发酵工程专业于1998年经教育部批准为硕士学位授予点，1999年开始招生，2003年教育部批准为博士学位授予点，2004年开始招收博士研究生。
本专业依托生物反应器工程国家重点实验室、国家生化工程技术研究中心（上海）、生物化工系、生物化学研究所，配有各种全自动发酵罐、各种性能的色谱/质谱仪、高分辨率凝胶成像系统、高通量流式细胞仪、多种全自动显微成像系统等先进仪器设备。研究领域包括：微生物发酵过程优化及放大、动植物细胞培养、生物催化，系统生物技术及代谢工程，发酵过程检测、模拟和控制，生物反应器工程，代谢产物分离纯化工程等。

本专业硕士研究生必须坚持“德、智、体、美”全面发展，并要求做到：
1.遵纪守法，具有良好的道德品质和科研作风；
2.有高度的责任感，良好的合作精神和较强的创新精神，能积极为社会主义现代化建设事业服务；
3.掌握生化工程和发酵工程方面的基础理论和专业知识，了解生物技术的最新发展动向，能够创造性地运用发酵调控学、生物反应动力学、生物反应过程检测与控制等方面的知识，研究和解决与发酵及生物转化等有关过程中的理论和实际问题；熟练掌握一门外国语，能熟练地阅读本专业外文资料，具有良好的写作能力和其它实际应用能力；具有独立开展科学、技术研发能力，具有较好的管理工作的能力；
4.积极参加各种社会实践活动，树立自立、自强的精神；
5.具有健康的身体与心理。

硕士生的学制为3年，学习年限不超过5年，课程学习学分有效期自研究生入学开始为5年。

1.微生物工程
2.细胞培养工程
3.酶工程

1.本学科硕士生应完成不少于26学分的课程学习，一般在入学后的前4个学习单元内完成。
2.根据资源共享和学科交叉的原则，硕士生可选修其他高校具有优势、符合本学科培养要求的课程。经导师和学院核准后，学校承认校外学分。硕士生可选修数学或其他同类学科的专业核心课与专业选修课作为本学科的专业选修课，学分认可。
3.课程设置表中设置的课程有一定的选修空间，研究生一旦选定某门课程，则必须参加该课程的学习和考试。学位课程不及格的研究生，可在学习年限内参加重考或重修相同性质课程。参加重考或重修的研究生必须经选课后取得考试资格，重考与它届研究生同卷同堂进行，不再另行安排。在学习年限内未能按要求完成课程学习者，予以退学。
4.每门课程的选修人数至少6人才能开课（专业招生人数少的除外）

1.硕士生中期检查在第3学期初进行，由学生所在学院负责。
2.中期检查前必须完成本学科学位课程的学习并获得相应学分。
3.中期检查的内容包括课程学习的学分和成绩、思想表现、参加学术活动情况和开题报告等。考核前必须完成至少两次文献分析报告，通过实验技能考核。
4.开题报告
硕士生应首先搜集有关文献资料并进行实际调查，把握学科发展前沿，重视文献知识产权，写好文献综述，在此基础上，写出开题报告，并在硕士点导师组统一安排的开题报告会上作公开报告、答辩，经审核通过者方可进入学位论文工作。

为使创新拔尖人才脱颖而出，鼓励优秀的硕士研究生提前攻博。提前攻博的相关条件和实施办法按照《华东理工大学关于优秀硕士生提前攻读博士学位的暂行办法》的规定进行。

按《华东理工大学生物科学与工程学科研究生在学期间发表论文的有关规定》执行。

学位论文是硕士生基础理论知识和科学研究能力的具体体现，是硕士生培养质量的重要标志。
研究生从事学位论文的工作内容及其所产生成果的知识产权属华东理工大学。与外单位联合培养研究生或联合开展毕业论文的，根据合作合同判定。
学位论文的评阅、答辩和学位申请与授予等工作按《中华人民共和国学位条例暂行实施办法》和《华东理工大学学位授予工作细则》的规定进行。