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基本信息
郭志云博士，副教授

博士学科：细胞生物学

硕士学科：生物信息学

工作单位：生命科学与工程学院
个人简介
郭志云，博士，副教授,宾夕法尼亚大学医学院博士后。四川省精品课程《生物信息学》、《分子生物学》主讲人。2008-2011年，四川大学生物治疗国家重点实验室博士（细胞生物学方向）；2002-2005年，四川农业大学与军事医学科学院联合培养硕士（生物信息学方向）。目前主要从事的领域为生物信息学与肿瘤分子生物学。研究方向为：肿瘤疾病与非编码RNA (non-coding RNA) 调控机制研究与药物开发（计算+实验）；基于高通量实验数据的数据挖掘、整合以及数据库的构建；基于肿瘤药物靶点的计算机辅助药物设计。


主持、主研科研项目12项，其中国家自然科学基金6项，科技部项目1项。横向项目2项。教育部中央财政专项基金2项，西南交大科研起步项目1项。曾参加国家“973”项目与四川省技术计划项目工作各1项。在国内外期刊发表核心期刊以上级别文章20余篇，其中SCI论文 8篇，参编出版专著1部。

主要研究方向
现主要研究方向（计算+实验）：


(1) 生物信息学


(2) 肿瘤分子生物学


(3) 计算机辅助药物设计
联系方式
通信地址：成都市二环路北一段111号

电子邮箱：zhiyunguo@gmail.com

办公电话：**

办公地点：西南交通大学九里校区3608，犀浦校区7501











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科学研究
承担的科研项目：

1. 国家自然科学基金项目：“肝癌中p53直接调控microRNA及其靶基因的筛选与调控机制研究”（**）

2. 科技部项目：“民族药用生物标本关键信息整理与共享”（2012S31001）

3. 国家自然科学基金项目：“极化的QM/MM方法及在DNA碱基质子迁移和电荷转移中的应用”（**）

4. 国家自然科学基金项目：“针刺促进脊髓可塑性中microRNA124的作用及其对PDXK的调控”（**）

5. 国家自然科学基金项目: “自结合肽的结构生物信息分析及相关新方法研究”（**）

6. 国家自然科学基金项目: “NAC家族转录因子特异基因对铁皮石斛原球茎发生的分子机理研究”（**）

7. 国家自然科学基金项目: “三个藏药经典方早中晚组合给药协同治疗脑缺血机制探讨／H2818”（**）

8. 教育部中央财政专项基金创新项目：“p53信号通路microRNA及其靶基因在肝癌中的筛选与验证” (SWJTU12CX050)

9. 教育部中央财政专项基金项目：“荧光素酶报告系统检测p53与MicroRNA 101-2、29a的相互作用位点”（SWJTU09BR217）

10.西南交通大学青年教师科研起步计划项目：“p53直接调控microRNA及其靶基因的筛选”. （2009Q051）

11.横向项目：“农村供水和环境卫生项目环境管理监测”（2009H01292）

12.横向项目：WERP环境管理计划外部监测（2012H01053）










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论文成果
*Genome-wide survey of tissue-specific microRNA and transcription factor regulatory networks in 12 tissues.Scientific Repoorts. 2014 Jun 3;4:5150. doi: 10.1038/srep05150.(SCI)
* Identification and analysis of the regulatory network of Myc and microRNAs from high-throughput experimental data. Computers in Biology and Medicine. 2013, 43(9):1252-1260 (SCI)


*Salidroside improves Doxorubicin-Induced cardiac dysfunction by Suppression of Excessive Oxidative Stress and Cardiomyocyte Apoptosis: Doxorubicin Cardiotoxicity inhibited by Salidroside. J Cardiovasc Pharmacol. 2013, 2013, 62(6):512-23 (SCI)


*Molecular mechanism of Hepatocellular Carcinoma-Specific antitumor activity of novel thienopyridine derivative TP58. Oncology reports. 2012, 28(1):225-31(SCI)


*Ghrelin protects against cobalt chloride-induced hypoxic injury in cardiac H9c2 cells by inhibiting oxidative stress and inducing autophagy. Peptides. 2012, 38(2):217-227 (SCI)


*Molecular evolution of candidate sour taste receptor gene PKD1L3 in mammals. Genome. 2011,54(11):890-7 (SCI)


*Disruption of CD38 gene enhances cardiac functions by elevating serum testosterone in the male null mice.Life Sci. 2011, 89(13-14):491-497 (SCI)


*基于EST和GSS 序列的玉米未知微RNA 的挖掘.生物技术通报. 2011, 12:108-112 (核心)


*α-synuclein：Gene structure，evolution and in vitro protein aggregation. Neural Regeneration Research, 2010,5(18)：1423-1428 (SCI)


*峨眉山世界自然保护区民族医药代表植物RAPD指纹分析，西南民族大学学报，2010, 36(1):91-94 (核心)


*人α-synuclein的生物信息学分析及其突变体在细菌表面的展示，中国老年学杂志，2010,30(17): 2457-2460 (核心)


*The High Throughput Screening of p53 Direct Regulatory microRNA and Their Target Genes. Prog Biochem Biophys. 2009 36(9):1154-1164 (SCI)


*Bioinformatics and bacterial display of human alpha synuclein proteins,21st IUBMB and 12th FAOBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, August 2-7,2009,Shanghai,China. P179.


*MicroRNA参与下的p53调控网络，中国生物工程杂志，2010，30(11):79-82，2010，30(11):79-82 (核心)


*预测新的生物胺受体配基结合位点，四川大学学报，2008,45(4):175-181 (核心)


*GPCR高度保守位点与二聚化功能, 四川大学学报，2008,45(4):171-174 (核心)


*计算识别microRNA及其靶基因（英文），中国生物工程杂志，2008,28(10):123-128 (核心)


*生物胺受体配基结合区域及其位点的预测，生物物理学报，2005,21(2)：95-102 (核心)


*致病菌Ⅲ型分泌系统分子伴侣序列保守性分析及新伴侣的预测，生物物理学报，2005,21(2)：103-113 (核心)


*生物信息学进展，生物技术通讯, 2004, 15(3): 313-317 (核心)


*G蛋白偶联受体的结构与功能，生命的化学，2004,24(5):412-414 (核心)










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荣誉奖励
西南交通大学讲课比赛三等奖，西南交通大学优秀毕业论文指导教师，西南交大实验竞赛月团队校级一等奖指导教师，校生物化学教学成果奖二等奖










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科研团队
1.生物信息与功能基因组学课题组

2.肿瘤分子生物学课题组













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课程教学
主讲主科生课程：《生物信息学》（四川省精品课程）、《分子生物学》（双语课程）


主讲研究生课程：《系统生物学》、《生物信息学综合实验》










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PERSONAL INFORMATION

Zhiyun Guo Ph.D.

Associate professor

School of Life Sciences and Bioengineering

Southwest Jiaotong University

Chengdu 610031, Sichuan Province P. R. China

Cell Phone: +**585

Email: zhiyunguo@gmail.com

EDUCATION & EMPLOYMENT
2008.9-2011.7Ph.D. in Cell Biology State Key Laboratory of Biotherapy, Sichuan University 2003.9-2005.7Joint M.S. culture program in bioinformatics,Sichuan Agriculture University & Academy of Military Medical Sciences

20012.10-presentAssociate Professor, School of Life Sciences and Bioengineering

2005.7-2012.9Assistant Professor, School of Life Sciences and Bioengineering
RESEARCH INTERESTS
My research interests focus on three broad areas: (i) Transcription factor and non-

coding RNA regulation analyses in cancer, especially based on high-throughput strategies

such as microarray and next-generation sequencing. (ii) Elucidating regulation

mechanisms and signaling pathways of non-coding RNAs based on publicly available

experimental data and further experimental verification (iii) Non-coding RNA mediated

gene regulatory network and database construction based on the publicly available high-

throughput sequencing data sets.

PUBLICATIONS
1.Identification and analysis of the regulatory network of Myc and microRNAs from high-throughput experimental data. Computers in Biology and Medicine. 2013, 43(9):1252-1260


2.Salidroside improves Doxorubicin-Induced cardiac dysfunction by Suppression of Excessive Oxidative Stress and Cardiomyocyte Apoptosis: Doxorubicin Cardiotoxicity inhibited by Salidroside. J Cardiovasc Pharmacol. 2013, 2013, 62(6):512-23.


3.Molecular mechanism of Hepatocellular Carcinoma-Specific antitumor activity of novel thienopyridine derivative TP58. Oncology reports. 2012, 28(1):225-31.


4.Ghrelin protects against cobalt chloride-induced hypoxic injury in cardiac H9c2 cells by inhibiting oxidative stress and inducing autophagy. Peptides. 2012, 38(2):217-227.


5.Based on EST and GSS sequences to predict maize's novel microRNAs. Biotechnology Bulletin.2011, (12):108-112 (in Chinese)


6.Molecular evolution of candidate sour taste receptor gene PKD1L3 in mammals. Genome. 2011,54(11):890-7.


7.Disruption of CD38 gene enhances cardiac functions by elevating serum testosterone in the male null mice.Life Sci. 2011, 89(13-14):491-497


8.MicroRNA involved in p53 regulatory network. China B iotechnology, 2010, 30(11): 79-82 (in Chinese)


9.α-synuclein： Gene structure，evolution and in vitro protein aggregation. Neural Regeneration Research, 2010, 5(18):1423-1428


10.RAPD analysis of the genetic diversity of folk medical plants in the world double-relics of Emei Mountains. Journal of Southwest University for Nationalities. 2010,36(1):91-94 (in Chinese)


11.Bioinformatics analysis and display of human α-synuclein mutants of A30P, E46K and A53T proteins on the cell surface of Escherichia coli. Chinese Journal of Gerontology. 2010,30(17): 2457-2460 (in Chinese)


12.The High Throughput Screening of p53 Direct Regulatory microRNA and Their Target Genes. Prog Biochem Biophys. 2009 36(9):1154-1164


13.Bioinformatics and bacterial display of human alpha synuclein proteins,21st IUBMB and 12th FAOBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, August 2-7,2009,Shanghai,China. P179.


14.Wang WJ. The function of conserved sites and dimerization in G protein coupled receptor. Journal of Sichuan University (Natural Science Edition).2008, 45:171-175 (in Chinese)


15.Wang WJ. The prediction of amine receptors ligand-binding region and sites. Journal of Sichuan University (Natural Science Edition).2008, 45:175-181 (in Chinese)


16.Computational identification of microRNAs and their targets. China Biotechnology. 2008, 28: 118-123


17.Predicting new ligand- binding sites of amine receptors. Acta biophysica sinica. 2005, 21(2): 95-102.


18.Conservative analysis of type Ⅲ secretion system chaperone protein sequence and prediction of new chaperone. Acta biophysica sinica. 2005,21(2):103-113 (in Chinese)


19.Progress of bioinformatics technology. Letter in biotechnology.2004, 15(3):313-317. (in Chinese)


20.The structure and function of G protein coupled receptors. Chemistry of life.2004, 24(5):412-414. (in Chinese)











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