健康科学研究所成立于1999年，由中国科学院上海生命科学研究院、上海交通大学医学院（原上海第二医科大学）“强强联合”，跨科学院与高等医学教育系统创立，冠名健康科学中心，2002年4月开始实体化运作，2005年更名为健康科学研究所。

　　健康科学研究所的核心使命是生物医学转化型研究。聚焦干细胞研究与应用、免疫及重大疾病研究、肿瘤防治新策略研究等重要领域，重点培育干细胞药物研发、疾病代谢组学研究、肿瘤个体化诊疗、免疫微环境与慢性疾病的发生发展、心脏发育与心肌修复五个重点方向。研究所以提高科技创新能力为中心，以解决临床治疗的关键问题为导向，努力推进生物学基础研究与临床医学紧密结合的生物医学转化型研究，不断完善具有中国特色的、国际先进的生物医学转化型研究体系建设和复合型高级研究人才的培养机制。

　　健康科学研究所拥有中国科学院干细胞生物学重点实验室。截至2012年3月31日，研究所共有27个研究组，师生员工348人，在研科研经费3.15亿元。在27名研究组长中，包括中国科学院院士1人，中国工程院院士2人，国家“****”入选者2人，国家科技部“973”及重大科学研究计划首席科学家6人（7项），国家“青年****”入选者4人。研究所与上海交通大学医学院附属瑞金医院、附属仁济医院、附属新华医院、附属第九人民医院等12家医院，以及苏州大学附属第一人民医院、常州第一人民医院/苏州大学附属第三医院等开展密切合作，形成了良好的基础研究与临床应用研究联动体系。

　　通过十年来的不懈努力，健康科学研究所产生了一系列转化型研究成果，在国内外的声誉不断提高，已成为引领我国生物医学转化型研究的核心基地。健康科学研究所正阔步向世界一流迈进，努力为加快推进我国生物医学转化型研究，促进人类健康做出更大贡献。