在岗研究生导师情况介绍
所系名称计算生物学研究所
性别男
专业名称计算生物学
技术职务研究员
行政职务无
Mail地址liyang@picb.ac.cn
指导博士
生总数0指导硕士
生总数2已毕业学生通讯地址上海岳阳路320号
目前博士
生数0目前硕士
生数2目前在校生邮政编码200031
研究方向真核转录组
研究工作从1990年开始到2001年第一个人类全基因组测序结果发表，人类基因组计划仅耗材花费就高达30亿美元。利用新一代高通量测序技术，基因组测序的时间和耗费被极大地降低了，这使得高通量测序技术被广泛的应用于生命科学研究的各个领域中，极大的促进了现代生命科学的发展。我们利用高通量测序技术和相应的计算生物学分析方法，对真核生物RNA的表达调控在全转录组水平进行系统检测，主要围绕模式生物果蝇和人源胚胎干细胞及其定向分化的RNA选择性剪接和非编码RNA功能作用进行研究，并系统解析RNA的复杂调控网络。我们将利用实验（包括新一代高通量测序，分子和细胞生物学等）和计算（包括统计，生物信息等）生物学的方法进行系统研究，以期拓展我们在全转录组水平对RNA重要生理功能及其调控作用的全面认识。
获奖情况2010:USConnecticutStemCellSeedAward
2011:上海市浦江人才支持
指导研究
生情况目前指导两名硕博连读研究生
个人简介07/2011-:中科院上海生科院计算生物学研究所，研究员，课题组长
10/2010-07/2011:中科院上海生科院科研管理处，研究员，处长
01/2007-09/2010:UniversityofConnecticutHealthCenter，博士后
07/2004-12/2006:YaleUniversity，博士后
09/1998-03/2004:中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所，博士研究生
近期论文SelectedPublications:(*equalcontributions)
1.GraveleyBR*,BrooksAN*,CarlsonJW*,DuffMO*,LandolinJM*,YangL*,ArtieriCG,vanBarenMJ,BoleyN,BoothBW,BrownJB,CherbasL,DavisCA,DobinA,LiR,LinW,MaloneJH,MattiuzzoNR,MillerD,SturgillD,TuchBB,ZaleskiC,ZhangD,BlanchetteM,DudoitS,EadsB,GreenRE,HammondsA,JiangL,KapranovP,LangtonL,PerrimonN,SandlerJE,WanKH,WillinghamA,ZhangY,ZouY,AndrewsJ,BickelPJ,BrennerSE,BrentMR,CherbasP,GingerasTR,HoskinsRA,KaufmanTC,OliverB,CelnikerSE.ThedevelopmentaltranscriptomeofDrosophilamelanogaster.Nature,2011,471:473-479
2.YangL,DuffMO,GraveleyBR,CarmichaelGG,ChenLL.GenomewidecharacterizationoflongnonpolyadenylatedRNAs.GenomeBiol.,2011,12(2):R16
3.BrooksAN*,YangL*,DuffMO,HansenK,DudoitS,BrennerSE,GraveleyBR.UsingRNAiandRNA-seqtoidentifyalternativeexonsregulatedbypasillaanditsassociatedregulatorymotifs.GenomeRes.,2011,21:193-202
4.CherbasL,WillinghamA,ZhangD,YangL,ZouY,EadsBD,CarlsonJW,LandolinJM,KapranovP,DumaisJ,SamsonovaA,ChoiJH,RobertsJ,DavisCA,TangH,vanBarenMJ,GhoshS,DobinA,BellK,LinW,LangtonL,DuffMO,TenneyAE,ZaleskiC,BrentMR,HoskinsRA,KaufmanTC,AndrewsJ,GraveleyBR,PerrimonN,CelnikerSE,GingerasTR,CherbasP.Thetranscriptionaldiversityof25Drosophilacelllines.GenomeRes.,2011,21:301-314
5.HoskinsRA,LandolinJM,BrownJB,SandlerJE,TakahashiH,LassmannT,YuC,BoothBW,ZhangD,WanKH,YangL,BoleyN,AndrewsJ,KaufmanTC,GraveleyBR,BickelPJ,CarninciP,CarlsonJW,CelnikerSE.Genome-wideanalysisofpromoterarchitectureinDrosophilamelanogaster.GenomeRes.,2011,21:182-192
6.PengSP,ChenLL,LeiXX,YangL,LinHF,CarmichaelGG,HuangYQ.Genome-wideStudiesRevealthatLin28EnhancestheTranslationofGenesImportantforGrowthandSurvivalofHumanEmbryonicStemCells.StemCells,2011,29:496-504
7.ThemodENCODEConsortium.IdentificationofFunctionalElementsandRegulatoryCircuitsbyDrosophilamodENCODE.Science,2010,330:1787-1797
8.ChenLL,YangL,CarmichaelGG.AttenuateddsRNA-inducedinterferonsignalinginhumanembryonicstemcellsandinducedpluripotentstemcells.CellCycle,2010,9:3552-3564
9.CelnikerSE,DillonLA,GersteinMB,GunsalusKC,HenikoffS,KarpenGH,KellisM,LaiEC,LiebJD,MacAlpineDM,MicklemG,PianoF,SnyderM,SteinL,WhiteKP,WaterstonRH;modENCODEConsortium.Unlockingthesecretsofthegenome.Nature,2009,459:927-930
10.YangL,ParkJ,GraveleyBR.SplicingfromtheOutsideIn.Mol.Cell,2007,27:861-862
11.YangL,AltmanS.Anon-codingRNAinSaccharomycescerevisiaeisaRNasePsubstrate.RNA,2007,13:682-690
12.YangL,WesolowskiD,LiY,AltmanS.AnalysisofputativeRNasePRNAfromorthopoxvirus.J.Mol.Biol.,2005,354:529-535
13.KovriginaE,YangL,PfundE,AltmanS.RegulatedexpressionoffunctionalexternalguidesequencesinmammaliancellssingaU6RNApolymeraseIIIpromoter.RNA,2005,11:1588-1595
14.YangL,LeeO,ChenJ,ChenJ,ChangCC,WangZZ,MaHH,ShaHF,FengJX,WangY,YangXY,WangL,OrnvoldK,LiBL,ChangTY.Humanacyl-coenzymeA:cholesterolacyltransferase1(acat1)sequenceslocatedintwodifferentchromosomes(7and1)arerequiredtoproduceanovelACAT1isoenzymewithadditionalsequenceattheN-terminal.J.Biol.Chem.,2004,279:46253-46262
15.YangL,YangJB,ChenJ,YuGY,ZhouP,LeiL,WangZZ,ChangCC,YangXY,ChangTY,LiBL.EnhancementofhumanACAT1geneexpressiontopromotethemacrophage-derivedfoamcellformationbydexamethasone.CellRes.,2004,14:315-323
16.YangL,ChenJ,ChangCC,YangXY,WangZZ,ChangTY,LiBL.Astableupstreamstem-loopstructureenhancesselectionofthefirst5'-ORF-AUGasamainstartcodonfortranslationinitiationofhumanACAT1mRNA.ActaBioch.Bioph.Sin.,2004,36:259-268
