电子工程系成立于1982年，现隶属于复旦大学信息科学与工程学院。电子工程系，现有2个专业教研室：电子信息科学与技术教研室和生物医学工程教研室；1个系级研究所：复旦大学生物医学工程研究所；2个科研中心：生物医学工程中心和数字技术中心；1个实验中心：电子学教学实验中心。电子工程系具有较强的科研、教学师资力量，现有中国工程院院士1名，教授6名（博士生导师6名），副教授与高级工程师16名。

　　电子工程系，现设有“电子信息科学与技术”和“生物医学工程”2个本科专业，在校学生400人左右。作为侧重于科研应用的理科院系，电子工程系特别注意培养本科生坚实的数理基础、良好的科学素质和一定的创新能力，使学生牢固地掌握本学科的基础理论和基本技能。本系历届学生参加全国大学生电子设计竞赛、全国大学生挑战杯、全国研究生电子设计竞赛，连续获得优异成绩。电子工程系学科研究方向广泛，现有数字系统理论与技术、人工智能和神经网络、图像处理、工业控制、通信理论与技术、电路分析与测试、医学超声与工程、医学信号处理、心脏起搏与电生理、医学仪器与系统等方向。电子工程系现有“电路与系统”和“生物医学工程”2个硕士点及“电路与系统”和“生物医学工程”2个博士点。其中“生物医学工程”具有一级学科博士授予权，电路与系统是“电子科学与技术”一级学科博士授予点的三个组成部分之一。1996年“电路与系统”学科被评为上海市重点学科，1997年建立“电子科学与技术”博士后流动站，1999年“电路与系统”学科获教育部批准设立“****”特聘教授岗位，2000年“生物医学工程”学科获学校批准设立复旦大学特聘教授岗位。

　　电子工程系的科研力量雄厚，具有一支以中青年教师为骨干、知名教授为依托、后备力量源源不断的教学科研队伍。医学超声与工程等研究方向处于国内领先地位，有国际影响；人工智能和神经网络、数字系统理论与技术等研究方向有较大国内影响。多年来，本系承担了大量的国家重点攻关项目、国家自然科学基金项目、部委省市级科研项目，均取得了圆满结果。据统计，1996年来承担科研项目95项，总经费达1617.5万；获奖12项，含国家级二等奖1项，三等奖1项，省部级奖10项；发表论文600多篇，著作6本，含SCI 67篇，EI 175篇。目前承担国家级、省部级科研项目30多项、其他科研项目30多项。