计算生物学研究所成立于2005年10月，是中国科学院和德国马普学会合作共建、联合资助、共同管理的一个国际化研究机构。其建所宗旨是：致力于与实验科学紧密结合的计算和理论生物学研究，补充完善上海生命科学研究院和马普研究所的科研系统，传播科学知识，培养造就人才，以简洁优美的语言解读生命玄机，为推动生命科学发展做出积极贡献。

　　研究所依托上海生命科学研究院，在管理模式和运作机制方面借鉴了马普学会所属研究机构的有益经验。研究所享有科学研究方面的完全自主权，其进行科学研究的主体是实验室和青年科学家小组。实验室主任和青年科学家小组组长由研究所的核心委员会在世界范围内遴选产生，实验室主任同时为研究所所长。由所长组成的所长委员会实施对研究所的日常管理，并对研究所理事会全面负责。同时，研究所的发展及所开展的科学研究工作受到来自世界范围的科学家组成的专家委员会依据国际标准进行的持续质量监控，以保证研究所科研工作的质量和发展方向。

　　成立以来，研究所积极探索具有自身特点的发展模式，努力加强研究所的人才队伍建设、学科方向建设、科研条件建设，大力推进国际合作，积极构建灵活高效的科学管理体系，已取得显著成效。目前研究所已初具规模，基本架构已经形成，开始步入一个健康成长、快速发展的新阶段。

　　在人才队伍建设方面，研究所现已拥有来自9个国家包括科研、管理、支撑在内70余人的高素质人才队伍，云集了一批世界范围内从事计算生物学研究的优秀科研人才。目前，研究所已有4名实验室主任（所长）、3名青年科学家小组组长和11名课题组长（PI），他们共同组成了伙伴所的科研骨干队伍，其成员全部为国外引进人才，其中外籍人数占到68%。在读硕博连读研究生39人，其中博士生12人，另有2名中外联合培养博士生。在站博士后6人，其中4人为外籍。

　　在科研能力建设方面，研究所已建立了组合数学与几何学、计算基因组学、调控基因组学、生物物理学4个实验室以及比较生物学、蛋白质力学与进化、植物系统生物学3个青年科学家小组，围绕数学在生物学中的应用形成了具有比较优势的科研阵容和学科发展方向。

　　在科研产出方面，研究所的研究工作已取得积极进展，科研成果初见端倪。现已累计发表论文60篇，有50篇论文被SCI收录，平均影响因子达到5.265，出版专著2部，承担国家各类科技计划项目9项。

　　在科研条件建设方面，研究所构建了Apple 和Linux两套计算系统，计算生物集群系统规模已经扩大到200个运算节点,拥有1200个高性能CPU核，基本具备了处理海量生物信息的能力，初步形成了支撑计算生物学研究的条件平台。同时，研究所整合所内资源，建立了用于辅助性“湿性”实验和用作国外访问学者客座研究的Uli Schwarz 实验室。

　　在学术交流与合作方面，研究所先后与10多个国家的30多所大学、研究机构以及国内的数十家单位建立了紧密联系，开展了实质性合作。已累计接待国际访问学者160余人，应邀来所讲学的诺贝尔奖获得者3人，举办生物数学、结构生物学等10多期公开培训课程，培训国内外学生500多人次。

　　研究所成立来的发展实践已受到了世界同行的热切关注，在国际学术界产生了积极的影响，作为世界科学家从事计算生物学研究的国际平台作用日益彰显出来，在引领我国新兴交叉学科发展中发挥了重要作用。