复旦大学国际关系与公共事务学院的前身为国际政治系。该系是我国于1964年在高校设立的三个国际政治系之一。当时仅有一个国际政治专业，主要研究方向为西方发达国家的政治与对外关系。改革开放后，国际政治系有了很大发展，逐步增加了专业设置，扩大了招生规模。1980年首先增设了政治学专业。1984年设思想政治教育专业，继后于1988年又增设行政管理专业。
　　在国际问题研究方面，复旦大学先后在校内和有关院系内建立了六个国际问题研究中心和一个研究室，即美国研究中心、日本研究中心、欧洲问题研究中心、韩国研究中心、俄罗斯研究中心、北欧研究中心和拉丁美洲研究室。这些研究机构在开展地区研究和发展对外交流方面成绩斐然。
　　然而，不断深化的改革开放进程对中国的国际关系与公共事务研究和人才培养提出了更高的要求。世纪之交的中国，面临着机遇和挑战并存的国内外形势。要实现民族振兴，完成国家统一，承担国际责任，中国必须具有能对国际形势进行因势利导的对外政策；同时，要在较短的时间内实现社会经济的全面现代化，中国面临着国内政治体制优化和公共政策创新的双重任务。
　　顺应这种形势，复旦大学决定成立国际关系与公共事务学院·国际问题研究院。这一决定不仅是跨世纪学科建设和人才培养的需要，也是学校发展的一大重要举措。学院·研究院的建立将结束我校原有国际问题研究的分散状态，实现学科优势的整合，使我校国际关系与公共事务的学科建设、学术研究和学生培养进入一个崭新的发展阶段。