李嫣

药物化学, 副研究员



姓名
李嫣
性别
女

职称
副研究员
学历
博士

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li_yan@fudan.edu.cn
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通讯地址
上海市浦东新区张衡路826号


教育经历
2001/09-2005/07 中国科学技术大学 获化学理学学士2005/09-2010/07 中国科学院上海有机化学研究所 获有机化学博士学位

工作经历
2010/07-2013/05 中国科学院上海有机化学研究所 助理研究员
2013/05-2019/09 中国科学院上海有机化学研究所 副研究员
2019/10-至今 复旦大学药学院 副研究员

承担科研项目情况
1. 国家自然科学基金面上项目**，发展针对蛋白水解酶的专用亲合性打分函数（主持，已结题）2. 国家自然科学基金青年科学基金项目**，蛋白-蛋白结合界面上特征作用模式的挖掘及其在药物分子设计中的应用（主持，已结题）
3. 安进公司亚洲研发中心资助项目（2017-2019），靶向B类GPCR蛋白的小分子调节剂的设计（主持，在研）
4. 安进公司亚洲研发中心资助项目（2016-2017），发展靶向GPCR蛋白的药物分子设计方法（主持，已结题）
5. 默沙东中国研发中心资助项目（2013-2016），Development of Customized Scoring Functions for Structure-Based Drug Design（主持，已结题）

获奖及荣誉


研究方向
1. 研究和发展基于结构药物分子设计中的关键理论和方法，包括：建立评价蛋白-配体打分函数性能的方法体系CASF，研究蛋白-配体亲合性计算中的关键因素，发展新一代打分函数，开发全新药物分子设计新方法等。2. 研究蛋白-蛋白相互作用界面的特征作用模式，发展调控蛋白-蛋白作用体系的小分子设计新策略，并应用于实际的靶标体系中。
3. 以分子模拟为手段研究与重大疾病相关的药物靶标与小分子化合物的相互作用，辅助先导化合物的发现和优化。

科研成果
1. 建立了系统性评价蛋白-配体亲合性计算方法的体系CASF，为客观评价打分函数提供权威性的解决方案。该工作获得同行专家的认可及广泛应用。2. 发展靶向蛋白-蛋白相互作用的药物分子设计方法并在Bcl-2抗凋亡蛋白与BH3多肽的作用体系上进行了示范性应用，获得若干对Bcl-2抗凋亡蛋白有显著抑制作用的先导化合物。
3. 提出基于蛋白-配体/蛋白-蛋白结合界面特征作用模式的片段筛选策略，与先导化合物的发现与优化方法AutoT&T相结合，发展一种基于片段的药物分子设计流程，并应用于GPCR体系，提高发现先导化合物的成功率。
4. 发展了一种预测蛋白结合口袋中水分子位置与能量的方法HydraMap。基于被取代的水分子计算蛋白-配体结合过程中的去溶剂化能，并将其与现有打分函数进行整合，提高打分函数的性能。

代表性论著
期刊论文1. Li, Y.*; Sun, Y.; Song, Y.; Dai, D.; Zhao, Z.; Zhang, Q.; Zhong, W.; Hu, L. A.; Ma, Y.; Li, X.*; Wang, R.* Fragment-based computational method for designing GPCR ligands. J. Chem. Inf. Model. 2019, in press, DOI: 10.102/acs.jcim.9b00699.
2.Su, M.; Yang, Q.; Du, Y.; Feng, G.; Liu, Z.; Li, Y.*; Wang, R.* Comparative assessment of scoring functions: The CASF-2016 update. J. Chem. Inf. Model. 2019, 59, 895-913.
3. Li, Y.; Su, M.; Liu, Z.; Li, J.; Liu, J.; Han, L.; Wang, R.* Assessing protein-ligand interaction scoring functions with the CASF-2013 benchmark. Nat. Protocols 2018, 3, 666-680.
4.Han, L.; Yang, Q.; Liu, Z.; Li, Y.; Wang, R.* Development of a new benchmark for assessing the scoring functions applicable to protein-protein interactions. Future Med. Chem. 2018, 10, 1555-1574.
5.Naowarojna, N.; Huang, P.; Cai, Y.; Song, H.; Wu, L.; Cheng, R.; Li, Y.; Wang, S.; Liu, H.; Zhang, L.; Zhou, J.; Liu, P. In vitro reconstitution of the remaining steps in ovothiol A biosynthesis: C-S lyase and methyltransferase reactions. Org. Lett. 2018, 20, 5427-5430.
6.Jiang, Y.; Qian, F.; Yang, J.; Liu, Y.; Dong, F.; Xu, C.; Sun, B.; Chen, B.; Xu, X.; Li, Y.; Wang, R.; Yang, S. CRISPR-Cpf1 assisted genome editing of Corynebacterium glutamicum. Nat. Commun. 2017, 8:15179.
7.Liu, Z.; Su, M.; Han, L.; Liu, J.; Yang, Q.; Li, Y.*; Wang, R*. Forging the basis for developing protein-ligand interaction scoring functions. Acc. Chem. Res. 2017, 50, 302-309.
8.Liu, J.; Su, M.; Liu, Z.; Li, J.; Li, Y.*; Wang, R.* Enhance the performance of current scoring functions with the aid of 3D protein-ligand interaction fingerprints. BMC Bioinformatics 2017, 18:343.
9. Li, Y.; Zhao, Z.; Liu, Z.; Wang, R.* AutoT&T v2: An efficient and versatile tool for lead structure generation and optimization. J. Chem. Inf. Model. 2016, 56, 435-453.
10.Xu, X.; Chen, J.; Wang, Q.; Duan, C.; Li, Y.; Wang, R.; Yang, S. Mutagenesis of key residues in the binding center of l-aspartate-b-semialdehyde dehydrogenase from Escherichia coli enhances utilization of the cofactor NAD(H). ChemBioChem 2016, 17, 56-64.

专利申请
1. 王任小，王慧，马大为，杨成文，刘真，巴乾，李井泉，张政希，周宓，李嫣，中科院上海有机化学研究所（第一申请单位），中国科学院上海生命科学研究院（第二申请单位），“苯基唑环取代酰胺类化合物及其制备方法和用途”，专利授权号ZL 2012-1-**.3。
2. 王任小，王慧，马大为，杨成文，刘真，巴乾，李井泉，张政希，周宓，李嫣，中科院上海有机化学研究所（第一申请单位），中国科学院上海生命科学研究院（第二申请单位），“苯基噻吩磺酰胺类化合物及其制备方法和用途”，专利授权号ZL 2012-1-**.2。
3. 王任小，郭春，俞飚，李杨峰，李嫣，安然，徐耀春，周宓，李晴，孔文娜，李婕，中国科学院上海有机化学研究所，“一种噻唑酰胺类化合物、其制备方法、药物组合物及应用”，专利申请号：2.2，专利申请日：2018年5月15日。
4. 王任小，柳红，俞飚，李杨峰，李淳朴，李嫣，周宓，李晴，苏敏仪，中国科学院上海有机化学研究所（第一申请单位），中国科学院上海药物化学研究所（第二申请单位），“一种苯基吡唑类化合物、药物组合物、其制备方法及应用”，专利申请号：4.3，专利申请日：2018年7月24日。
5. 王任小，洪然，田杰，樊文杰，李嫣，周宓，李晴，孔文娜，李杨峰，李婕，中国科学院上海有机化学研究所，“苯基噻吩磺酰胺类化合物、药物组合物、其制备方法和应用”，专利申请号：6.6，专利申请日：2018年12月12日。
6. 王任小、洪然，樊文杰，田杰，李嫣，周宓，李晴，孔文娜，李杨峰，李婕，中国科学院上海有机化学研究所，“一种苯基噻吩磺酰胺类化合物、药物组合物、其制备方法和应用”，专利申请号：3.X，专利申请日：2019年7月19日。