内蒙古医学院药学系始建于1977年，并于同年招生。设有药学和中药学两个专业，招收两个专业的本科学生。举办过大专专业证书班，药学和中药学专科自学考试辅导班。招收国家计划参加成人高考的专科升本科学生。正在筹办招生药学中药学专业4+2学生。
　　
　　药学系有药物化学和药理学两个硕士学位授予点，硕士生导师15名，另外内蒙药监局执业药师培训中心设在我系，承担全区执业药师及从业药师的培训和继续教育的教学工作。内蒙古医学院药物研究所挂靠药学系，已正式挂牌成立，研究人员正为科技开发，研制新药努力工作着。
　　
　　药学系是自治区唯一的专业学科较全的药学类专业系，培养具备药学、中药学基础理论，基本知识和实验技能，能在药品生产、检验、流通、使用和研究与开发领域从事鉴定，药物设计药物制剂及临床合理用药等方面工作的高级科学技术人才。建系20多年来，为自治区内外培养了大批高素质的药学人才。为科技开发做出了贡献。本系设有10个主干学科的专业教研室。
　　
　　药学专业主要课程：
　　
　　无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、药用植物学、生物化学、微生物学、药物化学、天然药物化学、药剂学、药理学、药物分析学、药事管理学、临床医学概论。
　　
　　中药专业主要课程：
　　
　　无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、生物化学、微生物学、中医学基础、中药学、方剂学、药用植物学、中药鉴定学、中药资源学、中药化学、药理学、中药药理学、中药炮制学、中药药剂学、中药分析、药事管理学。
　　
　　药学类各专业是实验性很强的专门学科，主要课程都配备相应的实验室，实行贷款北大医学部资助建设并投入使用的化学实验教学中心配备有一流的先进仪器设备，很大程度提高了基础课实验教学水平。药物研究所的工作开始运行，院里将配备相应的仪器设备和研究室。
　　
　　药学系师资力量雄厚，能开出30多门课程，现有教职工和研究人员90人，其中高级职称50人，中级职称24人。中青年教师有硕士学位者11名，在读博士学位10人。6名中青年教师为自治区“321”人才工程和“111”人才工程人员，12名教师为“168”人才工程人员。
　　
　　药学系的领导和教师，坚持以教学为中心，育人为根本，以创新求发展的办学思路，为培养适应21世纪药学事业发展的高素质人才进行着不懈的努力。