1、蛋白质组学研究
主要研究蛋白质相互作用网络及其进化的规律。此项研究对于人们了解蛋白质的功能，协同作用以及对于疾病发生发展的机理的深入了解带来帮助。
2、系统生物学研究
主要研究复杂生物系统的数学建模及其动力学性质的研究。此项研究将有助于人们在实验现象之上发现生命活动的控制规律，提出假设，对生命活动的规律作出合理的预测，提交实验验证，或者指导实验，引领生命科学从定性科学向定量的理论科学转化。

1．Shen J, Zhang J, Luo X, Zhu W, Yu K, Chen K, Li Y, Jiang H. Predicting protein-protein interactions based only on sequences information. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Mar 13;104(11):4337-41. Epub 2007 Mar 5. （2005 SCI IF 10.231）
2． Sheng QH, Wang LS, Dai J, Jiang XS, Li RX, Ma DJ, Li YX, Zeng R, Wu JR. Comparison of a proteomic approach with a microarray-based approach to detect exons in the mouse genome. Nat Genet. 2006 Nov;38(11):1223-4. （2005 SCI IF 25.797）
3．Ding G, Kang J, Liu Q, Shi T, Pei G, Li Y. Insights into the coupling of duplication events and macroevolution from an age profile of animal transmembrane gene families. PLoS Comput Biol. 2006 Aug 11;2(8):e102. Epub 2006 Jun 26.
4．Luo RY, Liao S, Tao GY, Li YY, Zeng S, Li YX, Luo Q. Dynamic analysis of optimality in myocardial energy metabolism under normal and ischemic conditions. Mol Syst Biol. 2006;2:2006.0031. Epub 2006 Jun 6.