中国科学院上海巴斯德研究所是根据中国科学院、上海市和法国巴斯德研究所2004年8月30日签署的合作总协议建立的研究机构。2005年7月开始运行。现任所长为艾德铭教授，联合所长为孙兵研究员。
　
　　宗旨
　　
　　根据国家公众健康需求，通过面向应用的基础研究、为公众健康服务和教育，为传染性疾病的预防和治疗做出贡献。研究生教育包括硕士和博士研究生培养、专业人员的培训结合中国科学院和巴斯德研究所国际网络的资源优势，努力创造国际化的教育和培训环境，为生物医学界培养高质量的创新型人才。

　　主要任务
　　
　　传染病（特别是病毒性传染病，包括艾滋病、呼吸道疾病如SARS和禽流感、肝炎、脑炎等）的致病机理研究; 基于基础研究，发展公众健康事业所需的应用技术，建立生物医学技术平台；开发新的诊断技术、预防疫苗和治疗药物；开展传染病及其防控知识的教育与培训活动；建立企业孵化器，把研究成果推向实际应用。

　　学科布局
　　
　　上海巴斯德所恪守使命，力争在分子病毒学和抗病毒免疫领域成为国际一流研究机构，为传染性疾病预防与控制作出贡献。研究的战略方向主要集中在基础研究和转化型研究：
　　- 病毒的分子生物学，急性或慢性感染的机制；
　　- 免疫应答机制和病毒感染调节；
　　- 新型疫苗研发。

　　科研队伍与人才培养
　　
　　研究所共有人员117人（截止2008年12月）。其中科研人员101名，包括研究员11名、副研究员3名，研究助理/助理研究员37名、研究生49名、博士后 2名，另有10名管理人员和6名技术支撑人员。
　　研究所的研究生教育包括硕士和博士研究生培养，结合中国科学院和巴斯德研究所国际网络的资源优势，努力创造国际化的教育和培训环境，为生物医学界培养高质量的创新型人才。