在岗研究生导师情况介绍
所系名称计算生物学研究所
性别男
专业名称计算生物学
技术职务研究员，博导，PI
行政职务无
Mail地址xushua@picb.ac.cn
指导博士
生总数1指导硕士
生总数6已毕业学生通讯地址上海市岳阳路320号
目前博士
生数5目前硕士
生数2目前在校生邮政编码200031
研究方向群体基因组学（PopulationGenomics）
研究工作群体基因组学（PopulationGenomics）是连接人类进化历史和药物遗传学以及基因治疗的桥梁。我们通过在群体水平进行大规模基因组学研究，了解遗传变异在群体内以及群体间的分布模式，以及弄清影响其分布模式的各种因素，并试图阐明遗传变异在群体和基因组水平的动态演化机制。同时，通过对基因组范围大量遗传变异的研究，揭示其一般性质；寻找到那些偏离基因组一般性质的遗传变异，建立起遗传变异与环境及致病因素的关联；并最终阐明遗传变异与表型变异以及与内外环境相互作用的关系和机制。
群体基因组学课题组（PopulationGenomicsGroup,PGG）致力于以下两个方面的研究：
1、群体基因组结构研究
2、现代人群的遗传结构研究
3、混合人群的历史和复杂性状基因定位研究
4、利用混合人群的特征进行allele-allele以及gene-gene交互作用研究
5、现代人群对环境的适应及自然选择研究
获奖情况[1]上海市科技启明星（2011.11）
[2]教育部自然科学奖（一等）（第二完成人）（2011.11）
[3]全国优秀博士论文（2011.8）
[4]入选中国科学院青年创新促进会（2011）
[5]复旦大学优秀博士论文（2010.1）
[6]上海市优秀博士论文（2009.12）
[7]中国科学院卢嘉锡青年人才奖（2009-2014）
[8]赛诺菲-安万特（法国）－上海生科院优秀青年人才奖（2009）
[9]明治乳业（日本）生命科学奖（2009）
指导研究
生情况目前指导7名在读博士研究生。一名博士生靳文菲（与复旦大学金力教授共同指导）已于2011年底顺利答辩正式毕业。靳文菲在读期间发表多篇论文，其中第一作者论文分别发表在领域著名核心期刊GenomeResearch和HumanMolecularGenetics.另一名在读博士生楼海一已有1篇第一作者论文发表在PLoSOne.此外，一名实习生阳雄在其实习期间在PLoSOne发表1篇第一作者论文。
个人简介•2011.07—至今中科院-马普计算生物学研究所马普青年科学家小组组长
•2010.12—至今中科院-马普计算生物学研究所研究员、博士生导师
•2009.12—至今中科院-马普计算生物学研究所研究组长(PI)
•2008.12—2009.11中科院-马普计算生物学研究所副研究员
•2006.07—2008.11中科院-马普计算生物学研究所助理研究员
•2003.9—2006.7复旦大学生命科学学院博士
•1996.9—2003.7湖北大学生命科学学院学士、硕士
近期论文[1]XiongYang,ShuhuaXu*,TheHUGOPan-AsianSNPConsortium.2011.IdentificationofCloseRelativesintheHUGOPan-AsianSNPDatabase.PLoSOne6(12):e29502(10.1371/journal.pone.0029502).
[2]WenfeiJin,ShuhuaXu*,HaifengWang,YongguoLi,YipingShen,BailinWu,LiJin*.2011.Genome-WideDetectionofNaturalSelectioninAfricanAmericansPre-andPost-Admixture.GenomeResearch(doi:10.1101/gr.124784.111).
[3]WenfeiJin,PengfeiQin,HaiyiLou,LiJin*,ShuhuaXu*.2011.ASystematicCharacterizationofGenesUnderlyingbothComplexandMendelianDiseases.Hum.Mol.Genet.(doi:10.1093/hmg/DDR599).
[4]HaiyiLou,ShilinLi,YajunYang,LongliKang,XinZhang,WenfeiJin,BailinWu,LiJin*,ShuhuaXu*.2011.AMapofCopyNumberVariationsinChinesePopulations.PLoSOne6(11):e27341.
[5]ShuhuaXu*,LiJin.2011.Chromosome-WideHaplotypeSharing:AMeasureIntegratingRecombinationInformationtoReconstructthePhylogenyofHumanPopulations.Ann.Hum.Genet.75(6):694-706.
[6]ShuhuaXu*,ShilinLi,YajunYang,JingzeTan,HaiyiLou,WenfeiJin,LingYang,XuedongPan,JiucunWang,YipingShen,BailinWu,HongyanWang,LiJin*.2011.AGenome-WideSearchforSignalsofHighAltitudeAdaptationinTibetans.Mol.Biol.Evol.28:1003-1011.
[7]PankajJha,SwapnilSinha,KanikaKanchan,TabishQidwai,AnkitaNarang,PrashantKumarSingh,SudhanshuS.Pati,SanjibMohanty,SarojK.Mishra,SuryaK.Sharma,ShallyAwasthi,VimalaVenkatesh,SanjeevJain,AnalabhaBasu,ShuhuaXu,IndianGenomeVariationConsortium,MitaliMukerji,SamanHabib.2011.DeletionoftheAPOBEC3Bgenestronglyimpactssusceptibilitytofalciparummalaria.Infection,GeneticsandEvolution12:142-148(10.1016/j.meegid.2011.11.001).
[8]XiaoyunCai,ZhendongQin,BoWen,ShuhuaXu,YiWang,YanLu,LanhaiWei,ChuanchaoWang,ShilinLi,XingqiuHuang,LiJin,HuiLi*,theGenographicConsortium.2011.HumanMigrationthroughBottlenecksfromSoutheastAsiaintoEastAsiaduringLastGlacialMaximumRevealedbyYChromosomes.PLoSOne6(8):e24282.
[9]ChumpolNgamphiw,AnunchaiAssawamakin,ShuhuaXu,PhilipJ.Shaw,JinOkYang,HoGhang,JongBhak,EdisonLiu,SissadesTongsima*,TheHUGOPan-AsianSNPConsortium.2011.PanSNPdb:ThePan-AsianSNPGenotypingDatabase.PLoSOne6(6):e21451.
[10]WanIsaHatin,AbRajabNur-Shafawati,Mohd-KhairiZahri,ShuhuaXu,LiJin,Soon-GuanTan,MohammedRizman-Idid,BinAlwiZilfalil,TheHUGOPan-AsianSNPConsortium.2011.PopulationGeneticStructureofPeninsularMalaysiaMalaySub-EthnicGroups.PLoSOne6(4):e18312.
[11]FrederickDelfin,JazelynMSalvador,GayvellineCCalacal,HenryBPerdigon,KristinaATabbada,LilianPVillamor,SaturninaCHalos,EllenGunnarsdo´ttir,SeanMyles,DavidAHughes,ShuhuaXu,LiJin,OscarLao,ManfredKayser,MatthewEHurles,MarkStonekingandMariaCorazonADeUngria*.2011.TheY-chromosomelandscapeofthePhilippines:extensiveheterogeneityandvaryinggeneticaffinitiesofNegritoandnon-Negritogroups.Eur.J.Hum.Genet.19:224-230.
[12]ShuhuaXu*,SanchitGuputaandLiJin*.2010.PEASV1.0:APackageforElementaryAnalysisofSNPData.Mol.Ecol.Res.10:1085-1088.
[13]ShuhuaXu,DaoroongKangwanpong,MarkSeielstad,MetaweeSrikummool,JatupolKampuansai,LiJin*.TheHUGOPan-AsianSNPConsortium.2010.GeneticEvidenceSupportsLinguisticAffinityofMlabri—aHunter-GathererGroupinThailand.BMCGenet.11:18.
[14]TheHUGOPan-AsianSNPConsortium(Co-correspondingauthor).2009.MappingGeneticDiversityinAsia.Science326:1541-1545.
[15]ShuhuaXu,XianyongYin,ShilinLi,WenfeiJin,HaiyiLou,LingYang,XiaohongGong,HongyanWang,Yipingshen,XuedongPan,YungangHe,YajunYang,YiWang,WenqingFu,YuAn,JiucunWang,JingzeTan,JiQian,XiaoliChen,XinZhang,YangfeiSun,XuejunZhang,BailinWu,LiJin.2009.GenomicDissectionofPopulationSubstructureofHanChineseandItsImplicationinAssociationStudies.Am.J.Hum.Genet.85:762-774.
[16]ShuhuaXuandLiJin,2009.ResponsetoLietal.,Am.J.Hum.Genet.85:937-939.
[17]ShuhuaXu,WenfeiJin,LiJin.2009.HaplotypeSharingAnalysisShowingUyghursAreUnlikelyGeneticDonors.Mol.Biol.Evol.26:2197-2206.
[18]ShuhuaXu,LiJin.2009.ComputationalBiology—ReviewandProspects.Science(KEXUE).61(4):34-37.
[19]YungangHe,ShuhuaXu,ChuanJia,LiJin.2009.Adesignofmulti-sourcesamplesasasharedcontrolforassociationstudiesingeneticallystratifiedpopulations.CellResearch19:913-915.
[20]ShuhuaXu,LiJin.2008.AGenome-wideAnalysisofAdmixtureinUyghursandaHigh-DensityAdmixtureMapforDisease-GeneDiscovery.Am.J.Hum.Genet.83:322-336.
[21]ShuhuaXu,WeiHuang,JiQian,LiJin.2008.AnalysisofGenomicAdmixtureinUyghurandItsImplicationinMappingStrategy.Am.J.Hum.Genet.82:883-894.
[22]FuzhongXue,YiWang,ShuhuaXu,FengZhang,BoWen,XuesenWu,MingLu,RanjanDeka,JiQian,andLiJin.2008.AspatialanalysisofgeneticstructureofhumanpopulationsinChinarevealsdistinctdifferencebetweenmaternalandpaternallineages.Eur.J.Hum.Genet.16:705-717
[23]ShuhuaXu,WeiHuang,HaifengWang,YungangHe,YingWang,YiWang,JiQian,MomiaoXiong,LiJin.2007.DissectingLinkageDisequilibriuminAfricanAmericanGenomes:RolesofMarkersandIndividuals.Mol.Biol.Evol.24:2049-2058.
