病理学系由我国早期知名的病理学家之一谷镜研教授（一级教授）于1927年创办，是我国国务院学位委员会首批授予的硕士点和博士点点。1989、2001年连续被国家教育部批准为重点学科，1996年被上海市教委批准为重点学科，2001年被复旦大学批准为校重点学科。近十余年来，承担国家、卫生部、上海市以及国际科技合作项目共80多项，资金达600多万元，并取得了10余项国家级、卫生部和上海市科技进步奖，培养博士生和硕士生近百名。承担本科大学生等的病理学，硕士、博士研究生现代组织化学、病理学理论与实践、分子生物学实验技术等课程。
　　近年来，在得到了国家自然科学基金重点项目（50万元）和上海市教委重点学科基金（60万元）资助后，选择以“间质病理”为主要研究方向，在肝、肾、肺等器官纤维化发生机制和肿瘤间质研究领域中取得了重要进展，处国内领先地位，并以较快的速度赶上国际先进行列。