSelenoproteinLossandEvolutionofSelenocysteinefromRedox-activeCysteineResidues.GenomeBiol.7,R94.
25.YanZhang,PavelV.Baranov,JohnF.AtkinsandVadimN.Gladyshev(2005)PyrrolysineandSelenocysteineUseDissimilarDecodingStrategies.J.Biol.Chem.280,20740-20751.
26.YanZhang,DmitriE.FomenkoandVadimN.Gladyshev(2005)TheMicrobialSelenoproteomeoftheSargassoSea.GenomeBiol.6,R37.
27.YanZhangandVadimN.Gladyshev(2005)AnAlgorithmforIdentificationofBacterialSelenocysteineInsertionSequenceElementsandSelenoproteinGenes.Bioinformatics21,2580-2589.
28.HéctorRomero,YanZhang,VadimN.GladyshevandGustavoSalinas(2005)Evolutionofseleniumutilizationtraits.GenomeBiol.6,R66.
