在岗研究生导师情况介绍
所系名称植生生态研究所
性别男
专业名称生物化学与分子生物学
技术职务研究员
行政职务主任
Mail地址bhan@ncgr.ac.cn
指导博士
生总数41指导硕士
生总数3已毕业学生通讯地址上海漕宝路500号
目前博士
生数11目前硕士
生数3目前在校生邮政编码200233
研究方向水稻基因组和功能基因组学研究
研究工作主要以水稻为模式植物和材料，开展植物功能基因组学和比较基因组学研究。
目前主要研究内容是利用第二代测序技术以及统计学计算分析开展高通量功能基因组研究。最近，新一代DNA测序方法的诞生标志着生命科学技术的又一次飞跃，为大规模发现和利用水稻遗传资源开辟了有效的新途径。这种新方法集低时耗、高性价比、高密度和高精度等众多优点于一身。采用这一方法完成了一组籼、粳稻重组自交系的基因型鉴定，与目前广泛应用的分子标记相比，新方法在速度和精度上有了大大提高。其精度是之前传统的方法手段无法实现的。另外，我们利用这一方法对水稻核心种质进行深度测序，迅速、大量地鉴定覆盖全基因组的单核苷酸多态性，全面深入掌握我国水稻资源的遗传多样性并用全基因组的关联分析来进行基因的QTL定位。同时，我们尝试的高通量功能基因组研究内容还包括水稻表达组研究和染色质免疫沉淀测序等。
其它研究包括对基因组序列进行尽可能精确的注解（Annotation），获得各种可能的转录物mRNA（不同组织、不同时期及生长状况下的转录谱），并对翻译产物进行研究，指出其表达、代谢、调控的途径及与其他生物分子的相互作用，进而确定这些序列和基因的功能，并在此基础上揭示水稻生长发育和抗病抗逆所涉及到的基因及其表达调控的途径。研究方法主要是利用基因组序列提供的各种信息，发展和应用基因组水平和系统水平的实验方法，并结合遗传和生理生化分析来研究水稻基因功能。
同时，我们开展栽培稻籼粳两个亚种的比较基因组学研究。水稻从野生稻种，经过人类的不断定向选育，逐步成为今天优质高产，有一定抗逆性和抗病抗虫的栽培稻。而亚洲栽培稻可以分成籼稻和粳稻两个亚种，代表了世界上绝大多数的水稻作物品种，同时也是现有主要杂交稻的亲本来源。由于长期的选育和进化，籼、粳稻已分别适应特定不同的生长环境，它们之间已经形成了生殖隔离，成为两个亚种。研究籼粳栽培稻间的亲缘和进化关系，一直是植物遗传学和分子育种研究的重要课题。本研究拟在对籼、粳稻两条4号染色体精确序列测定分析以及对这两个亚种在基因组水平上初步比较分析，通过对水稻籼、粳两个亚种整条染色体的系统比较基因组学研究，鉴定两个亚种间基因组成、结构和表达的异同，研究栽培稻的进化和亲缘关系，为新基因的发现，以及为改进现有基因预测软件提供有价值的基因结构的信息。
研究组网页：http://www.ncgr.ac.cn/
获奖情况1.2003年3月中国科学院创新文化建设先进个人
2.2003年9月留学回国人员成就奖（中组部、人事部和科技部等）
3.2003年3月中科院2001-2002年度重大创新贡献团队
4.2003年12月上海市科学技术进步一等奖奖
5.2004年4月2001－2003年度上海市劳动模范
6.2004年10月中国科学院优秀研究生指导教师
7.2007年12月国家自然科学二等奖
指导研究
生情况目前在学硕士生、博士生共16人。
博士研究生张宇荣获2002年度明治乳业生命科学奖科学奖；
博士研究生张玉军荣获2003年度中国科学院刘永龄奖学金特别奖；
博士研究生胡文火、周艳、黄学辉荣获2007年度中国科学院上海生命科学研究院三好学生；
博士研究生周艳、王阿红荣获2008年度中国科学院上海生命科学研究院三好学生；
博士研究生吕国军、周艳、王阿红荣获2009年度中国科学院上海生命科学研究院三好学生；
博士研究生吕国军荣获2009年度地奥奖学金二等奖；
博士研究生黄学辉荣获2009年度中国科学院院长奖学金优秀奖
个人简介1989年2月-1992年10月英国JohnInnesCentre,TheSainsburyLaboratory博士
1992年11月-1998年8月英国剑桥大学植物科学系博士后研究员
1996年9月-1998年5月英国剑桥MRC－HumanGenomeMappingProjectResourceCentre合作研究
2001年2月-至今中国科学院国家基因研究中心主任、研究员
2002年7月-至今中国科学院上海生命科学研究院植生生态所副所长、研究员
2008年6月-至今中国科学院北京基因组所副所长（兼）、研究员
已在国内外以责任作者发表论文30余篇（包括Nature，GenomeResearch，PlantCell等国际重要刊物）。主持国家高技术研究发展计划（863）课题，中科院重要方向性项目，国家自然科学基金重点项目等。2003年获国家杰出青年基金资助。
近期论文1.Feng,Q.,Huang,T.,Zhao,Q.,Zhu,J.J.,Lin,Z.X.,Han,B(CorrespondingAuthor).AnalysisofcollinearregionsofOryzaAAandCCgenomes.J.Genet.Genomics.,36,667-677(2009).
2.Gao,Z.Y.,Qian,Q.,Liu,X.H.,Yan,M.X.,Feng,Q.,Dong,G.J.,Liu,J.,Han,B(CorrespondingAuthor).Dwarf88,anovelputativeesterasegeneaffectingarchitectureofriceplant.PlantMolBiol.,71,265-276(2009).
3.Huang,X.H.,Feng,Q.,QIan,Q.,Zhao,Q.,Wang,L.,Wang,A.H.,Guan,J.P.,Fan,D.L.,Weng,Q.J.,Huang,T.,Dong,G.J.,Sang,T.&Han,B(CorrespondingAuthor).High-throughputgenotypingbywhole-genomeresequencing.GenomeRes.,19,1068-1076(2009).
4.Liu,X.L.&Han,B(CorrespondingAuthor).Evolutionaryconservationofneighbouringgenepairsinplants.Gene437,71-79(2009).
5.Hu,W.H.,Hu,G.C.&Han,B(CorrespondingAuthor).Genome-widesurveyandexpressionprofilingofheatshockproteinsandheatshockfactorsrevealedoverlappedandstressspecificresponseunderabioticstressesinrice.PlantSci.,176,583-590(2009).
6.Gao,C.X.&Han,B(CorrespondingAuthor).Evolutionaryandexpressionstudyofthealdehydedehydrogenase(ALDH)genesuperfamilyinrice(Oryzasativa).Gene431,86-94(2009).
7.Lu,G.J.,Gao,C.X.,Zheng,X.N.&Han,B(CorrespondingAuthor).IdentificationofOsbZIP72asapositiveregulatorofABAresponseanddroughttoleranceinrice.Planta229,605-615(2009).
8.Zheng,X.N.,Chen,B.,Lu,G.J.&Han,B(CorrespondingAuthor).OverexpressionofaNACtrancriptionfactorenhancesricedroughtandsalttolerance.BiochemBiophResCo.379,985-989(2009).
9.Han,B(CorrespondingAuthor).&Zhang,Q.F.Ricegenomeresearch:currentstatusandfutureperspectives.ThePlantGenome1,71-76(2008).
10.Huang,X.H.,Lu,G.J.,Zhao,Q.,Liu,X.H.&Han,B(CorrespondingAuthor).Genome-wideanalysisoftransposoninsertionpolymorphismsrevealsintra-specificvariationincultivatedrice.PlantPhysiol.148,25-40(2008).
11.Lu,T.T.,Yu,S.L.,Fan,D.L.,Mu,J.,Shangguan,Y.Y.,Wang,Z.X.,Minobe,Y.,Lin,Z.X.&Han,B(CorrespondingAuthor).Collectionandcomparativeanalysisof1888full-lengthcDNAsfromwildriceOryzarufipogonGriff.W1943.DNARes.15,285-295(2008).
12.Lu,G.J.,Gao,C.X.,Zheng,X.N.&Han,B(CorrespondingAuthor).IdentificationofOsbZIP72asapositiveregulatorofABAresponseanddroughttoleranceinrice.PlantaDOI10.1007/s00425-008-0857-3(2008).
13.Lu,T.T.,Huang,X.H.,Zhu,C.R.,Huang,T.,Zhao,Q.,Xie,K.B.,Xiong,L.Z.,Zhang,Q.F.&Han,B(CorrespondingAuthor).RICD:AriceindicacDNAdatabaseresourceforricefunctionalgenomics.BMCPlantBiol.8,118(2008).
14.Gao,C.X.&Han,B(CorrespondingAuthor).Evolutionaryandexpressionstudyofthealdehydedehydrogenase(ALDH)genesuperfamilyinrice(Oryzasativa).Genedoi:10.1016/j.gene.2008.11.010(2008).
15.Han,B(CorrespondingAuthor).,Xue,Y.B.,Li,J.Y.,Deng,X.W.&Zhang,Q.F.RicefunctionalgenomicsresearchinChina.Phi.Trans.R.Soc.B362,1009-1021(2007).
16.Liu,X.H.,Lu,T.T.,Yu,S.L.,Li,Y.,Huang,Y.C.,Huang,T.,Zhang,L.,Zhu,J.J.,Zhao,Q.,Fan,D.L.,Mu,J.,Shangguan,Y.Y.,Feng,Q.,Guan,J.P.,Ying,K.,Zhang,Y.,Lin,Z.X.,Sun,Z.X.,Qian,Q.,Lu,Y.P.&Han,B(CorrespondingAuthor).Acollectionof10,096indicaricefull-lengthcDNAsrevealshighlyexpressedsequencedivergencebetweenOryzasativaindicaandjaponicasubspecies.PlantMolBiol.65,403-415(2007).
17.Lu,Y.,Gao,C.X.&HanB(CorrespondingAuthor).SequenceanalysisofmRNApolyadenlationsignalsofricegenes.ChineseSciencesBulletin51,1069-1077(2006).
18.Hu,H.,Mu,J.,Zhang,H.J.,Tao,Y.Z.&Han,B(CorrespondingAuthor).DifferentiationofaMiniatureInvertedTransposableElement(MITE)SysteminAsianRiceCultivarsandItsInferenceforaDiphyleticOriginofTwoSubspeciesofAsianCultivatedRice.J.Integr.PlantBiol.48,260-267(2006).
19.InternationalRiceGenomeSequencingProject.Themap-basedsequenceofthericegenome.Nature436,793-800(2005).(BinHanisoneofthe10principalinvestigatorsofthisjointpaper).
20.Lu,Y.,Wu,Y.R.&Han,B(CorrespondingAuthor).AnaerobicInductionofIsocitrateLyaseandMalateSynthaseinSubmergedRicePlantsIndicatestheImportantMetabolicRoleoftheGlyoxylateCycle.ActaBiochimicaetBiophysicaSinica37,406-414(2005).
21.Jiao,Y.L.,Jia,P.X.,Wang,X.F.,Su,N.,Yu,S.L.,Zhang,D.F.,Ma,L.G.,Feng,Q.,Jin,Z.Q.,Li,L.,Xue,Y.B.,Cheng,Z.K.,Zhao,H.Y.,Han,B(co-correspondingAuthor).&Deng,X.W.ATilingMicroarrayExpressionAnalysisofRiceChromosome4SuggestsaChromosome-LevelRegulationofTranscription.PlantCell17,1641-57(2005).
22.Zhang,Y.J.,Wu,Y.R.,Liu,Y.L.&Han,B(CorrespondingAuthor).ComputationalIdentificationof69RetroposonsinArabidopsis.PlantPhysiol.138,935-948(2005).
23.Zhang,Y.,Huang,Y.C.,Zhang,L.,Li,Y.,Lu,T.T.,Lu,Y.Q.,Feng,Q.,Zhao,Q.,Cheng,Z.K.,XueY.B.,Wing,R.A.&Han,B(CorrespondingAuthor).Structuralfeaturesofthericechromosome4centromere.NucleicAcidsRes.32,2023-2030(2004).
24.Li,C.,Zhang,Yu.,Ying,K.,Liang,X.L.&Han,B(CorrespondingAuthor).Sequencevariationsofsimplesequencerepeatsonchromosome-4intwosubspeciesoftheAsiancultivatedrice.TheorApplGenet.108,392–400(2004).
25.Han,B(CorrespondingAuthor).&Xue,Y.B.Genome-wideintraspecificDNA-sequencevariationsinrice.Curr.Opin.PlantBiol.6,134-138(2003).
26.Wang,R.,Hong,G.F.&Han,B(CorrespondingAuthor).Transcriptabundanceofrml1,encodingaputativeGT1-likefactorinrice,isup-regulatedbyMagnaporthegriseaanddown-regulatedbylight.Gene324,105–115(2004).
27.Liu,X.H.,Wang,H.W.,Li,Y.M.,Tang,Y.S.,Liu,Y.L.,Hua,X.,Jia,P.X.,Ying,K.,Feng,Q.,Guan,J.P.,Jin,C.Q.,Zhang,L.,Lou,L.R.,Zhou,Z.&Han,B(CorrespondingAuthor).PreparationofsinglericechromosomeforconstructionofaDNAlibraryusingalasermicrobeamtrap.J.Biotechnol.109,217–226(2004).
28.Li,T.&Han,B(CorrespondingAuthor).DampableWavesalongNucleicAcidSequencesMediatingNucleotides'Interactions.DNASequence15,135-140(2004).
29.Feng,Q.,Zhang,Y.J.,Hao,P.,Wang,S.Y.,Fu,G.,Huang,Y.C.,Li,Y.,Zhu,J.J.,Liu,Y.L.,Hu,X.,Jia,P.X.,Zhang,Y.,Zhao,Q.,Ying,K.,Yu,S.L.,Tang,Y.S.,Weng,Q.J.,Zhang,L.,Lu,Y.,Mu,J.,Lu,Y.Q.,Zhang,L.,Yu,Z.,Fan,D.L.,Liu,X.H.,Lu,T.T.,Li,C.,Wu,Y.R.,Sun,T.G.,Lei,H.Y.,Li,T.,Hu,H.,Guan,J.P.,Wu,M.,Zhang,R.Q.,Zhou,B.,Chen,Z.H.,Chen,L.,Jin,Z.Q.,Wang,R.,Yin,H.F.,Cai,Z.,Ren,S.X.,Lv,G.,Gu,W.Y.,Zhu,G.F.,Tu,Y.F.,Jia,J.,Zhang,Y.,Chen,J.,Kang,H.,Chen,X.Y.,Shao,C.Y.,Sun,Y.,Hu,Q.P.,Zhang,X.L.,Zhang,W.,Wang,L.J.,Ding,C.W.,Sheng,H.H.,Gu,G.L.,Chen,S.T.,Ni,L.,Zhu,F.H.,Chen,W.,Lan,L.F.,Lai,Y.,Cheng,Z.K.,Gu,M.H.,Jiang,J.M.,Li,J.Y.,Hong,G.F.,Xue,Y.B.&Han,B(CorrespondingAuthor).Sequenceandanalysisofricechromosome4.Nature420,336-40(2002).
30.Zhao,Q.,Zhang,Y.,Cheng,Z.K.,Chen,M.S.,Wang,S.Y.,Feng,Q.,Huang,Y.C.,Li,Y.,Tang,Y.S.,Zhou,B.,Chen,Z.H.,Yu,S.L.,Zhu,J.J.,Hu,X.,Mu,J.,Ying,K.,Hao,P.,Zhang,L.,Lu,Y.Q.,Zhang,L.,Liu,Y.L.,Yu,Z.,Fan,D.L.,Weng,Q.J.,Chen,L.,Lu,T.T.,Liu,X.H.,Jia,P.X.,Sun,T.G.,Wu,Y.R.,Zhang,Y.J.,Lu,Y.,Li,C.,Wang,R.,Lei,H.Y.,Li,T.,Hu,H.,Wu,M.,Zhang,R.Q.,Guan,J.P.,Zhu,J.,Fu,G.,Gu,M.H.,Hong,G.F.,Xue,Y.B.,Wing,R.,J,J.M.&Han,B(CorrespondingAuthor).Afinephysicalmapofthericechromosome4.GenomeRes.12,817-23(2002).
31.Han,B.,Pain,A.&Johnstone,K.Spontaneousduplicationofa661bpelementwithinatwo-componentsensorregulatorgenecausesphenotypicswitchingincoloniesofPseudomonastolaasii,causeofbrownblotchdiseaseofmushrooms.Mol.Microbiol.25,211-218(1997).
