在岗研究生导师情况介绍
所系名称植生生态研究所
性别女
专业名称生物信息学
技术职务研究员
行政职务无
Mail地址zhangyijing@sibs.ac.cn
指导博士
生总数0指导硕士
生总数0已毕业学生通讯地址枫林路300号
目前博士
生数1目前硕士
生数0目前在校生邮政编码200032
研究方向功能基因组与计算生物学
研究工作•本课题组致力于研究新一代高通量生物测序数据的挖掘，开发分析方法，并为研究所提供大规模生物数据分析服务。
•如何使用各种统计方法和机器学习的方法挖掘数据中蕴含的信息，并提供数据分析网络服务是我们最关心的问题。
•我们重点研究的生物学问题是通过大规模数据分析揭示植物表观遗传学在控制微观和宏观生物学过程中的机制。
获奖情况
指导研究
生情况
***招聘数理背景工作人员（本科，硕士，博士）和上海地区客座研究生***
学习和工作机会：
•我们会对每个新入职的同学进行生物信息知识培训。
•接触并深入了解生物数据高通量计算的各种算法，原理及具体使用方法。
•能力强的同学可以独立承担一个方向的课题和文章。
•我们尊重个人兴趣及职业规划，致力营造一个积极活泼的工作氛围。欢迎有兴趣的同学加入我们。
学科前景
迅速增长的大规模生物数据对数据分析、挖掘方法的建立和改进不断提出新的要求，这是一个新鲜有趣，充满机遇和挑战的领域，现在已广泛应用于医药研发，植物育种，机制研究等各个领域。扎实的数据分析能力对于出国，在医药，育种等大型研发团队和研究机构就业具有非常大的优势。
职位：
应届博士毕业---助理研究员
应届硕士毕业---研究实习员一级
本科毕业+1年工作---研究实习员二级
上海地区客座研究生
待遇：工资及福利等相关待遇按照生科院和研究所规定从优执行，并根据个人能力进行浮动。
工作地点：上海生科院植物生理研究所，中国上海枫林路300号
要求(不需要生物背景，有兴趣即可)：
1.求知欲强，具备快速学习和灵活运用知识的能力。
2.熟悉：（统计＆线性代数＆一门高级编程语言）
或（机器学习统计方法&一门高级编程语言）
或（基本服务器维护&（MYSQL&(PHP|Perl)&Javascript）
3.具有计算机相关,统计/数学，自动化，生物信息，物理等数理学科背景；或者生物专业具有比较强的统计或计算机基础。
4.熟悉R或MATLAB等软件包，或linux操作系统优先考虑；
5.能够连续工作2年，希望在本课题组的工作经历能够成为你职业生涯的一个重要跳板。
联系方式：
有意者请将简历（最好包括1-2个推荐人的联系信息）发至zhangbioinfo@gmail.com
邮件标题请写明“生物信息招聘”。应聘材料将予以保密。收到简历如果合适一个月内组织面试。
个人简介2011.10－2013.1哈佛医学院生物信息研究（先后在麻省总医院和波士顿儿童医院做BioinformaticsSpecialist和BioinformaticsPost-docResearchFellow）。
2009.12-2011.9波士顿大学生物信息学博士后
2009.4－2009.10哈佛医学院访问，芯片数据分析
2008.6－2009.3中国农大生物信息学博士后
2003.9－2008.6中科院遗传与发育研究所硕博
1999.9－2003.7中国海洋大学
近期论文-----------------------
*Bioinformatics*
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1.GaihuaZ*,ZhangY*,ZhenS(2013)CYPSI:astructure-basedinterfaceforcytochromeP450sandligandsinArabidopsisthaliana.BMCBioinformatics13:332
2.ShaoZ*,ZhangY*,YuanGC,OrkinSH,WaxmanDJ.(2012)MAnorm:arobustmodelforquantitativelycompareChIP-Seqdatasets.GenomeBiology(MethodArticle)13:R16
3.Peter.T,ZhangY,WaxmanDJ.（2012）ImpactofCUX2onthefemalemouselivertranscriptome:activationoffemale-biasedgenesandrepressionofmale-biasedgenes.MolCellBiol.32:4611
4.ZhangY,LazEV,WaxmanDJ.(2011)Dynamic,Sex-DifferentialSTAT5andBCL6BindingtoSex-Biased,GrowthHormone-RegulatedGenesinAdultMouseLiver.Mol.CellBiol.32:880
5.ZhangY,KleinK,SugathanA,NasseryN,DombkowskiA,ZangerAM,WaxmanDJ.(2011)TranscriptionalProfilingofHumanLiverIdentifiesSex-biasedGenesAssociatedwithPolygenicDyslipidemiaandCoronaryArteryDisease.PLoSOne6:e23506
6.BagchiG,ZhangY,WaxmanDJ.(2010)ImpactofMethoxyaceticAcidonMouseLeydigCellGeneExpression.Reprod.Biol.Endocrinol.8:65
7.BagchiG*,ZhangY*,StanleyKA,WaxmanDJ.(2010)Complexmodulationofandrogenresponsivegeneexpressionbymethoxyaceticacid.Reprod.Biol.Endocrinol.9:42
8.DixitE,BoulantS,ZhangY,LeeAS,OdendallC,ShumB,HacohenN,ChenZJ,WhelanSP,FransenM,NibertML,Superti-FurgaG,KaganJC.(2009)Peroxisomesaresignalingplatformsforantiviralinnateimmunity.Cell141:668
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*OpenSourcePackagesandDatabase*
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1.MAnormpackageforChIP-Seqdataquantitativecomparison
http://bcb.dfci.harvard.edu/~gcyuan/MAnorm/MAnorm.htm
2.N-scorePythonPackagefornucleosomepositioningprediction(translatedfromProf.Yuan’sMATLABversion):http://bcb.dfci.harvard.edu/~gcyuan/nscore_python.zip
3.P450structuredatabase:http://bioinformatics.cau.edu.cn/CYPSD(justsubmittedtoBMCBioinformatics)
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*MolecularBiology*
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1.ZhangY,ZhaoZ.andXueY.(2009)RolesofProteolysisinPlantSelf-Incompatibility.Annu.Rev.PlantBiol.60:21
2.ZhangYandXueY(2008)“MolecularBiologyofS-RNase-basedSelf-Incompatibility”inBook“Self-IncompatibilityinFloweringPlants”.Berlin-Heidelberg-NewYork:Springer-Verlag.
3.XueY*,ZhangY*,YangY*etal(2009)Geneticfeaturesofapollen-partmutationsuggestaninhibitoryrolefortheAntirrhinumpollenself-incompatibilitydeterminant.PlantMol.Biol.70:499
