在岗研究生导师情况介绍
所系名称计算生物学研究所
性别男
专业名称计算生物学
技术职务研究员
行政职务无
Mail地址grunewald@sibs.ac.cn
指导博士
生总数0指导硕士
生总数0已毕业学生通讯地址上海市岳阳路320号计算生物学研究所
目前博士
生数1目前硕士
生数1目前在校生邮政编码200031
研究方向组合学在系统发生学中的应用
研究工作研究领域为组合学和图论以及它们在分子生物学中的应用。前者包括纯数学理论的证明以及新的计算方法的开发和验证；后者则需要与生物学家和计算机科学家的密切合作。目前致力于系统相容性问题和生物进化网络的研究。
系统发生树（phylogenetictrees）的相容性：
在系统发生学中需要重建物种之间的进化关系。基于DNA序列，人们发展了许多方法构建生物进化树（evolutionarytree）。然而，多数方法都存在计算困难的缺陷，并且许多数据含有冲突的信息。比如说会出现这种情况，在各自并不相等的分类单位（taxa）的基础上构建的若干个系统发生树出现了重叠（overlapping）。那么一个很自然的问题是，是否存在一个“超树”（supertree），代表了这些集合的并集，并且包含所有输入树的信息？如果回答是肯定的，那么这些输入树被称为是相容的（compatible）；如果这个超树是唯一的，那么我们可以认为这些输入树定义了该超树。系统发生树的相容性是一个NP完整性（NP-complete）问题，对这个问题人们已进行了许多研究工作，但仍有一些问题有待解决，例如，确定在给出的一个系统发生树的集合上是否存在着一个超树。
网格进化与进化网络（ReticulateEvolutionandPhylogeneticNetworks）
有些情况下生物数据不能够由一个进化树表示出来,可能确实存在一个树表示这些数据，但由于数据中存在着的噪声，以致于这个树不能被充分地构建出来。另外，还有可能发生网格事件，如基因重组或水平基因传递都有可能出现。对于这两种情况，进化网络是描述这些数据信息的有力工具。目前有两种方法构建进化网络——分裂图（splitsgraphs）和非循环有向图（acyclicdirectedgraphs）。无根系统发生树（unrootedphylogenetictrees）可以用它的分类单位集合的二部分裂（bipartitions）以及相应的边来描述。然而，并非所有的劈裂集都对应一个树，一般的分裂集只能由分裂图描述。有根（rooted）进化树可推广为无环有向图。与分裂图不同的是，非循环有向图的内部节点可解释为某些物种的共同祖先。
StefanGrunewald致力于研究以上两种进化网络的构建方法，并试图解决一些理论问题，例如，基于数据构建进化网络的可行性以及基于小单元（如三元树（triplet），四元树（quartet），小进化网络等）构建进化网络的可行性。
获奖情况
指导研究
生情况
个人简介1994年1月德国比勒菲尔德大学数学系数学学士
1998年3月德国比勒菲尔德大学数学系数学硕士
2001年2月德国比勒菲尔德大学数学系数学博士
2001年4月—2001年10月比勒菲尔德大学“分析复杂生物资料”研究所博士后
2001年11月到2003年3月比勒菲尔德大学数学系博士后
2003年4月到2005年8月瑞典马普萨拉林奈大学分析复杂生物资料学科研究中心和新西兰坎特伯
雷大学科研工作者。
2005年9月到现在中国科学院—马普学会计算生物学伙伴研究所研究员
近期论文SelectedPublications:
Gruenewald,S.,Huber,K.,Moulton,V.,Semple,C.andSpillner,A.(2009).Characterizingweakcompatibilityintermsofweightedquartets.AdvancesinAppliedMathematics,42,329-341
Gruenewald,S.,Koolen,J.H.andLee,W.S.(2009).Quartetsinmaximalweaklycompatiblesplitsystems.Appl.Math.Lett.,22,1604-1608.,
StefanGruenewaldandVincentMoulton.MaximumParsimonyforTreeMixtures.IEEE/ACMTransactionsonComputationalBiologyandBioinformatics,,2009,6(1):97-102
StefanGruenewald,PeterJ.HumphriesandCharlesSemple.QuartetCompatibilityandtheQuartetGraph.TheElectronicJournalofCombinatorics,,2008,15:R103
GruenewaldS,MoultonVandSpillnerA.ConsistencyoftheQNetalgorithmforgeneratingplanarsplitnetworksfromweightedquartets.DiscreteAppliedMathematics,,doi:10.1016/j.dam.2008.06.038
StefanGruenewald,KristofferForslund,AndreasDressandVincentMoulton.QNet:AnAgglomerativeMethodfortheConstructionofPhylogeneticNetworksfromWeightedQuartets.MolecularBiologyandEvolution,,2007,24(2):532-538
Before2004:
1.StefanGrünewald,EckhardSteffen
Chromatic-index-criticalgraphsofevenorderJ.GraphTheory30(1999),no.1,27-36
2.StefanGrünewald,EckhardSteffen
Cyclically5-edgeconnectednon-bicriticalcriticalsnarksDiscuss.Math.GraphTheory19(1999),no.1,5-11
3.StefanGrünewald
Chromatic-indexcriticalmultigraphsoforder20,J.GraphTheory33(2000),no.4,240-245.
4.GunnarBrinkmann,SheshayyaA.Choudum,StefanGrünewald,EckhardSteffen
Boundsfortheindependencenumberofcriticalgraphs
Bull.LondonMath.Soc.32(2000),no.2,137-140.
5.StefanGrünewald
Harmonictrees,
Appl.Math.Lett.15(2002),no.8,1001-1004
6.BojanaBorovićanin,StefanGrünewald,IvanGutman,MiroslavPetrović
Harmonicgraphswithsmallnumberofcycles
DiscreteMath.265(2003),no.1-3,31-44
7.AndreasDress,StefanGrünewald,IvanGutman,MirkoLepovićDušicaVidović
Onthenumberofwalksintrees
MATCH-Commun.Math.Comput.Chem.48(2003),63-85
8.AndreasDress,StefanGrünewald
Semiharmonictreesandmonocyiclicgraphs
Appl.Math.Lett.16(2003),no.8,1329-1332
9.AndreasDress,RobertGiegerich,StefanGrünewald,HolgerWagner
Fibonacci-CayleynumbersandrepetitionpatternsingenomicDNA
Ann.Comb.7(2003),no.3,259-279
10.StefanGrünewald,EckhardSteffen
Independentsetsand2-factorsinedge-chromatic-criticalgraphs
J.GraphTheory45(2004),no.2,113-118
11.AndreasDress,StefanGrünewald,DraganStevanovicSemiharmonicgraphswith
fixedcyclomaticnumberAppl.Math.Lett.17(2004),no.6,623-629.
12.ClaudineDevauchelle,AndreasDress,AlexanderGrossmann,StefanGrünewald,
AlainHenautConstructinghierarchicalsetsystemsAnn.Comb.8(2004),no.4,441-456.
13.JanWeyer-Menkhoff,ClaudineDevauchelle,AlexGrossmann,StefanGrünewald
