在岗研究生导师情况介绍
所系名称计算生物学研究所
性别女
专业名称计算生物学
技术职务研究员
行政职务无
Mail地址frauke@picb.ac.cn
指导博士
生总数0指导硕士
生总数0已毕业学生通讯地址岳阳路320号
目前博士
生数4目前硕士
生数0目前在校生邮政编码200031
研究方向通过作用机理，动力学性质及分子进化来研究蛋白质及其他生物大分子的功能。
研究工作蛋白质及RNA通常受到来自诸如结合伴侣的外部作用、机械力、以及pH、温度等环境因素变化的影响，而这些环境因素的变化正是细胞内信号通路的基本元素。例如酶的异构效应，天然不折叠蛋白的修饰以及应对机械外力蛋白的构象变化等。
我们组采用分组模拟，主要是能揭示原子层面信息的分子动力学模拟，结合进化分析来解释蛋白质是如何基于周围环境的变化而受到调控进而实现其功能。
我们的目标就是解释及预测生物大分子如何在受到外界信号后通过调整从而实现其新的功能，最终理解用于传递细胞内及细胞间通讯的生物大分子相互作用网络的作用机制。
我们组在新近成立的中国科学院－马普学会计算生物学伙伴研究所，该所是中国科学院与德国马普学会联合建立的，坐落于上海中心区域。同时小组在德国斯图加特的马普学会金属研究所进行部分研究工作。
获奖情况
指导研究
生情况
个人简介1996-1998德国图宾根大学化学系硕士
1998-2002德国海德尔堡大学化学系硕士
1999-2000日本京都大学有机化学交换学生
2002-2005德国马普学会生物物理化学所博士研究生
2002-2005中科院上海药物研究所客座研究人员
2005-2006德国马普生物物理化学所博士后
2006-2007美国哥伦比亚大学博士后
2007-中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所研究员
近期论文SelectedPublications:
M.Geisler,S.Xiao,E.Puchner,F.Gräter,T.Hugel.Controllingthestructureofproteinsatsurfaces.J.Amer.Chem.Soc.Accepted(2010)
W.Li,F.Gräter.AtomisticEvidenceofHowForceDynamicallyRegulatesThiol/DisulfideExchange.J.Amer.Chem.Soc.Accepted(2010)
S.Cheng,M.Cetinkaya,F.Gräter.Howsequencedetermineselasticityofdisorderedproteins.BiophysicalJournal.Inprint(2010)
S.Xiao,C.Debes,F.Gräter.Forcedistributiondeterminesoptimallengthofβ-sheetcrystalsformechanicalrobustnes.SoftMatter.Inprint(2010)
S.Cheng,S.Edwards,Y.Jiang,F.Gräter.Glycosylationenhancespeptidehydrophobiccollapsebyimpairingsolvation.ChemPhysChem.11(11),2367–2374.(2010)
Y.Leng,J.CHEN,B.Zhou,F.Gräter.RupturemechanismofaromaticsystemsfromGraphiteprobedwithmoleculardynamicssimulations.Langmuir,26(13),10791–10795.(2010)
W.Stacklies,F.Xia,F.Gräter.DynamicAllosteryintheMethionineRepressorrevealedbyforcedistributionanalysis.PLoSComputBiol.5(11):e1000574.(2009)
C.Baldauf,R.Schneppenheim,W.Stacklies,T.Obser,A.Pieconka,S.Schneppenheim,U.Budde,F.Gräter.Shear-InducedUnfoldingActivatesvonWillebrandFactorA2DomainforProteolysis.JournalofThrombosisandHaemostasis,7:2096–105.(2009)
S.Xiao,W.Stacklies,M.Cetinkaya,B.Markert,F.Gräter.MechanicalResponseofSilkCrystallineUnitsfromForceDistributionAnalysis.BiophysicalJournal,96(10)3997-4005.(2009)
W.Stacklies,M.C.Vega,M.Wilmanns,F.Gräter.MechanicalNetworkinTitinImmunoglobulinfromForceDistributionAnalysis.PlosComp.Biol.5(3):e1000306.(2009)
E.Puchner,A.Alexandrovitch,B.Brandmeier,U.Hensen,L.Schäfer,
F.Gräter,H.Grubmüller,H.Gaub,M.Gautel.Mechanoenzymaticsoftitinkinase.PNAS,105(36):13385-90.(2008)
F.Graeter,P.Haider,R.Zangi,B.J.Berne.Dissectingentropiccoilingandpoorsolventeffectsinproteincollapse.J.Amer.Chem.Soc.,130(35):11578-9.(2008)
A.P.Wiita,R.Perez-Jimenez,K.A.Walther,F.Gräter,B.J.Berne,A.Holmgren,J.M.Sanchez-Ruiz,andJ.M.Fernandez.Probingthechemistryofthioredoxincatalysiswithforce.Nature,450,124-7.(2007)
K.Walther,F.Gräter,L.Dougan,C.L.Badilla,B.J.Berne,J.M.
Fernandez.Signaturesofhydrophobiccollapseinextendedproteinscapturedwithforcespectroscopy.PNAS104,7916.(2007)
F.Gräter,H.Grubmüller.Fluctuationsofprimaryubiquitinfolding
intermediatesinaforceclamp.JStructBiol.157(3):557-69(2007)
TakamoriS,HoltM,SteniusK,LemkeEA,GronborgM,RiedelD,UrlaubH,SchenckS,BruggerB,RinglerP,MuellerSA,RammnerB,GräterF,HubJS,DeGrootBL,MieskesG,MoriyamaY,KlingaufJ,GrubmuellerH,HeuserJ,WielandF,JahnR.Molecularanatomyofatraffickingorganelle.Cell.127(4):831-46(2006)
F.Gräter,W.Xu,W.Leal,H.Grubmüller.PheromonediscriminationbythepheromonebindingproteinofBombyxmori.Structure,14(10):1577-86(2006)
F.Gräter,B.deGroot,H.Jiang,H.Grubmüller.Ligandreleasefromthepheromonebindingproteinofbombyxmori.Structure,14(10):1567-76(2006)
F.Gräter,J.Shen,H.Jiang,H.Grubmüller.Tension-inducedtitinkinaseactivationstudiedbyforce-probemoleculardynamicssimulations.Biophys.J.,88,790-804(2005)
Andresen,M,Wahl,M,Stiel,A,Gräter,F,Schäfer,LV,Weber,G,etal.Structureandmechanismofthereversiblephotoswitchofafluorescentprotein.Proc.Natl.Acad.Sci.USA102,13070-4(2005)
W.Li,H.Liu,E.E.Scott,F.Gräter,J.R.Halpert,X.Luo,J.Shen,J.JiangPossiblepathway(s)oftestosteroneegressfromtheactivesiteofcytochromeP4502B1:asteeredmoleculardynamicssimulation.DrugMetabDispos.33(7):910-9(2005)
F.Gräter,S.M.Schwarzl,T.Tschopp,A.Dejaegere,S.Fischer,J.C.Smith.BindingFreeEnergiesCalculatedWithQuantumMechanics/MolecularMechanicsCombinedWithaPoisson-Boltzmann/Surface-AreaApproach.J.Phys.ChemB.,(2005)
