发酵工程专业于1998年经教育部批准为硕士学位授予点，1999年开始招生，2003年教育部批准为博士学位授予点，2004年开始招收博士研究生。
　　本专业依托生物反应器工程国家重点实验室、国家生化工程技术研究中心（上海）、生物化工系、生物化学研究所，配有各种全自动发酵罐、各种性能的色谱/质谱仪、高分辨率凝胶成像系统、高通量流式细胞仪、多种全自动显微成像系统等先进仪器设备。研究领域包括：微生物发酵过程优化及放大、动植物细胞培养、生物催化，系统生物技术及代谢工程，发酵过程检测、模拟和控制，生物反应器工程，代谢产物分离纯化工程等。

本学科的硕-博连读生必须坚持“德、智、体、美”全面发展，并要求做到：
1.遵纪守法，具有良好的道德品质和科研作风；
2.有高度的责任感，良好的合作精神和较强的创新精神，能积极为社会主义现代化建设事业服务；
3.掌握发酵工程的基础理论和专业知识，深入了解发酵工程的发展动向，能应用生物学科和工程学科的知识，创造性地研究和解决与本学科有关的理论和实际问题，具有生物过程工程、生物反应器工程方面的研究能力；熟练掌握一门外国语，能熟练地阅读本专业的外文资料，并具有良好的写作和进行国际学术交流能力；具有独立从事科学研究和管理工作的能力，能在科学或专门技术上做出创造性的成果；
4.具有健康的身体和心理。

1.微生物工程
2.细胞培养工程
3.酶工程
4.系统生物工程

硕博连读生学制为4.5年，学习年限不超过6年，课程学习成绩有效期自研究生入学开始为6年。

1.本学科硕博连读生应完成不少于33学分的课程学习，其中硕士阶段不少于23学分，博士阶段不少于10学分。
2.根据校内资源共享及学科交叉的原则，研究生可选修数学或其他同类学科的专业课作为本学科的专业选修课，学分认可。
3.课程设置表中设置的课程有一定的选修空间，研究生一旦选定某门课程，则必须参加该课程的学习和考试。学位课程不及格的研究生，可在学习年限内参加重考或重修相同性质课程。参加重考或重修的研究生必须经选课后取得考试资格，重考与他届研究生同卷同堂进行，不再另行安排。在学习年限内未能按要求完成课程学习者，予以退学。
4.提倡硕博连读生自主学习和研究，提高创新能力。硕博连读生在进行课程学习的同时需参与课题组的科研、学术活动，进行学位论文的前期工作。

1.通过条件

(1)硕博连读生修满规定硕士阶段学分，成绩合格。
(2)通过论文开题报告。
(3)完成至少两次文献分析报告，并通过实验技能考核。
(4)具有优良的思想素质和道德品质，健康的身体和心理，以及良好的培养潜质。


2.步骤

(1)硕博连读生博士生资格认证在入学后的第4学期末完成。对个别优秀的学生，可适当安排在第3学期末进行。
(2)硕博连读生在规定的时间内本人填写《华东理工大学硕博连读研究生博士生资格认证表》，学院审查课程成绩，由导师如实填写硕博连读生的科研能力、科研作风、思想品德等情况，考核小组在规定时间对本专业的硕博连读生集中进行考核。
集中考核方式：先由硕博连读生做开题报告，接着导师介绍该生发表论文及科研工作情况。考核小组就专业基础知识及课题研究情况进行提问，以无记名投票的方式做出通过与不通过博士研究生资格认证的结论，并由考核小组负责人签字，名单报研究生院审核。
(3)经研究生院审核确认具有博士研究生资格的硕博连读生从通过博士生资格认证的下一学期开始享受博士生待遇，并作为录取的博士研究生上报教育部。

按《华东理工大学生物科学与工程学科研究生在学期间发表论文的有关规定》执行。

博士学位论文是博士生培养最重要的组成部分，是对博士生进行科学研究或承担专门技术工作的全面训练，是培养博士生创新能力、综合运用所学知识发现、分析和解决问题能力的主要环节。
从事学位论文的工作内容及其所产生成果的知识产权属华东理工大学。与外单位联合培养研究生或联合开展毕业论文的，根据合作合同判定。
学位论文的评阅、答辩和学位申请与授予等工作按《中华人民共和国学位条例暂行实施办法》和《华东理工大学学位授予工作细则》的规定进行。