中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所，系由原中国科学院上海植物生理研究所与原中国科学院上海昆虫研究所于1999年整合而成。研究所面向我国农业、环境和资源的战略需求和国际科学前沿，在植物、昆虫、微生物的基因组、功能基因组、分子生理和分子生态领域开展研究，努力建设国际高水平研究机构、人才培养基地和科学传播基地。

　　2008年发表研究论文77篇，其中多篇论文发表在Nature Genetics, Plant Cell, PNAS, Developent, Plant Journal, Plant Physiology等学术期刊上。申请发明12项，其中2项国际专利；获授权专利6项，计算机软件登记1项。

　　职工和研究生
　　全所现有在职职工320人(其中中国科学院院士9人)，研究组41个。本所植物生理学、遗传学、微生物、昆虫学均为国务院学位评定委员会首批批准的硕士或博士学位授予点，设有博士后流动站，1997年被批准为中科院博士生重点培养基地，现有在学研究生337名，博士后32名。

　　实验室和中心
　　植物分子遗传国家重点实验室；国家植物基因研究中心(华东)；光合作用实验室、环境生物学和分子生态学实验室；中国科学院合成生物学重点实验室；中国科学院昆虫发育与进化生物学重点实验室以及中国科学院国家基因研究中心等。

　　重点研究领域
　　功能基因组学：水稻、拟南芥、棉花、油菜等重要生物学和经济性状基因的定位及克隆，基因表达谱和功能分析，转录因子及基因表达调控机制，细胞分化和模式建成，突变群体的构建，家蚕功能基因组学。
　　分子生理与生物化学：光合作用机构运转及其调节控制，植物重要生理过程的信号传导，植物激素作用机理，共生固氮的分子机理，抗病抗逆的关键调控因子，植物、微生物的次生代谢调控，代谢组学。
　　环境生物学和分子生态学：植物-昆虫-微生物间的相互作用，植物和昆虫对环境的适应机制，昆虫系统学与协同进化，现代农业，空间生物学。
　　工业生物技术：抗生素生物合成，纤维素利用，丙酮丁醇发酵技术，生物制氢，植物遗传转化技术，优质抗逆农作物基因工程育种，植物生物反应器等。

　　科研支撑
　　包括大型人工气候室、作物栽培与育种基地、植物转基因车间、代谢分析中心、电镜室、中心仪器室、实验农场和昆虫标本馆等。

　　对外合作
　　与国内外多所大学及研究机构建立了合作关系。与美国加州大学(伯克利)联合建立了“中国科学院上海生命科学研究院-美国加州大学(伯克利)分子生命科学研究中心”，与瑞士联邦理工大学(苏黎世)建立了“中国科学院上海生命科学研究院-上海木薯生物技术研究中心”，与荷兰科因(Keygene)公司建立了“中国科学院上海生命科学研究院-荷兰科因(Keygene)公司“植物分子育种联合实验室”，与英国和法国的多家大学和科研机构也建立了良好的合作关系。与中国水稻研究所、中科院遗传与发育研究所等单位保持了良好的合作关系。

　　科学传播
　　上海昆虫博物馆，前身是筹建于1868年的上海震旦博物院，1953年归属中国科学院。目前，馆内收藏昆虫标本100余万号，保藏着一大批濒危珍稀及检疫性昆虫标本，是我国大型专业昆虫馆之一，是“上海市科学教育普及基地”、“全国青少年走进科学世界科技活动示范基地”和“全国青少年科普教育基地”，2004年被列入上海市人民政府科普实事工程重点支持项目。