姓 名

朱瑞新

性 别

男
出生年月

1979-10

专业职称

副教授
最后学历

研究生

最后学位

博士
本人从事专业

药物设计

招收层次

硕士生
主要研究方向

药物设计（有机合成和计算机辅助药物设计）
工作单位

同济大学生命科学与技术学院

办公电话

**
传 真

**
单位地址

上海杨浦区四平路1239号医学楼1013室

邮政编码

200092
电子邮箱

rxzhu@tongji.edu.cn
主要社会

兼职

教

育

经

历

（包括时间、学校、所学专业、获得学位证书，应填写本科教育以上经历）

1997.9~2001.6 兰州大学化学化工学院 学士学位

2001.9~2007.3 中国科学院上海有机化学研究所 博士学位

工作经历

2007.4~2008.9 上海生物信息技术研究中心 科研骨干

2008.9~2012.12 同济大学生命科学与技术学院 讲师

2011.7~至今 辽宁中医药大学药学院 兼职硕士生导师

2012.3~至今 同济大学转化医学高等研究院 副研究员

2012.12~至今 同济大学生命科学与技术学院 副教授

目前在研课题

1.靶点特异性抑制剂设计模型

将“蛋白质化学计量学/Proteochemometrics”成功运用于构建HIV-1、HDAC和GPCR等靶点特异性抑制剂设计模型，并将复合物指纹成功引入到该模型中，代表性成果有

PLoS ONE, 2012,7(7): e41698. doi:10.1371/journal.pone.** (通讯)；

和BMC Bioinformatics, 2012,13:212(通讯)。目前将该模型应用于抗原-抗体的研究中，获得国家自然科学基金资助。

2.多靶点共同抑制剂设计模型

将“多任务学习/Multi-task learning”成功运用于构建HIV-1的多个靶点和HIV-1与HCV的多个靶点共同抑制剂设计模型，代表性成果有

BMC Bioinformatics, 2011, 12:294(并列通讯)；

和Chin. J. Chem., 2010, 28 1587-1592(通讯) 。目前这两篇文章均受到广泛关注。

3.活性位点预测与计算

将序列保守性和排序融合等方法成功运用于活性位点预测，代表性成果有IJMS,2012, 13(7):8752-8761(通讯)；

和BMC Bioinformatics, 2011, 12(Suppl 14):S9(通讯)。

此外，近期将复合物结构信息融入到预测算法中，使得预测成功率大幅提高，正在进行专利申请。

4.计算机辅助药物设计方法的具体应用

通过与其他实验课题组合作，将分子模拟方法成功运用于herb-drug相互作用、Hedgehog Signal最佳药物筛选模型选择及抑制剂改良和设计模型和活性/毒性靶点等研究中，代表性成果有

IJMS, 2011, 12(5), 3018-3033(第一)；

IJMS, 2011, 12(5), 3250-3262(第一) ；

Toxicology 2011, 283 (2-3), 96-100(并列通讯）；

Molecular Informatics 2013, in press(通讯）；

Chem Biol Drug Des 2013, in press(并列通讯)。

5.质子泵抑制剂（Proton Pump Inhibitor, PPI）改良

从PPI时间序列芯片着手对PPI的副作用进行全面研究；以CYP2C19为主进行PPI代谢快慢研究；综合运用各种计算机辅助药物设计方法对PPI进行结构优化；合成新的PPI类似物进行药理和毒理研究。

6.非酒精性脂肪肝（Non-Alcoholic Steatohepatitis, NASH）生物标记物及病理研究

利用NASH全基因组芯片对NASH可能的生物标记物或病理进行初步研究，已取得初步成果PLoS ONE 2012 ;7(12):e51131. doi: 10.1371/journal.pone.**；从分子网络层面，深入开展NASH可能的生物标记物或病理研究：1、Meta analysis；和2、不同肝病病理阶段高通量数据的综合分析。
主要论著
《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》，朱瑞新编著，大连理工大学出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3。（国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材）

主要论文

2010年以来发表SCI检索论文32篇(其中20篇为第一作者/通讯作者)，代表性论文如下：

1. Ma, C.; Tang, K.; Liu, Q.; Zhu, R.; Cao, Z., Calmodulin as a potential

target by which berberine induce cell cycle arrest in human hepatoma Bel7402

cells. Chem Biol Drug Des 2013, in press. (并列通讯)

2. Wu, Q.; Kang, H.; Tian, C.; Huang, Q.; Zhu, R., Binding Mechanism of

Inhibitors to CDK5/p25 Complex: Free Energy Calculation and Ranking Aggregation

Analysis. Molecular Informatics 2013, in press. （通讯）

3. Zhang, Y.; Baker, S. S.; Baker, R. D.; Zhu, R.; Zhu, L., Systematic a

nalysis of the gene expression in the livers of nonalcoholic steatohepatitis:

implications on potential biomarkers and molecular pathological mechanism.

PLoS One 2012, 7 (12), e51131. (并列通

4. Gao, J.; Huang, Q.; Wu, D.; Zhang, Q.; Zhang, Y.; Chen, T.; Liu, Q.;

Zhu, R.; Cao, Z.; He, Y., Study on human GPCR-inhibitor interactions by proteochemometric modeling. Gene 2012.

5. Gao, J.; Liu, Q.; Kang, H.; Cao, Z.; Zhu, R., Comparison of

different ranking methods in protein-ligand binding site prediction. Int J Mol Sci 2012, 13 (7), 8752-61. （通讯）

6. Wu, D.; Huang, Q.; Zhang, Y.; Zhang, Q.; Liu, Q.; Gao, J.; Cao, Z.;

Zhu, R., Screening of selective histone deacetylase inhibitors by

proteochemometric modeling. BMC Bioinformatics 2012, 13 (1), 212.（通讯）

7. Gao, J.; Che, D.; Zheng, V. W.; Zhu, R.; Liu, Q., Integrated QSAR

study for inhibitors of hedgehog signal pathway against multiple cell lines:a

collaborative filtering method. BMC Bioinformatics 2012, 13 (1), 186.

8. Wang Huanhuan, W. P., Kang Hong, Xu Liang, Zhu Ruixin, Kang Tingguo,

Modify a Fragment of Arctigenin with Pyrimidine Derivatives. Chin. J. Org. Chem.

2012, 32 (10), 1894-1898. （并列通讯）



9. Xu, T.; Zhu, R.; Liu, Q.; Cao, Z., Quantitatively integrating molecular

structure and bioactivity profile evidence into drug-target relationship analysis. BMC Bioinformatics 2012, 13 (1), 75.

10. Huang, Q.; Jin, H.; Liu, Q.; Wu, Q.; Kang, H.; Cao, Z.; Zhu, R.,

Proteochemometric modeling of the bioactivity spectra of HIV-1 protease inhibitors by introducing protein-ligand interaction fingerprint. PLoS One 2012, 7 (7), e41698. （通讯）

11. Wu Qiong, K. H., Wang Huanhuan, Gao Jun, Zhu Ruixin, Kang Tingguo, AT1R-based Virtual Screening Model for Bioactive Components from Traditional Chinese

Medicines and Its Mechanism Study. Acta Chim. Sinica2012, 70 (06), 796-802. (并列通讯)

12. Kang, H.; Sheng, Z.; Zhu, R.; Huang, Q.; Liu, Q.; Cao, Z., Virtual drug

screen schema based on multiview similarity integration and ranking aggregation.

J Chem Inf Model 2012, 52 (3), 834-43.

13. Dai, T.; Liu, Q.; Gao, J.; Cao, Z.; Zhu, R., A new protein-ligand binding sites prediction method based on the integration of protein sequence

conservation information. BMC Bioinformatics 2011, 12 Suppl 14, S9. （通讯）

14. Gao, J.; Zhu, R. X.; Liu, Q.; Cao, Z. W., Petri Net Based Metabolic Network

Parameters Fitting with GPU Acceleration. Chinese J Chem 2011, 29 (9), 1805-1810. (并列第一)



15. Sheng, Z.; Huang, Q.; Kang, H.; Liu, Q.; Cao, Z. W.; Zhu, R. X., A New

Fingerprint of Chemical Compounds and Its Application to Drugs Virtual Screening.

Acta Chim Sinica 2011, 69 (16), 1845-1850. (通讯)

16. Zhu, R. X.; Wang, F.; Liu, Q.; Kang, T. G., Quantitative Structure-Activity Relationship of IOPY/ISPY Analogues as HIV-1 Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors. Acta Chim Sinica 2011, 69 (15), 1731-1736.(第一)

17. Liu, Q.; Zhou, H.; Liu, L.; Chen, X.; Zhu, R.; Cao, Z., Multi-target QSAR modelling in the analysis and design of HIV-HCV co-inhibitors: an in-silico study. BMC Bioinformatics 2011, 12, 294. （并列通讯）

18. Tang, K.; Zhu, R.; Li, Y.; Cao, Z., Discrimination of approved drugs

from experimental drugs by learning methods. BMC Bioinformatics 2011, 12, 157.

19. Ma, C.; Kang, H.; Liu, Q.; Zhu, R. X.; Cao, Z. W., Insight into potential

toxicity mechanisms of melamine: An in silico study. Toxicology 2011, 283 (2-3), 96-100. （并列通讯）

20. Zhu, R. X.; Liu, Q.; Tang, J.; Li, H. L.; Cao, Z. W., Investigations on

Inhibitors of Hedgehog Signal Pathway: A Quantitative Structure-Activity Relationship Study. Int J Mol Sci 2011, 12 (5), 3018-3033. (第一)

21. Zhu, R.; Hu, L.; Li, H.; Su, J.; Cao, Z.; Zhang, W., Novel Natural Inhibitors

of CYP1A2 Identified by in Silico and in Vitro Screening.

Int J Mol Sci 2011, 12 (5), 3250-62. (第一)

22. Huang, D.; Kang, H.; Zhang, D. F.; Sheng, Z.; Liu, Q.;

Zhu, R. X.; Cao, Z. W., Comparison of Ligand-, Target Structure-, and Protein-Ligand Interaction Fingerprint-based Virtual Screening Methods. Acta Chim Sinica 2011,69 (5), 515-522. (并列通讯)

23. Sheng, Z.; Kang, H.; Dai, T. L.; Liu, Q.; Zhu, R. X., Complementary

Study of Structure Features and Gene Profile Features for Chemical Compounds.

Acta Chim Sinica 2010, 68 (23), 2395-2400. (通讯)

24. Liu, Q.; Che, D. S.; Huang, Q.; Cao, Z. W.; Zhu, R. X., Multi-target QSAR Study in the Analysis and Design of HIV-1 Inhibitors. Chinese J Chem 2010, 28 (9), 1587-1592. (通讯)

25. Zhu, R. X.; Xie, M.; Wang, F.; Liu, Q.; Kang, T. G., An Efficient and

Economical Method for the Preparation of Fmoc-Arg(omega,omega)'(Boc)(2)-OH. Chinese J Chem 2010, 28 (8), 1508-1509. (第一)

主要特长

1. 2010年,入选首届同济大学优秀青年教师培育计划（英才计划）。

2. 2011年,同济大学“青年文明号”荣誉。

3. 2012年,同济大学教学奖二等奖。

4. 2012年,入选同济大学优秀青年教师优青计划（英才计划）。

5. 2012年,同济大学生命科学与技术学院首届教学贡献奖二等奖。