复旦大学医学院耳鼻咽喉科学系由眼耳鼻喉科医院、华山医院、中山医院、华东医院的耳鼻喉科组成。眼耳鼻喉科医院是我国唯一的三级甲等眼耳鼻喉科专科医院及教学医院。作为医院和耳鼻咽喉科学系中坚力量的耳鼻喉科是国家重点学科，是我国第一批博士授权点，也是我校临床医学博士后流动站之一。1994年被确立为上海市听觉医学领先专业，拥有卫生部听觉医学重点实验室及卫生部耳鼻喉科药理基地，也是上海市中西医结合鼻病中心。本学科为“211”工程建设一期（1997）及二期（2002）重点学科，校重点建设学科项目（985工程），2002年列为上海市重点建设的临床医学中心之一。
　　眼耳鼻喉科医院耳鼻喉科拥有197张床位，根据学科的发展划分为普通耳鼻喉科，头颈外科、颅底外科、听觉言语交流疾病科。学科带头人王正敏教授是中华耳鼻喉科学会全国副主任委员，国际听力学学会、世界聋联听觉医学委员会和国际颅底学会执委和委员。学科在听觉医学、多道程控耳蜗研制和植入、耳显微外科、颅底外科和头颈肿瘤外科领域居国内领先和国际先进。中西医结合鼻科、鼻内窥镜手术、外伤急救和异物治疗等方面在国内保持优势。学科拥有博士生导师4名，36名副高职称以上医师 和21名博士，其中归国博士2名。既有著名的耳鼻喉科专家，又有年富力强的中青年骨干，形成完整的学科梯队。

　　 华山医院耳鼻喉科有正高职称医师1名，副高职称以上医师3名，床位22张。中山医院耳鼻喉科有正高职称医师1名，副高职称以上医师4名，床位14张。华东医院耳鼻喉科有正高职称医师1名，副高职称以上医师3名，床位12张。