华东理工大学生物工程领域是国务院学位委员会批准设立的工程硕士学位授予点之一，该领域从我国生物工程行业的实际出发，结合本校优势，为生物技术与生物医药企业培养高层次、工程型、应用型、复合型工程技术人才，本领域包括发酵工程、基因工程、生物分离工程、酶工程与生物催化、分子生物学、应用生物化学等研究方向，而这些技术可分别应用在医药、农业、轻工、环境、化工和食品等领域。
我校生物工程领域导师力量雄厚，科研装备先进，试验设施优良，现承担了大批国家级与省部级重点项目及大量企业委托开发项目。目前建有国家生物反应器重点实验室、国家生化工程技术研究中心（上海）两个国家级基地。本校生物工程领域长期来在科学研究和成果转化方面取得了许多成果，1997年至今，获国家科技进步奖二等奖三项，省部级奖多项；同时为我国的生物制药与工业生物技术行业的企业和研究单位培养了大批的人才，目前我校生物工程学院的毕业生遍及我国的大型生物技术制药、工业生物技术，以及许多现代生物技术企业，为我国的生物制药与工业生物技术行业的发展做出了贡献。

工程硕士专业学位是与工程领域任职资格相联系的专业性学位，主要培养应用型、复合式高层次工程技术和工程管理人才。

工程硕士生的学制为3年，培养年限为3-5年，课程学习成绩有效期为5年。采取进校不离岗的方式培养。

1.发酵工程与技术
　　2.酶工程与生物催化
　　3.生物分离工程
　　4.生物制药（含现代中药）工程

本学科专业硕士生应完成不少于32学分的课程学习，一般在入学后的前四个学习单元内完成。课程学习实行学分制，要求在校学习的时间累计不少于6个月。

1.工程硕士生中期检查在第三学期开学后八周内进行，由生物工程领域工程硕士工作小组负责。
　　2.中期检查的内容包括课程学习和论文开题报告以及工程硕士在单位里的思想、工作表现，由学校与企业共同完成。
　　3.中期检查前必须完成课程学习并获得相应学分。
　　4.硕士生在规定的时间内填写《华东理工大学专业学位硕士研究生中期检查表》，检查内容包括课程学习的学分和成绩、思想表现、参加学术活动情况和开题报告等。
　　5.开题报告
　　硕士生应首先搜集有关文献资料并进行实际调查，把握学科发展前沿，重视文献知识产权，写好文献综述。在此基础上，写出开题报告，并在开题报告会上作公开报告、答辩，经审核通过者方可进入学位论文工作。

工程硕士学位论文(设计)选题应直接来源于生产实际或者有明确的工程背景和应用价值，可以是一个较为完整的工程技术项目规划或研究、可以是工程设计项目或技术改造项目，可以是技术攻关研究专题，也可以是新工艺、新设备、新材料、新产品的研制与开发。论文选题应有一定的技术复杂性、先进性和工作量，能体现作者综合运用科学管理论、方法和技术手段解决工程实际的能力。
工程硕士学位论文(设计)应在双导师指导下，由攻读工程硕士专业学位者本人独立完成，应有一定的理论深度和先进性，应有一定的技术难度和新见解，能表现出作者具备综合运用所学的基础理论和专业知识、技能解决工程实际问题的能力。学位论文的正文不少于4万字，中、英文论文摘要应经导师审定签字。学位论文(设计)基本完成后，一般由所在工程领域的领导小组安排有关教师并会同双导师对学位论文的学术性、真实性和撰写的规范性进行预审。预审未通过者，不能进入论文的评阅和答辩。
　　工程硕士专业学位论文撰写格式参照《华东理工大学关于研究生学位论文撰写格式的统一要求》。
　　研究生从事学位论文的工作内容及其所产生成果的知识产权属华东理工大学。与外单位联合培养研究生或联合开展毕业论文的，根据合作合同判定。
　　学位论文的评阅、答辩和学位申请与授予等工作按《中华人民共和国学位条例暂行实施办法》和《华东理工大学学位授予工作细则》的规定进行。