发酵工程专业于1998年经教育部批准为硕士学位授予点，1999年开始招生，2003年教育部批准为博士学位授予点，2004年开始招收博士研究生。本专业依托生物反应器工程国家重点实验室、国家生化工程技术研究中心（上海）、生物化工系、生物化学研究所，配有各种全自动发酵罐、各种性能的色谱/质谱仪、高分辨率凝胶成像系统、高通量流式细胞仪、多种全自动显微成像系统等先进仪器设备。研究领域包括：微生物发酵过程优化及放大、动植物细胞培养、生物催化，系统生物技术及代谢工程，发酵过程检测、模拟和控制，生物反应器工程，代谢产物分离纯化工程等。

本学科博士研究生应坚持“德、智、体、美”全面发展，并要求做到：
1.遵纪守法，具有良好的道德品质和科研作风；
2.有高度的责任感，良好的合作精神和较强的创新精神，能积极为社会主义现代化建设事业服务；
3.掌握发酵工程的基础理论和专业知识，深入了解发酵工程的发展动向，能应用生物学科和工程学科的知识，创造性地研究和解决与本学科有关的理论和实际问题，具有生物过程工程、生物反应器工程方面的研究能力；至少熟练掌握一门外国语，能熟练地阅读本专业的外文资料，并具有良好的写作和进行国际学术交流能力；具有独立从事科学研究和管理工作的能力，能在科学或专门技术上做出创造性的成果；
4.具有健康的身体和心理。

博士生学制为3年，培养年限不超过6年。课程学习成绩有效期自研究生入学开始为6年。

1.微生物工程
2.细胞培养工程
3.酶工程
4.系统生物工程

1.博士生应完成不少于10学分的课程学习，一般在入学后的前3个学习单元内完成。

2.非本专业或同等学力录取的博士生，必须加选本专业硕士生的专业课程2学分，但所学课程的学分不计入总学分。

3.根据资源共享的原则，鼓励我校研究生选修其他高校、学科具有优势、符合本学科培养要求的专业课程，经导师和学院核准后，承认其学分。

4.课程设置表中设置的课程有一定的选修空间，研究生一旦选定某门课程，则必须参加该课程的学习和考试。考试不及格的研究生，可在学习年限内参加重考或重修相同性质课程。参加重考或重修的研究生必须经选课后取得考试资格，重考与他届研究生同卷同堂进行，不再另行安排。在学习年限内未能按要求完成课程学习者，予以退学。

5.在进行课程学习的同时，博士生需参与课题组的科学研究与学术活动，开展学位论文的前期工作。

1.博士候选人资格认证一般在第3学期末进行，由各二级学科成立博士候选人资格认证小组，组长由博士生导师组组长担任。

2.博士生在规定的时间内填写《华东理工大学博士候选人资格认证表》。资格认证的内容包括课程学习的学分和成绩（含专业补修课程成绩）、文献阅读、学术报告及实验技能、开题报告、论文进展、导师对其科研能力的评价等部分。

3.认证结果分四类

(1)通过者继续完成博士论文工作。

(2)明显不符合培养要求者，作退学处理。

(3)其他初次未通过博士候选人资格认证者，允许再参加一次认证，再次认证通过者可继续完成博士论文工作，再次认证仍未通过者，作退学处理。

(4)到期无故不参加认证者按不通过处理。

4.开题报告

博士生入学后在导师的指导下确定研究方向，通过查阅文献、收集资料和调查研究确定研究课题，在第3学期末前完成开题报告。开题报告须在本学科和相关学科专家参加的论证会上，就课题的研究范围、意义和价值、拟解决的问题、研究方案及研究进度等做出说明，并进行可行性论证，经过认可后才能进行课题研究。对于科研经费的来源、试验器材的采购和加工计划等应尽早提前考虑并采取相应的措施。

按《华东理工大学生物科学与工程学科研究生在学期间发表论文的有关规定》执行。

博士学位论文是博士生培养最重要的组成部分，是对博士生进行科学研究或承担专门技术工作的全面训练，是培养博士生创新能力、综合运用所学知识发现、分析和解决问题能力的主要环节。

从事学位论文的工作内容及其所产生成果的知识产权属华东理工大学。与外单位联合培养研究生或联合开展毕业论文的，根据合作合同判定。

学位论文的评阅、答辩和学位申请与授予等工作按《中华人民共和国学位条例暂行实施办法》和《华东理工大学学位授予工作细则》的规定进行。