在岗研究生导师情况介绍
所系名称计算生物学研究所
性别女
专业名称计算生物学
技术职务教授
行政职务所长
Mail地址jdhan@picb.ac.cn
指导博士
生总数7指导硕士
生总数9已毕业学生通讯地址上海岳阳路320号
目前博士
生数2目前硕士
生数0目前在校生邮政编码200031
研究方向分子系统生物学
研究工作1.研究生物网络的结构，动态及其功能。
遗传基因的网络由网点(node)和连接网点的网线(edge)组成。网点包括蛋白质,基因调节的元素和基因转录产物；而网线是指实际的或遗传基因的相互作用。经过复杂的相互作用和逻辑操作，这些网络动态地形成复杂的、合乎逻辑的线路,进一步形成整体结构，从而执行细胞的各种功能。
2.利用functionalgenomics的数据，寻找疾病有关的基因及进一步研究其病理作用。
最近已经产生了大量模型生物的proteomics和整体生物学数据，例如，酵母菌、线虫、果蝇的interactome、phenome、transcriptome，而且这些数据还在不断地向深度与广度方面延伸。同时，新类型的proteomic整体实验也不断加入，如promoterome、亚细胞定位、组织定位等。另一方面，这些方法已经开始应用于人类。对如何整合和挖掘这些大量原始数据提出了迫切要求。
3.探求遗传基因网络中内在的安全稳定机制。
生物对单个遗传基因的干扰（perturbations）相当不敏感,在大多数的情况下单一基因丢失并不造成生物的死亡。遗传基因通路的结构在基因敲除(knock-out)的情况下可能与正常状态下是不同的,这意味着网络有可塑性(plasticity)。
该研究组将利用datamining的工具及网络理论建立计算模型与提出工作假设，而后用整体生物学的手段证实与改进模型和假设。
获奖情况2004年中国科学院"百人计划"入选者
2005年获得国家杰出青年科学基金
指导研究
生情况近五年来（含已毕业和在培）
中科院遗传与发育生物学研究所指导研究生7名博士生9名
中科院计算生物学研究所指导研究生2名
个人简介
1987-1991中国药科大学学士
1991-1996AlbertEinsteinCollegeofMedicine博士
1997-1998洛克菲勒大学霍华德•休斯医学研究所博士后
1999-2000美国纽约恩提希电子技术公司软件工程师
2000-2001美国纽约RareMedium公司软件工程师
2001-2002CQOS,Inc.,Irvine,CA软件工程师
9/2002-3/2005哈弗大学医学院Dana-Farber癌症研究所与哈佛医科大学遗传学系科研人员
3/2005-8/2010中科院遗传与发育生物学研究所教授，课题组组长
9/2010--中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所教授，课题组长，所长
近期论文SelectedPublications:
2010
1.TengFei,ShanshanZhu,KaiXia,JianpingZhang,ZhongweiLi,Jing-DongJHan*andYe-GuangChen*.Smad2mediatesActivin/Nodalsignalinginmesendodermdifferentiationofmouseembryonicstemcells.CellResearch2010,20(12):1306-18
2.YiLiu,DaliHan,YixingHan,ZhengYan,BinXie,JingLi,NanQiao,HaiyangHu,PhilippKhaitovich,YuanGaoandJing-DongJ.Han.AbinitioidentificationoftranscriptionstartsitesintheRhesusmacaquegenomebyhistonemodificationandRNA-Seq.Nucl.AcidsRes,doi:10.1093/nar/gkq956(2010-10-14)
2009
1.TengFei^,KaiXia^,ZhongweiLi`,BingZhou`,ShanshanZhu,HuaChen,JianpingZhang,ZhangChen,HuashengXiao,Jing-DongJ.Han*andYe-GuangChen*.Genome-widemappingofSMADtargetgenesrevealstheroleofBMPsignalinginembryonicstemcellfatedetermination.GenomeResearch,November2009,publishedonline.
2.ZhigangLi^,WeiZhang^,MinyuanWu,ShanshanZhu,ChaoGao,LinSun,RuidongZhang,NanQiao,HuilingXue,YameiHu,ShilaiBao*,HuyongZheng*,andJing-DongJ.Han*.Expression-basedclassificationandregulatorynetworksofpediatricacutelymphoblasticleukemia.Blood,November2009,114(20):4486-4493.doi:10.1182/blood-2009-04-218123
2008
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