生物化工本科专业原为抗生素工学专业，建于1954年，1980年改为生物化工专业。1978年开始招收硕士生，1990年获博士学位授予权，为全国第一个生物化工博士点，1991年开始招收博士生。
本专业依托生物反应器工程国家重点实验室、国家生化工程技术研究中心(上海)、生物化工系、生物化学研究所，配有各种先进的生物过程研究装备和生物器，其中包括各种生物过程传感技术和计算机数据采集预处理、实验室高效液相色谱仪、气相色谱仪、气-质和液-质联用质谱仪、流式细胞仪等。主要研究领域有：采用基因重组微生物及非重组微生物的发酵过程优化，动植物细胞的大规模培养及过程优化，组织工程，生物催化，代谢工程，生物反应过程的检测、模拟和控制，海洋生物技术，环境生物工程，生物反应器，生物反应过程的放大，生物活性物质的分离纯化等。

本学科的硕士学位获得者要掌握应用生物学基本概念和生物反应器工程、生物分离工程、生化过程检测与控制等生化工程方面的基础理论；掌握本学科的现代实验技能和计算机技术；熟悉生物工程的研究现状和发展趋势；能够应用生物科学和工程学科的知识，对微生物、动物细胞等生物资源进行研究和开发。
同时，本专业硕士生必须坚持“德、智、体、美”全面发展的方针，要求做到：
1.遵纪守法，具有良好的道德品质和科研作风。
2.有高度的责任感，良好的合作精神和较强的创新精神，能积极为社会主义现代化建设事业服务。
3.掌握本学科基础理论和专业知识。至少学习一门外国语，能熟练地阅读本专业外文资料，具有良好的写作能力和其它实际应用能力；具有独立开展科学、技术研发能力，具有较好的管理工作的能力。
4.积极参加各种社会实践活动，树立自立、自强的精神。
5.具有健康的身体与心理。

硕士生的学制为3年，学习年限不超过5年，课程学习学分有效期自研究生入学开始为5年。

1.生化反应工艺与工程
2.生物反应器工程
3.生化反应过程检测与控制
4.生化分离工程　　
5.细胞培养工程

1.本学科硕士生应完成不少于26学分的课程学习，一般在入学后的前4个学习单元内完成。
2.根据资源共享和学科交叉的原则，硕士生可选修其他高校具有优势、符合本学科培养要求的课程。经导师和学院核准后，学校承认校外学分。硕士生可选修数学或其他同类学科的专业核心课与专业选修课作为本学科的专业选修课，学分认可。
3.课程设置表中设置的课程有一定的选修空间，研究生一旦选定某门课程，则必须参加该课程的学习和考试。学位课程不及格的研究生，可在学习年限内参加重考或重修相同性质课程。参加重考或重修的研究生必须经选课后取得考试资格，重考与它届研究生同卷同堂进行，不再另行安排。在学习年限内未能按要求完成课程学习者，予以退学。
4.每门课程的选修人数至少6人才能开课（专业招生人数少的除外）

1.硕士生中期检查在第3学期初进行，由学生所在学院负责。
2.中期检查前必须完成本学科学位课程的学习并获得相应学分。
3.中期检查的内容包括课程学习的学分和成绩、思想表现、参加学术活动情况和开题报告等。考核前必须完成至少两次文献分析报告，通过实验技能考核。
4.开题报告
硕士生应首先搜集有关文献资料并进行实际调查，把握学科发展前沿，重视文献知识产权，写好文献综述，在此基础上，写出开题报告，并在硕士点导师组统一安排的开题报告会上作公开报告、答辩，经审核通过者方可进入学位论文工作。

为使创新拔尖人才脱颖而出，鼓励优秀的硕士研究生提前攻博。提前攻博的相关条件和实施办法按照《华东理工大学关于优秀硕士生提前攻读博士学位的暂行办法》的规定进行。

按《华东理工大学生物科学与工程学科研究生在学期间发表论文的有关规定》执行。

学位论文是硕士生基础理论知识和科学研究能力的具体体现，是硕士生培养质量的重要标志。
研究生从事学位论文的工作内容及其所产生成果的知识产权属华东理工大学。与外单位联合培养研究生或联合开展毕业论文的，根据合作合同判定。
学位论文的评阅、答辩和学位申请与授予等工作按《中华人民共和国学位条例暂行实施办法》和《华东理工大学学位授予工作细则》的规定进行。