复旦大学上海医学院中西医结合系于2002年3月正式建立。该系包含中西医结合基础学科（针刺原理研究所）和中西医结合临床学科（中西医结合研究所）。这两个学科均是1981年国家第一批设立的博士点，均是2002年教育部确定的国家重点学科。著名的针刺原理研究专家曹小定教授、著名的中西医结合临床专家沈自尹教授（中科院院士）分别是这两个学科的创建人。

目前中西医结合系以研究生培养为主，兼顾本科生教学，已开设及即将开设的课程为中医学（面向7年制、5年制临床医学及其他专业学生）、中西医结合基础概论（面向基础医学专业及各专业硕士生）、中西医结合的思路与方法（面向博士生）等。

中西医结合系系主任为王文健教授，常务副主任为吴根诚教授，副主任为陶福兴副教授。

有关中西医结合临床学科情况，请分别查阅各附属医院网页。