内蒙古医学院基础医学部始建于1956年，是学院建立最早的系部之一，担负着全院研究生、本科、专科及护校等各专业的基础医学理论和部分公共基础课教学。基础部师资力量雄厚，目前有职工211人，其中教授18人，副教授43人，讲师39人，其中中青年教师中现有硕士51人，博士5人，攻读博士学位研究生10人；有18名教师被确定为学院跨世纪学科带头人12人进入自治区“321人才工程”和“111人才工程”， 17人进入学院“168人才工程”。教师中有10多人担任一级学会会员，30多人担任二级学会会员，成为一支在区内外有影响的基础医学教师队伍。基础部包括15个基础医学及公共课教研室其中病理解剖学为自治区重点学科，人体解剖学、组织胚胎学是院级重点学科，拥有计算机室和多媒体教学演播室。基础部的组织胚胎学、细胞化学、人体解剖学、病理解剖学、人体生理心理学、病理生理学、微生物免疫学、药理学等教研室具有硕士学位授予权，从1978年至今已培养出169位硕士生。
　　
　　基础部的领导和教师牢牢坚持以教学为中心的方针，努力提高师资素质；深化教学改革，加强教学管理，千方百计提高教学质量。在教学改革和管理方面，大力改进教学方法，定期检查教学效果和质量；设立“青年教师教学奖励基金”和　“科研奖励基金”，引入了竞争激励机制。基础部在完成教学工作的同时，广大教师坚持教学与科研结合，以科研促教学积极进行科学研究活动，仅1991——2002年12年间获自治区科技进步一等奖3项、二等奖7项，三等奖29项，撰写论文上千篇基础部教师自编、参编教材（包括实验教材）几十部，其中一些教材获国家教委和自治区级奖励。